Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGCCGTCCGAAGGGTGTCACCCCCAAGTACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccattggatgatagctgttaacagttaatttttgttattgttgaactagacaacagctcttgtattcctctgatctatttgtgtgcataaatag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g07260.2
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g07260.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G382914_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 3
GGCCGTCCGAAGGGTGTCACCCCCAAGTACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccattggatgatagctgttaacagttaatttttgttattgttgaactagacaacagctcttgtattcctctgatctatttgtgtgcataaatag
|| ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||| |     ||| |   | | |   ||| |   || |||  || |  ||  | | ||  ||  |||               ||||||||||||||
GGTCGTCCAAAAGGTGTCACCCCAAAGTACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaagatttgacattagcttatt-ttagtacctgctatctttcagttattcta-agtgctaatat---------------gtgtgcataaatag

upper sequence: LOC_Os02g07260.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv19s0085g00370.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
GGCCGTCCGAAGGGTGTCACCCCCAAGTACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgcc-attggatgatagctgttaacagttaatttttgttattgttgaactagacaacagctcttgtattcctctgatctatttgtgtgcataaa-tag
|| || || |||||||| || || |||||||||||||| |||||||| ||| |  ||||||| || |||||||| || || ||   |||   | |||  | |      ||  | ||      || |      | ||  |        | |    |||  | ||||| ||| |  | |||
GGGCGCCCAAAGGGTGTTACACCTAAGTACAGCTTGAAACCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTGAACTTCTTGGAGTTGAGgtttgtttattccctaatatttctgttgttttgttattcaaacctgatttggctggcatgaatgtactcacttggatgacttttttgtttgcctttactag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33794558|gb|CF323166.1|CF323166
EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGAT                         GTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGNAGGGAAGTTGAGAAATTGGCTG
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccatt ... gcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTG-AGG-AAGTTGAGAAATTGGCTG
EST: gi|58675077|gb|CK063764.1|CK063764
EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGAT                         GTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccatt ... gcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
EST: gi|88362801|gb|CI614157.1|CI614157
EST:     A-AGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTATGAGCTACTTGGAGTCGAT                         GTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAG
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccatt ... gcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAG
EST: gi|33678660|gb|CF306899.1|CF306899
EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGAT                         GTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccatt ... gcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
EST: gi|58605824|gb|CK033857.1|CK033857
EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGAT                         GTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccatt ... gcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
EST: gi|29656603|gb|CB652878.1|CB652878
EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGAT                         GTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccatt ... gcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
EST: gi|14574908|gb|AU197198.1|AU197198
EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGAT                         GTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccatt ... gcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
EST: gi|13806339|gb|AU181481.1|AU181481
EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGAT                         GTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccatt ... gcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
EST: gi|33794797|gb|CF323278.1|CF323278
EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGAT                         GTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccatt ... gcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
EST: gi|58667980|gb|CK056666.1|CK056666
EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGAT                         GTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccatt ... gcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
EST: gi|33690674|gb|CF318913.1|CF318913
EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGAT                         GTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccatt ... gcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
EST: gi|300216018|gb|HO088644.1|HO088644
EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGAT                         GTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccatt ... gcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
EST: gi|163918048|gb|EG713148.1|EG713148
EST:     GAGCTACTTGGAGTCGAT                         GTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
genomic: GAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccatt ... gcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
EST: gi|13904803|gb|BF889441.1|BF889441
EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGAT                         GTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccatt ... gcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
EST: gi|2310338|gb|C26493.1|C26493
EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTNTGAGCTACTTGGAGTCGAT                         GTTGTNATGGCCAATNATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccatt ... gcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
EST: gi|29676664|gb|CB672939.1|CB672939
EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGAT                         GTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccatt ... gcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
EST: gi|33793275|gb|CF322518.1|CF322518
EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGAT                         GTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGC
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccatt ... gcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTG-AGGAAGTTGAGAAATTGGCTGC
EST: gi|33797454|gb|CF324587.1|CF324587
EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGAT                         GTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccatt ... gcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
EST: gi|29686925|gb|CB683200.1|CB683200
EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGAT                         GTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccatt ... gcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
EST: gi|163917828|gb|EG713114.1|EG713114
EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGAT                         GTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccatt ... gcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
EST: gi|32947941|gb|BP184513.1|BP184513
EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGAT                         GTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccatt ... gcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
EST: gi|29656155|gb|CB652430.1|CB652430
EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGAT                         GTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccatt ... gcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
EST: gi|29614437|gb|CB619450.1|CB619450
EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGAT                         GTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccatt ... gcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
EST: gi|27554028|gb|CA997928.1|CA997928
EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGAT                         GTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccatt ... gcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
EST: gi|4878615|gb|AU062914.1|AU062914
EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGAT                         GTTGTNATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccatt ... gcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
EST: gi|117247218|gb|CT848558.1|CT848558
EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGAT                         GTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccatt ... gcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGCCGTCCGAAGGGTGTCACCCCCAAGTACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccattggatgatagctgttaacagttaatttttgttattgttgaactagacaacagctcttgtattcctctgatctatttgtgtgcataaatag

- - - - - - - - - - - - - - - -  TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGGAG