1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
CGGGCTTCATGATGTTGTAACGACAAAGGGGTTTTCTGCACGTGACTTGGCTCAGAGAGAGAATTTTGATGTGTTATGTCTTCAAGAGACACATTTGGAGgcaagtcttggtgtttctgccataagactcttaatttatactgtacctctttggtgttatgtcatggggcagtgttattccgaacaactgtcacctattatgatgtgtttatggtcttacataatgaatttatgattaatatacatcgtgtactgtgttttcattatgttttcag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g58690.2 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CTCAGAGAGAGAATTTTGATGTGTTATGTCTTCAAGAGACACATTTGGAG GAAAAGGATGTTGAANAGTTTAAGAATCTGATAGCAGACTATGACAGCTATEST: gi|27546396|gb|CA764589.2|CA764589
genomic: CTCAGAGAGAGAATTTTGATGTGTTATGTCTTCAAGAGACACATTTGGAGgcaagtcttg ... atgttttcagGAAAAGGATGTTGAAAAGTTTAAGAATCTGATAGCAGACTATGACAGCTAT
EST: CTCAGAGAGAGAATTTTGATGTGTTATGTCTTCAAGAGACACATTTGGAG GAAAAGGATGTTGAAAAGTTTAAGAATCTGATAGCAGACTATGACAGCTATEST: gi|88337203|gb|CI628289.1|CI628289
genomic: CTCAGAGAGAGAATTTTGATGTGTTATGTCTTCAAGAGACACATTTGGAGgcaagtcttg ... atgttttcagGAAAAGGATGTTGAAAAGTTTAAGAATCTGATAGCAGACTATGACAGCTAT
EST: CTCAGAGAGAGAATTTTGATGTGTTACGTCTTCAAGAGACACATTTGGAG GAAAAGGATGTTGAAAAGTTTAAGAATCTGATAGCAGACTATGACAGCTATEST: gi|55411584|gb|CV723960.1|CV723960
genomic: CTCAGAGAGAGAATTTTGATGTGTTATGTCTTCAAGAGACACATTTGGAGgcaagtcttg ... atgttttcagGAAAAGGATGTTGAAAAGTTTAAGAATCTGATAGCAGACTATGACAGCTAT
EST: CTCAGAGAGAGAATTTTGATGTGTTATGTCTTCAAGAGACACATTTGGAG GAAAAGGATGTTGAAAAGTTTAAG
genomic: CTCAGAGAGAGAATTTTGATGTGTTATGTCTTCAAGAGACACATTTGGAGgcaagtcttg ... atgttttcagGAAAAGGATGTTGAAAAGTTTAAG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CGGGCTTCATGATGTTGTAACGACAAAGGGGTTTTCTGCACGTGACTTGGCTCAGAGAGAGAATTTTGATGTGTTATGTCTTCAAGAGACACATTTGGAGgcaagtcttggtgtttctgccataagactcttaatttatactgtacctctttggtgttatgtcatggggcagtgttattccgaacaactgtcacctattatgatgtgtttatggtcttacataatgaatttatgattaatatacatcgtgtactgtgttttcattatgttttcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG