1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
CCTACCAGTAAAAGGCCCATGGTGTGTTGATGACATGGACAGTGAAGCCTACATATCTCAATTCTCCGCAGATGGTTCCCTTCTCATTGGTGGGTTCCGGgtatgtcgttgtgctattatagggaaaattataaccattaccacatgagtttagcttttgtttagataccttggctgcacaaaatgttgtgatatgggtgactgacaatcctttatgccaacaattaatcag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g28680.3 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ACATATCTCAATTCTCCGCAGATGGTTCCCTTCTCATTGGTGGGTTCCGG GGTAGCCATATCAGAATCTACAATGCTGAGAAAAAGTGGACGATACATAAGEST: gi|33795075|gb|CF323413.1|CF323413
genomic: ACATATCTCAATTCTCCGCAGATGGTTCCCTTCTCATTGGTGGGTTCCGGgtatgtcgtt ... aattaatcagGGTAGCCATATCAGAATCTACAATGCTGAGAAAAAGTGGACGATACATAAG
EST: ACATATCTCAATTCTCCGCAGATGGTTCCCTTCTCATTGGTGGGTTCCGG GGTAGCCATATCAGAATCTACAATGCTGAGAAAAAGTGGACGATACATAAGEST: gi|29612829|gb|CB617842.1|CB617842
genomic: ACATATCTCAATTCTCCGCAGATGGTTCCCTTCTCATTGGTGGGTTCCGGgtatgtcgtt ... aattaatcagGGTAGCCATATCAGAATCTACAATGCTGAGAAAAAGTGGACGATACATAAG
EST: ACATATCTCAATTCTCCGCAGATGGTTCCCTTCTCATTGGAGGGTTCCGG GGTAGCCATATCAGAATCTACAATGCTGAGAAAAAGTGGACGATACATAAGEST: gi|29688485|gb|CB684760.1|CB684760
genomic: ACATATCTCAATTCTCCGCAGATGGTTCCCTTCTCATTGGTGGGTTCCGGgtatgtcgtt ... aattaatcagGGTAGCCATATCAGAATCTACAATGCTGAGAAAAAGTGGACGATACATAAG
EST: ACATATCTCAATTCTCCGCAGATGGTTCCCTTCTCA--------TT---G GGTAGCCATATCAGAATCTACAATGCTGAGAAAAAGTGGACGATACATAAGEST: gi|33675917|gb|CF304156.1|CF304156
genomic: ACATATCTCAATTCTCCGCAGATGGTTCCCTTCTCATTGGTGGGTTCCGGgtatgtcgtt ... aattaatcagGGTAGCCATATCAGAATCTACAATGCTGAGAAAAAGTGGACGATACATAAG
EST: ACATATCTCAATTCTCCGCAGATGGTTCCCTTCTCATTGGTGGGTTCCGG GGTAGCCATATCAGAATCTACAATGCTGAGAAAAAGTGGACGATACATAAGEST: gi|33676806|gb|CF305045.1|CF305045
genomic: ACATATCTCAATTCTCCGCAGATGGTTCCCTTCTCATTGGTGGGTTCCGGgtatgtcgtt ... aattaatcagGGTAGCCATATCAGAATCTACAATGCTGAGAAAAAGTGGACGATACATAAG
EST: ACATATCTCAATTCTCCGCAGATGGTTCCCTTCTCATTGGTGGGTTCCGG GGTAGCCATATCAGAATCTACAATGCTGAGAAAAAGTGGACGATACATAAGEST: gi|33676175|gb|CF304414.1|CF304414
genomic: ACATATCTCAATTCTCCGCAGATGGTTCCCTTCTCATTGGTGGGTTCCGGgtatgtcgtt ... aattaatcagGGTAGCCATATCAGAATCTACAATGCTGAGAAAAAGTGGACGATACATAAG
EST: ACATATCTCAATTCTCCGCAGATGGTTCCCTTCTCATTGGTGGGTTCCGG GGTAGCCATATCAGAATCTACAATGCTGAGAAAAAGTGGACGATACATAAGEST: gi|33693127|gb|CF321366.1|CF321366
genomic: ACATATCTCAATTCTCCGCAGATGGTTCCCTTCTCATTGGTGGGTTCCGGgtatgtcgtt ... aattaatcagGGTAGCCATATCAGAATCTACAATGCTGAGAAAAAGTGGACGATACATAAG
EST: ACATATCTCAATTCTCCGCAGATGGTTCCCTTCTCATTGGTGGGTTCCGG GGTATCCATATCAGAATCTACAATGCTGAGAAAAAGTGGACGATACATAAG
genomic: ACATATCTCAATTCTCCGCAGATGGTTCCCTTCTCATTGGTGGGTTCCGGgtatgtcgtt ... aattaatcagGGTAGCCATATCAGAATCTACAATGCTGAGAAAAAGTGGACGATACATAAG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CCTACCAGTAAAAGGCCCATGGTGTGTTGATGACATGGACAGTGAAGCCTACATATCTCAATTCTCCGCAGATGGTTCCCTTCTCATTGGTGGGTTCCGGgtatgtcgttgtgctattatagggaaaattataaccattaccacatgagtttagcttttgtttagataccttggctgcacaaaatgttgtgatatgggtgactgacaatcctttatgccaacaattaatcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG