Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACCGTGAATTGTATGGAGATGGGAATGACGCCAGAACAAATCTATGGACAAAATGTGTATGTTCCTGCAACTGCGAATCCTTATCCGTATGGTTATACAGgtaaaaacatgaactggcagcttgctttcgtccacatgttatctgttgtgctttatttctctttatgctgtcgggtcgtaatacatttattgaatgcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g22630.2
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g22630.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G098174_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
ACCGTGAATTGTATGGAGATGGGAATGACGCCAGAACAAATCTATGGACAAAATGTGTATGTTCCTGCAACTGCGAATCCTTATCCGTATGGTTATACAGgtaaaaacatgaactggcagcttgctttcgtccacatgttatctgttgtgctttatttctctt--tatgctgtcgggtcgtaatacatttattgaatgcag
|  |||||||| ||||||||||||||||| || ||   ||| |||||||||||||| | ||||||||| ||||| | ||| || |  ||||||||| |||||||||    ||| ||    | |   || ||        | ||  | ||||||   | || |   |||    |    | ||||   |||| |  |||||||
AGTGTGAATTGCATGGAGATGGGAATGACTCCTGATGTAATGTATGGACAAAATGTTTTTGTTCCTGCTACTGCAACTCCCTACCAATATGGTTATGCAGgtaaaag---gaaatgt---cctatctttgtattatgcctgtccttggtgcttacctcctttcagtatttcatttcatggtaaccaatttgtcaaatgcag

upper sequence: LOC_Os01g22630.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G056573_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
ACCGTGAATTGTATGGAGATGGGAATGACGCCAGAACAAATCTATGGACAAAATGTGTATGTTCCTGCAACTGCGAATCCTTATCCGTATGGTTATACAGgtaaaaacatgaactggcagcttgctttcgtccacatgttatctgttgtgctttatttctctttatgctgtcgggtcgtaatacatttattgaatgcag
|  || | ||| ||||||||||||||||| || |||  ||| |||||||||||||| |  |||||||| ||||| ||||| || |  ||||| ||||||||||||   |     | | |   ||| |  ||||      | | || | ||| |  || | ||  ||    |  | | ||||   |||| |  |||||||
ATTGTTAGTTGCATGGAGATGGGAATGACTCCTGAAGTAATGTATGGACAAAATGTTTTCGTTCCTGCTACTGCAAATCCCTACCAATATGGCTATACAGgtaaagggaaatgtttgtattatgcct--gtcc------tttgtgct-tgcctccttccact--atttcatttgattgtaaccaatttgtcaaatgcag