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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AATGGGACAGGGGAGGACGTGAAGAAGATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCGgtgagccgtcgtcccctcccgagggcgttgtttggagttggatcgattcatgaatcgatctggtgctgatctgtgggtttgtttatttattttaattttttttgggtgcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g62420.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g62420.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G146206_T05 (Zea mays), 5'ss of exon 2
AATGGGACAGGGGAGGACGTGAAGAAGATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCGgtgagccgtcgtcccctcccgagggcgttgtttggagttggat---cgatt-----catgaatcgatctggtgctgatctgtgggtttgtttatttattt--taatttttt--ttgggtgcag---------
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AACGGTACTGGCGAGGACGTGAAGAAGATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGACGTCGTCGgtgagtcgtc--tcacttctcatggcatcatctctccccgcgtttgcagttgcgggcctgtgtcggttgtggtttggtttttgactagaccgatctatgtgctgatctcttggttggctggaactcggggag

upper sequence: LOC_Os01g62420.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G146206_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 2
AATGGGACAGGGGAGGACGTGAAGAAGATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCGgtgagccgtcgtcccctcccgagggcgttgtttggagttggat---cgatt-----catgaatcgatctggtgctgatctgtgggtttgtttatttattt--taatttttt--ttgggtgcag----------------------------------------------------
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AACGGTACTGGCGAGGACGTGAAGAAGATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGACGTCGTCGgtgagtcgtc--tcacttctcatggcatcatctctccccgcgtttgcagttgcgggcctgtgtcggttgtggtttggtttttgactagaccgatctatgtgctgatctcttggttggctggaactcggggaggtgagcagaggtggtggtgagtccgcctttcgtttttctgcag

upper sequence: LOC_Os01g62420.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G146206_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 2
AATGGGACAGGGGAGGACGTGAAGAAGATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCGgtgagccgtcgtcccctcccgagggcgttgtttggagttggat---cgatt-----catgaatcgatctggtgctgatctgtgggtttgtttatttattt--taatttttt--ttgggtgcag-----------------
|| || || || |||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||   | || |  | ||| |  | |      |  |   |  ||     | ||  ||| |   |   || | | ||  |      || ||| |  | || | ||  |||| || |                  
AACGGTACTGGCGAGGACGTGAAGAAGATCGTCACCGTGCTCAACCAAGCCGAGGTGCCCTCTGAAGACGTCGTCGgtgagtcgtc--tcacttctcatggcatcatctctccccgcgtttgcagttgcgggcctgtgtcggttgtggtttggtttttgactagaccgatctatgtgctgatctcttggttggctggaactcggggaggtgagcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33666777|gb|CF297744.1|CF297744
EST:     GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
genomic: GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCGgtgagccgtc ... ttgggtgcagAGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
EST: gi|33693438|gb|CF321677.1|CF321677
EST:     GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCTAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
genomic: GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCGgtgagccgtc ... ttgggtgcagAGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
EST: gi|33793081|gb|CF322423.1|CF322423
EST:     GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
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EST: gi|33692885|gb|CF321124.1|CF321124
EST:     GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
genomic: GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCGgtgagccgtc ... ttgggtgcagAGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
EST: gi|33692149|gb|CF320388.1|CF320388
EST:     GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
genomic: GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCGgtgagccgtc ... ttgggtgcagAGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
EST: gi|88575287|gb|CI669432.1|CI669432
EST:     GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
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EST: gi|29669431|gb|CB665706.1|CB665706
EST:     GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
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EST: gi|33694018|gb|CF322257.1|CF322257
EST:     GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGTTGTTCCCTCCGAGGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
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EST: gi|33689964|gb|CF318203.1|CF318203
EST:     GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
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EST: gi|2312292|gb|C28447.1|C28447
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EST: gi|33690687|gb|CF318926.1|CF318926
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EST: gi|33828594|gb|CF340117.1|CF340117
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EST: gi|33827559|gb|CF339596.1|CF339596
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EST: gi|58679577|gb|CK068264.1|CK068264
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EST: gi|33690113|gb|CF318352.1|CF318352
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EST: gi|33692177|gb|CF320416.1|CF320416
EST:     GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
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EST: gi|33692251|gb|CF320490.1|CF320490
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EST: gi|33688513|gb|CF316752.1|CF316752
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genomic: GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCGgtgagccgtc ... ttgggtgcagAGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
EST: gi|33685938|gb|CF314177.1|CF314177
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EST: gi|33689979|gb|CF318218.1|CF318218
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EST: gi|25800835|gb|CA756796.1|CA756796
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EST: gi|88722774|gb|CI746284.1|CI746284
EST:     GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
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EST: gi|33692667|gb|CF320906.1|CF320906
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EST: gi|88391559|gb|CI600748.1|CI600748
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EST: gi|86830034|gb|CI288672.1|CI288672
EST:     GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
genomic: GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCGgtgagccgtc ... ttgggtgcagAGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
EST: gi|427784|gb|D23922.1|D23922
EST:     GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAG-TNAAGGGTTTGC
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EST: gi|33690102|gb|CF318341.1|CF318341
EST:     GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
genomic: GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCGgtgagccgtc ... ttgggtgcagAGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
EST: gi|33689283|gb|CF317522.1|CF317522
EST:     GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
genomic: GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCGgtgagccgtc ... ttgggtgcagAGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
EST: gi|33691585|gb|CF319824.1|CF319824
EST:     GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
genomic: GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCGgtgagccgtc ... ttgggtgcagAGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
EST: gi|33687151|gb|CF315390.1|CF315390
EST:     GATCGTCACCGTCCTCAACGA-GCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
genomic: GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCGgtgagccgtc ... ttgggtgcagAGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
EST: gi|58683989|gb|CK072676.1|CK072676
EST:     GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
genomic: GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCGgtgagccgtc ... ttgggtgcagAGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
EST: gi|33826932|gb|CF339275.1|CF339275
EST:     GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCTTTGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
genomic: GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCGgtgagccgtc ... ttgggtgcagAGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
EST: gi|33828691|gb|CF340165.1|CF340165
EST:     GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
genomic: GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCGgtgagccgtc ... ttgggtgcagAGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
EST: gi|33692942|gb|CF321181.1|CF321181
EST:     GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
genomic: GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCGgtgagccgtc ... ttgggtgcagAGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
EST: gi|33829645|gb|CF340645.1|CF340645
EST:     GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
genomic: GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCGgtgagccgtc ... ttgggtgcagAGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
EST: gi|33828383|gb|CF340010.1|CF340010
EST:     GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
genomic: GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCGgtgagccgtc ... ttgggtgcagAGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
EST: gi|33686817|gb|CF315056.1|CF315056
EST:     GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCNAGGACGTCGTCG                         AGGTGGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAAGGGTTT
genomic: GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCGgtgagccgtc ... ttgggtgcagAGGT-GGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTG-AAGGGTTT
EST: gi|33691808|gb|CF320047.1|CF320047
EST:     GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCG                         AGGTGGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTG
genomic: GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCGgtgagccgtc ... ttgggtgcagAGGT-GGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTG
EST: gi|58669404|gb|CK058090.1|CK058090
EST:     GATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCG                         AGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGC
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RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 73 (upstream exon), 65 (downstream exon)
Score: 10

AATGGGACAGGGGAGGACGTGAAGAAGATCGTCACCGTCCTCAACGAGGCCGAGGTGCCCTCCGAGGACGTCGTCGgtgagccgtc ... ttgggtgcagAGGTGGTGGTGAGCCCGCCGTTCGTGTTCCTGCCGCAGGTGAAGGGTTTGCTCCGGCCGGACTTCTCCGTCGCCGCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGG




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