Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AACACACTGCTGCTGAGAGCAGTTCCAGGGCTTAATGATATGGGCAAGGCTTTGCTAGgtcaccaccacttactcaataattcccctctcttcttttcagctttagtcccatccttaggttacccttatcaattactattatcatccttcactgatca...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g73910.2
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58590372|gb|CF988680.1|CF988680
EST:     GCTGCTGAGAGCAGTTCCAGCGCTTAATGATATGGGCAAGGCTTTGCTAG                         GACCAGTTTCTGAGCAAGTTATGGTACTTCAGAACATTGGATCGTCTGTGC
genomic: GCTGCTGAGAGCAGTTCCAGGGCTTAATGATATGGGCAAGGCTTTGCTAGgtcaccacca ... gctaatgcagGACCAGTTTCTGAGCAAGTTATGGTACTTCAGAACATTGGATCGTCTGTGC
EST: gi|29624825|gb|CB629836.1|CB629836
EST:     GCTGCTGAGAGCAGTTCCAGGGCTTAATGATATGGGCAAGGCTTTGCTAG                         GACCAGTTTCTGAGCAAGTTATGGTACTTCAGAACATTGGATCGTCTGTGC
genomic: GCTGCTGAGAGCAGTTCCAGGGCTTAATGATATGGGCAAGGCTTTGCTAGgtcaccacca ... gctaatgcagGACCAGTTTCTGAGCAAGTTATGGTACTTCAGAACATTGGATCGTCTGTGC
EST: gi|88688286|gb|CI731862.1|CI731862
EST:     GCTGCTGAGAGCAGTTCCAGGGCTTAATGATATGGGCAAGGCTTTGCTAG                         GACCAGTTTCTGAGCAAGTTATGGT
genomic: GCTGCTGAGAGCAGTTCCAGGGCTTAATGATATGGGCAAGGCTTTGCTAGgtcaccacca ... gctaatgcagGACCAGTTTCTGAGCAAGTTATGGT
EST: gi|2427812|gb|C72275.1|C72275
EST:     GCTGCTGAGAGCAGTTCCAGGGCTTAATGATATGGGCAAGGCTTTGCTAG                         GACCAGTTTCTGAGCAAGTTATGGTACTTCAGAACATTGGATCGTCTGTGC
genomic: GCTGCTGAGAGCAGTTCCAGGGCTTAATGATATGGGCAAGGCTTTGCTAGgtcaccacca ... gctaatgcagGACCAGTTTCTGAGCAAGTTATGGTACTTCAGAACATTGGATCGTCTGTGC
EST: gi|88411775|gb|CI571267.1|CI571267
EST:     GCTGCTGAGAGCAGTTCCAGGGCTTAATGATATGGGCAAGGCTTTGCTAG                         GACCAGTTTCTGAGCAAGTTATGGTACTTCAGAACATTGGATCGTCTGTGC
genomic: GCTGCTGAGAGCAGTTCCAGGGCTTAATGATATGGGCAAGGCTTTGCTAGgtcaccacca ... gctaatgcagGACCAGTTTCTGAGCAAGTTATGGTACTTCAGAACATTGGATCGTCTGTGC
EST: gi|88664563|gb|CI699578.1|CI699578
EST:     GCTGCTGAGAGCAGTTCCAGGGCTTAATGATATGGGCAAGGCTTTGCTAG                         GACCAGTTTCTGAGCAAGTTATGGTACTTCAGAACATTGGATCGTCTGTGC
genomic: GCTGCTGAGAGCAGTTCCAGGGCTTAATGATATGGGCAAGGCTTTGCTAGgtcaccacca ... gctaatgcagGACCAGTTTCTGAGCAAGTTATGGTACTTCAGAACATTGGATCGTCTGTGC
EST: gi|13806000|gb|AU181304.1|AU181304
EST:     GCTGCTGAGAGCAGTTCCAGGGCTTAATGATATGGGCAAGGCTTTGCTAG                         GACCAGTTTCTGAGCAAGTTATGGTACTTCAGAACATTGGATCGTCTGTGC
genomic: GCTGCTGAGAGCAGTTCCAGGGCTTAATGATATGGGCAAGGCTTTGCTAGgtcaccacca ... gctaatgcagGACCAGTTTCTGAGCAAGTTATGGTACTTCAGAACATTGGATCGTCTGTGC
EST: gi|88762070|gb|CI771626.1|CI771626
EST:     GCTGCTGAGAGCAGTTCCAGGGCTTAATGATATGGGCAAGGCTTTGCTAG                         GACCAGTTTCTGAGCAAGTTATGGTACTTCAGAACATTGGATCGTCTGTGC
genomic: GCTGCTGAGAGCAGTTCCAGGGCTTAATGATATGGGCAAGGCTTTGCTAGgtcaccacca ... gctaatgcagGACCAGTTTCTGAGCAAGTTATGGTACTTCAGAACATTGGATCGTCTGTGC
EST: gi|58591227|gb|CF989535.1|CF989535
EST:     GCTGCTGAGAGCAGTTCCACGGCTTAATGATATGGGCAAGGCTTTGCTAG                         GACCAGTTTCTGAGCAAGTTATGGTACTTCAGAACATTGGATCGTCTGTGC
genomic: GCTGCTGAGAGCAGTTCCAGGGCTTAATGATATGGGCAAGGCTTTGCTAGgtcaccacca ... gctaatgcagGACCAGTTTCTGAGCAAGTTATGGTACTTCAGAACATTGGATCGTCTGTGC
EST: gi|88312036|gb|CI580201.1|CI580201
EST:     GCTGCTGAGAGCAGTTCCAGGGCTTAATGATATGGGCAAGGGTTTGCTAG                         GACCAGTTTCTGAGCAAGTTATGGTACTTCAGAACATTGGATCGTCTGTGC
genomic: GCTGCTGAGAGCAGTTCCAGGGCTTAATGATATGGGCAAGGCTTTGCTAGgtcaccacca ... gctaatgcagGACCAGTTTCTGAGCAAGTTATGGTACTTCAGAACATTGGATCGTCTGTGC
EST: gi|29683738|gb|CB680013.1|CB680013
EST:     GCTGCTGAGAGCAATTCCAGGGCTTAATGATATGGGCAAGGCTTTGCTAA                         GACCAGTTTCTGAGCAAGTTATGGTACTTCAGAACATTGGATCGTCTGTGC
genomic: GCTGCTGAGAGCAGTTCCAGGGCTTAATGATATGGGCAAGGCTTTGCTAGgtcaccacca ... gctaatgcagGACCAGTTTCTGAGCAAGTTATGGTACTTCAGAACATTGGATCGTCTGTGC
EST: gi|88454163|gb|CI694086.1|CI694086
EST:     GCTGCTGAGAGCAGTTCCAGGGCTTAATGATATGGGCAAGGCTTTGCTAG                         GACCAGTTTCTGAGCAAGTTATGGTACTTCAGAACATTGGATCGTCTGTGC
genomic: GCTGCTGAGAGCAGTTCCAGGGCTTAATGATATGGGCAAGGCTTTGCTAGgtcaccacca ... gctaatgcagGACCAGTTTCTGAGCAAGTTATGGTACTTCAGAACATTGGATCGTCTGTGC
EST: gi|13806135|gb|AU181375.1|AU181375
EST:     GCTGCTGAGAGCAGTTCCAGGGCTTAATGATATGGGCAAGGCTTTGCTAG                         GACCAGTTTCTGAGCAAGTTATGGTACTTCAGAACATTGGATCGTCTGTGC
genomic: GCTGCTGAGAGCAGTTCCAGGGCTTAATGATATGGGCAAGGCTTTGCTAGgtcaccacca ... gctaatgcagGACCAGTTTCTGAGCAAGTTATGGTACTTCAGAACATTGGATCGTCTGTGC
EST: gi|88689580|gb|CI733156.1|CI733156
EST:     GNTGCTGAGAGCAGTTCCAGGGCTTAATGATATGGGCAAGGCTTTGCTAG                         GAACAGTTTCTGAGCAAGTTATGGTACTTCAGAACATTGGATCGTCTG
genomic: GCTGCTGAGAGCAGTTCCAGGGCTTAATGATATGGGCAAGGCTTTGCTAGgtcaccacca ... gctaatgcagGACCAGTTTCTGAGCAAGTTATGGTACTTCAGAACATTGGATCGTCTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AACACACTGCTGCTGAGAGCAGTTCCAGGGCTTAATGATATGGGCAAGGCTTTGCTAGgtcaccaccacttactcaataattcccctctcttcttttcagctttagtcccatccttaggttacccttatcaattactattatcatccttcactgatca

- - - - GCTGCT
- - - - - - -  AGAGCA
- - - - - - - - GAGCAG