Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGGCTCATGGAACAGCTGTTGGTCTTCCTAGCGAAGATGACATGGGCAACAGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgttgttgagttttgattcatttgggaactataggttggatcactctgcatgttttgtgacaagcgtgtttcattctcactgtag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g60190.2
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g60190.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM5G833389_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 3
AGGCTCATGGAACAGCTGTTGGTCTTCCTAGCGAAGATGACATGGGCAACAGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagct-gttgttgagttttgattcatttgggaactataggttggatcactctgcatgttttgtgacaagcgtgtttcattctcactgtag-------------
||||||||||||||||||| || || ||    || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| || || ||||| | | | |||| | ||||| ||   || |||| |||   ||   |        ||||  |||    |    |||||| | |  |  | |             
AGGCTCATGGAACAGCTGTGGGCCTCCCATCTGATGATGACATGGGCAACAGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttagatgttta-ttttgttt---tttggaaatatgttttctgttgtaaca-atgtgatgtactgatgtggtttcaatattgcatttgaacatgatgccca

upper sequence: LOC_Os01g60190.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G003385_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 3
AGGCTCATGGAACAGCTGTTGGTCTTCCTAGCGAAGATGACATGGGCAACAGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgttgttgagttttgattcatttgggaactataggttggatcactctgcatgttttgtgacaagcgtgtttcattctcactgtag--------------
||||||||||||||||||| ||||| ||    || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| || || ||||| | |      ||  |||  ||  ||| |||| |||   ||   |        |||   ||||       | || ||||   ||   |               
AGGCTCATGGAACAGCTGTGGGTCTCCCATCTGATGATGACATGGGCAACAGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGGATTTTCGCCCAAGGgtatgtta-----gatatttagttatttttggaaatatgttttctgttgtaactaatgcgctgtggtttcaatattgcatttgaacatcaatgtcgaaagctata

upper sequence: LOC_Os01g60190.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA18G45120.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
AGGCTCATGGAACAGCTGTTGGTCTTCCTAGCGAAGATGACATGGGCAACAGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgttgttgag------ttttgattcatttgggaactataggttggatcactctgcatgttttgtgacaagcgtgtttcattctcactgtag-----
 ||||||||| || ||||| || ||||| |  ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||     |         |||| ||  ||||||   |    |  |   | |||    | || ||       |   |        ||| | |||     
GGGCTCATGGTACTGCTGTAGGACTTCCAACAGAAGATGACATGGGCAATAGTGAAGTTGGTCACAATGCCCTTGGGGCTGGTCGCATATTTGCTCAGGGgtaaactaaaactagcctctctttttcatctatttggc--cccctgtgtatgttactacctaggtattaaattggggtcgcagggccgtcaatttagtgata

upper sequence: LOC_Os01g60190.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA09G40690.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
AGGCTCATGGAACAGCTGTTGGTCTTCCTAGCGAAGATGACATGGGCAACAGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgttgttgag------ttttgattcatttgggaactataggttggatcactctgcatgttttgtgacaagcgtgtttcattctcactgtag-----
 ||||||||| || ||||| || ||||| |  |||||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||     |         |||| ||  ||||||   | || | ||   | |||    | |||||       |   |  |   | ||  | |||     
GGGCTCATGGTACCGCTGTAGGCCTTCCAACAGAAGATGACATGGGTAATAGTGAAGTTGGTCACAATGCTCTTGGGGCTGGTCGCATATTTGCTCAGGGgtaaactaaaactagcctctctttttcatctatttggcc-ccat-gcttatgttactaccaaggttttaaattgtggtcgcatggctgtcgatttagggata

upper sequence: LOC_Os01g60190.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv08s0056g00200.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
AGGCTCATGGAACAGCTGTTGGTCTTCCTAGCGAAGATGACATGGGCAACAGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgttgttg--agttttgattcatttgggaa-----------ctataggttggat-cactctgcatgttttgtgacaagcgtgtttcattctcactgtag
|||||||||| |  || || || ||||| |  || ||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||| ||||| | |||||| |||| |  |  | ||     ||||  ||| |||  |||            ||||   |  || ||| | | ||||    | |||||  || ||| || |        
AGGCTCATGGGAGTGCAGTAGGGCTTCCAACTGAGGATGACATGGGCAACAGTGAAGTTGGCCATAATGCTCTTGGTGCTGGACGCATATATGCTCAAGGgtgaatttctcttcctgattttatttcttttatgaaatttttacatattataacctttatacacccaggatgtcccttcacaagtttgattcctttttga-----

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|84117573|gb|CD151340.1|CD151340
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|58694638|gb|CK083325.1|CK083325
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|88727473|gb|CI751128.1|CI751128
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|58605105|gb|CK033138.1|CK033138
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|58687704|gb|CK076391.1|CK076391
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|29616024|gb|CB621036.1|CB621036
EST:     GGTCACAATGCTCCTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: GGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|2312538|gb|C28693.1|C28693
EST:     GCGAAGTGGNGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAA
genomic: GCGAAGTGG-GTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGG-ACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAA
EST: gi|29636841|gb|CB641850.1|CB641850
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|88407542|gb|CI586383.1|CI586383
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|29634606|gb|CB639615.1|CB639615
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|58597783|gb|CK008311.1|CK008311
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|29633640|gb|CB638649.1|CB638649
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|25800076|gb|CA756037.1|CA756037
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTNAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|58593381|gb|CF991689.1|CF991689
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|29614142|gb|CB619155.1|CB619155
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|29687802|gb|CB684077.1|CB684077
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|87006706|gb|CI285740.1|CI285740
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|58677212|gb|CK065899.1|CK065899
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|58674042|gb|CK062728.1|CK062728
EST:     GGTCGCATTTTTGCTCAGTGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAG
genomic: GGTCGCATTTTTGCTCAG-GGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAG
EST: gi|38473067|gb|CF957199.1|CF957199
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|33675454|gb|CF303693.1|CF303693
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|58691250|gb|CK079937.1|CK079937
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|58670062|gb|CK058748.1|CK058748
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|29670486|gb|CB666761.1|CB666761
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|58667774|gb|CK056460.1|CK056460
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|58610007|gb|CK038040.1|CK038040
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|88762402|gb|CI771958.1|CI771958
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|58690635|gb|CK079322.1|CK079322
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 66 (upstream exon), 75 (downstream exon)
Score: 91

AGGCTCATGGAACAGCTGTTGGTCTTCCTAGCGAAGATGACATGGGCAACAGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGAGGGGTTCAATTACATCAAAGAATGTTTTGACAAGGGTACCCTGCACCTT




<











<


<