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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AATGGGACAGGGGAGGACGTGAAGAAGATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCGgtgagccgtcgtcccctcccgagggcgttgtttggagttggatcgattcatgaatcgatctggtgctgatctgtgggtttgtttatttattttaattttttttgggtgcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g62420.3
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g62420.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G146206_T05 (Zea mays), 5'ss of exon 2
AATGGGACAGGGGAGGACGTGAAGAAGATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCGgtgagccgtcgtcccctcccgagggcgttgtttggagttggat---cgatt-----catgaatcgatctggtgctgatctgtgggtttgtttatttattt--taatttttt--ttgggtgcag---------
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AACGGTACTGGCGAGGACGTGAAGAAGATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGACGTCGTCGgtgagtcgtc--tcacttctcatggcatcatctctccccgcgtttgcagttgcgggcctgtgtcggttgtggtttggtttttgactagaccgatctatgtgctgatctcttggttggctggaactcggggag

upper sequence: LOC_Os01g62420.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G146206_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 2
AATGGGACAGGGGAGGACGTGAAGAAGATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCGgtgagccgtcgtcccctcccgagggcgttgtttggagttggat---cgatt-----catgaatcgatctggtgctgatctgtgggtttgtttatttattt--taatttttt--ttgggtgcag----------------------------------------------------
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AACGGTACTGGCGAGGACGTGAAGAAGATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGACGTCGTCGgtgagtcgtc--tcacttctcatggcatcatctctccccgcgtttgcagttgcgggcctgtgtcggttgtggtttggtttttgactagaccgatctatgtgctgatctcttggttggctggaactcggggaggtgagcagaggtggtggtgagtccgcctttcgtttttctgcag

upper sequence: LOC_Os01g62420.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G146206_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 2
AATGGGACAGGGGAGGACGTGAAGAAGATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCGgtgagccgtcgtcccctcccgagggcgttgtttggagttggat---cgatt-----catgaatcgatctggtgctgatctgtgggtttgtttatttattt--taatttttt--ttgggtgcag-----------------
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AACGGTACTGGCGAGGACGTGAAGAAGATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGACGTCGTCGgtgagtcgtc--tcacttctcatggcatcatctctccccgcgtttgcagttgcgggcctgtgtcggttgtggtttggtttttgactagaccgatctatgtgctgatctcttggttggctggaactcggggaggtgagcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33666777|gb|CF297744.1|CF297744
EST:     GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
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EST: gi|33693438|gb|CF321677.1|CF321677
EST:     GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCTAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
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EST: gi|33793081|gb|CF322423.1|CF322423
EST:     GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
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EST: gi|33692885|gb|CF321124.1|CF321124
EST:     GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
genomic: GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCGgtgagccgtc ... ttgggtgcagAGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
EST: gi|33692149|gb|CF320388.1|CF320388
EST:     GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
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EST: gi|88575287|gb|CI669432.1|CI669432
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EST: gi|33694018|gb|CF322257.1|CF322257
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EST: gi|33689964|gb|CF318203.1|CF318203
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EST: gi|2312292|gb|C28447.1|C28447
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EST: gi|33690687|gb|CF318926.1|CF318926
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EST: gi|33828594|gb|CF340117.1|CF340117
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EST: gi|33827559|gb|CF339596.1|CF339596
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EST: gi|33690113|gb|CF318352.1|CF318352
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EST: gi|33692177|gb|CF320416.1|CF320416
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EST: gi|33688513|gb|CF316752.1|CF316752
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EST: gi|33685938|gb|CF314177.1|CF314177
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EST: gi|33689979|gb|CF318218.1|CF318218
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EST: gi|25800835|gb|CA756796.1|CA756796
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EST: gi|88722774|gb|CI746284.1|CI746284
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EST: gi|33692667|gb|CF320906.1|CF320906
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EST: gi|88391559|gb|CI600748.1|CI600748
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EST: gi|86830034|gb|CI288672.1|CI288672
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EST: gi|427784|gb|D23922.1|D23922
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EST: gi|33690102|gb|CF318341.1|CF318341
EST:     GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
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EST: gi|33689283|gb|CF317522.1|CF317522
EST:     GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
genomic: GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCGgtgagccgtc ... ttgggtgcagAGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
EST: gi|33691585|gb|CF319824.1|CF319824
EST:     GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
genomic: GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCGgtgagccgtc ... ttgggtgcagAGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
EST: gi|33687151|gb|CF315390.1|CF315390
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genomic: GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCGgtgagccgtc ... ttgggtgcagAGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
EST: gi|33685460|gb|CF313699.1|CF313699
EST:     GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
genomic: GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCGgtgagccgtc ... ttgggtgcagAGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
EST: gi|58679577|gb|CK068264.1|CK068264
EST:     GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
genomic: GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCGgtgagccgtc ... ttgggtgcagAGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
EST: gi|58683989|gb|CK072676.1|CK072676
EST:     GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
genomic: GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCGgtgagccgtc ... ttgggtgcagAGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
EST: gi|33826932|gb|CF339275.1|CF339275
EST:     GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCTTTGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
genomic: GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCGgtgagccgtc ... ttgggtgcagAGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
EST: gi|33828691|gb|CF340165.1|CF340165
EST:     GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
genomic: GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCGgtgagccgtc ... ttgggtgcagAGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
EST: gi|33692942|gb|CF321181.1|CF321181
EST:     GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
genomic: GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCGgtgagccgtc ... ttgggtgcagAGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
EST: gi|33829645|gb|CF340645.1|CF340645
EST:     GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
genomic: GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCGgtgagccgtc ... ttgggtgcagAGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
EST: gi|33828383|gb|CF340010.1|CF340010
EST:     GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
genomic: GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCGgtgagccgtc ... ttgggtgcagAGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
EST: gi|33686817|gb|CF315056.1|CF315056
EST:     GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCNAGGACGTCGTCG                         AGGTGGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAAGGGTTT
genomic: GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCGgtgagccgtc ... ttgggtgcagAGGT-GGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTG-AAGGGTTT
EST: gi|33691808|gb|CF320047.1|CF320047
EST:     GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCG                         AGGTGGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTG
genomic: GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCGgtgagccgtc ... ttgggtgcagAGGT-GGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTG
EST: gi|58669404|gb|CK058090.1|CK058090
EST:     GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
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