Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   
8  
 5'  3'   
9  
 5'  3'   
10  
 5'  3'   
11  
 5'  3'   
12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTCAATCCGATTGTTGAAGACGTGCGCATGCGAGGCGATGCTGCGGTCAAGGAgtaagtgatgatgatgatggtgtagtgttcgatccttttggaccatgtatagcatgatttttgtattgacttcctgggtttggtttgctcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g13190.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32948183|gb|BP184755.1|BP184755
EST:     AATCCGATTGTTGAAGACGTGCGCATGCGAGGCGATGCTGCGGTCAAGGA                         TTATACAGTGAAGTTCGACAAGGTTGCACTCGATGATGTGGTTGTGCGTGT
genomic: AATCCGATTGTTGAAGACGTGCGCATGCGAGGCGATGCTGCGGTCAAGGAgtaagtgatg ... gtttgctcagTTATACAGTGAAGTTCGACAAGGTTGCACTCGATGATGTGGTTGTGCGTGT
EST: gi|29680232|gb|CB676507.1|CB676507
EST:     AATCCGATTGTTGAAGACGTGCGCATGCGAGGCGATGCTGCGGTCAAGGA                         TTATACAGTGAAGTTCGACAAGGTTGCACTCGATGATGTGGTTGTGCGTGT
genomic: AATCCGATTGTTGAAGACGTGCGCATGCGAGGCGATGCTGCGGTCAAGGAgtaagtgatg ... gtttgctcagTTATACAGTGAAGTTCGACAAGGTTGCACTCGATGATGTGGTTGTGCGTGT
EST: gi|88449248|gb|CI582120.1|CI582120
EST:     AATCCGATTGTTGAAGACGTGCGCATGCGAGGCGATGCTGCGGTCAAGGA                         TTATACAGTGAAAGTTCGACAAGGTTGCACTCGATGATGTGGTTGTGCGTG
genomic: AATCCGATTGTTGAAGACGTGCGCATGCGAGGCGATGCTGCGGTCAAGGAgtaagtgatg ... gtttgctcagTTATACAGTGAA-GTTCGACAAGGTTGCACTCGATGATGTGGTTGTGCGTG
EST: gi|88387313|gb|CI580658.1|CI580658
EST:     AATCCGATTGTTGAAGACGTGCGCATGCGAGGCGATGCTGCGGTCAAGGA                         TTATACAGTGAAGTTCGACAAGGTTGCACTCGATGATGTGGTTGTGCGTGT
genomic: AATCCGATTGTTGAAGACGTGCGCATGCGAGGCGATGCTGCGGTCAAGGAgtaagtgatg ... gtttgctcagTTATACAGTGAAGTTCGACAAGGTTGCACTCGATGATGTGGTTGTGCGTGT
EST: gi|88339460|gb|CI635438.1|CI635438
EST:     AATCCGATTGTTGAAGACGTGCGCATGCGAGGCGATGCTGCGGTCAAGGA                         TTATACAGTGAAGTTCGACAAGGTTGCACTCGATGATGTGGTTGTGCGTGT
genomic: AATCCGATTGTTGAAGACGTGCGCATGCGAGGCGATGCTGCGGTCAAGGAgtaagtgatg ... gtttgctcagTTATACAGTGAAGTTCGACAAGGTTGCACTCGATGATGTGGTTGTGCGTGT
EST: gi|117232645|gb|CT842234.1|CT842234
EST:     AATCCGATTGTTGAAGACGTGCGCATGCGAGGCGATGCTGCGGTCAAGGA                         TTATACAGTGAAGTTCGACAAGGTTGCACTCGATGATGTGGTTGTGCGTGT
genomic: AATCCGATTGTTGAAGACGTGCGCATGCGAGGCGATGCTGCGGTCAAGGAgtaagtgatg ... gtttgctcagTTATACAGTGAAGTTCGACAAGGTTGCACTCGATGATGTGGTTGTGCGTGT
EST: gi|88298841|gb|CI566038.1|CI566038
EST:     AATCCGATTGTTGAAGACGTGCGCATGCGAGGCGATGCTGCGGTCAAGGA                         TTATACAGTGAAGTTCGACAAGGTTGCACTCGATGATGTGGTTGTGCGTGT
genomic: AATCCGATTGTTGAAGACGTGCGCATGCGAGGCGATGCTGCGGTCAAGGAgtaagtgatg ... gtttgctcagTTATACAGTGAAGTTCGACAAGGTTGCACTCGATGATGTGGTTGTGCGTGT
EST: gi|58673757|gb|CK062443.1|CK062443
EST:     AA--CGA-TGTTGAAGCCGTGCGCATGCGAGGCGATGCTGCGGTCAAGGA                         TTATACAGTGAAGTTCGACAAGGTTGCACTCGATGATGTGGTTGTGCGTGT
genomic: AATCCGATTGTTGAAGACGTGCGCATGCGAGGCGATGCTGCGGTCAAGGAgtaagtgatg ... gtttgctcagTTATACAGTGAAGTTCGACAAGGTTGCACTCGATGATGTGGTTGTGCGTGT
EST: gi|88392984|gb|CI614866.1|CI614866
EST:     AATCCGATTGTTGAAGACGTGCGCATGCGAGGCGATGCTGCGGTCAAGGA                         TTATACAGTGAAGTTCGACAAGGTTGCACTCGATGATGTGGTTGTGCGTGT
genomic: AATCCGATTGTTGAAGACGTGCGCATGCGAGGCGATGCTGCGGTCAAGGAgtaagtgatg ... gtttgctcagTTATACAGTGAAGTTCGACAAGGTTGCACTCGATGATGTGGTTGTGCGTGT
EST: gi|29683233|gb|CB679508.1|CB679508
EST:     AATCCGATTGTTGAAGACGTGCGCATGCGAGGCGATGCTGCGGTCAAGGA                         TTATACAGTGAAGTTCGACAAGGTTGCACTCGATGATGTGGTTGTGCGTGT
genomic: AATCCGATTGTTGAAGACGTGCGCATGCGAGGCGATGCTGCGGTCAAGGAgtaagtgatg ... gtttgctcagTTATACAGTGAAGTTCGACAAGGTTGCACTCGATGATGTGGTTGTGCGTGT
EST: gi|29662201|gb|CB658476.1|CB658476
EST:     AATCCGATTGTTGAAGACGTGCGCATGCGAGGCGATGCTGCGGTCAAGGA                         TTATACAGTGAAGTTCGACAAGGTTGCACTCGATGATGTGGTTGTGCGTGT
genomic: AATCCGATTGTTGAAGACGTGCGCATGCGAGGCGATGCTGCGGTCAAGGAgtaagtgatg ... gtttgctcagTTATACAGTGAAGTTCGACAAGGTTGCACTCGATGATGTGGTTGTGCGTGT
EST: gi|88388089|gb|CI590365.1|CI590365
EST:     AATCCGATTGTTGAAGACGTGCGCATGCGAGGCGATGCTGCGGTCAAGGA                         TTATACAGTGAAGTTCGACAAGGTTGCACTCGATGATGTGGTTGTGCGTG
genomic: AATCCGATTGTTGAAGACGTGCGCATGCGAGGCGATGCTGCGGTCAAGGAgtaagtgatg ... gtttgctcagTTATACAGTGAAGTTCGACAAGGTTGCACTCGATGATGTGGTTGTGCGTG
EST: gi|88721621|gb|CI744920.1|CI744920
EST:     AATCCGATTGTTGAAGACGTGCGCATGCGAGGCGATGCTGCGGTCAAGGA                         TTATACAGTGAAG
genomic: AATCCGATTGTTGAAGACGTGCGCATGCGAGGCGATGCTGCGGTCAAGGAgtaagtgatg ... gtttgctcagTTATACAGTGAAG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 53 (upstream exon), 73 (downstream exon)
Score: 14

GTCAATCCGATTGTTGAAGACGTGCGCATGCGAGGCGATGCTGCGGTCAAGGAgtaagtgatg ... gtttgctcagTTATACAGTGAAGTTCGACAAGGTTGCACTCGATGATGTGGTTGTGCGTGTTAGCGATCTTCCGGATGTGGAG




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTCAATCCGATTGTTGAAGACGTGCGCATGCGAGGCGATGCTGCGGTCAAGGAgtaagtgatgatgatgatggtgtagtgttcgatccttttggaccatgtatagcatgatttttgtattgacttcctgggtttggtttgctcag

- - - - - - TTGAAG
- - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC