1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
AGAACCAAGGAGGACAATGAATGCGAGTGAATGTGTTGCCAGGGGATGTGCGCTGGAGTGTGCTATCCTTAGTCCCACTTTTAAAGTGCGAGAGTTTCAGgtatgtgcccgctttcaccctgctgccttctctgctttggctatctgcacaatacattaatagaaatcttgctgcttcatgccttaaaatctctaattaa...
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g08560.2 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CGCTGGAGTGTGCTATCCTTAGTCCCACTTTTAAAGTGCGAGAGTTTCAG GTTAATGATGGTTTCCCTTTCTCAATTGCAATGTCATGGAAACCAGACTCTEST: gi|58657554|gb|CK046234.1|CK046234
genomic: CGCTGGAGTGTGCTATCCTTAGTCCCACTTTTAAAGTGCGAGAGTTTCAGgtatgtgccc ... ccctgtgcagGTTAATGATGGTTTCCCTTTCTCAATTGCAATGTCATGGAAACCAGACTCT
EST: CGCTGGAGTGTGCTATCCTTAGTCCCACTTTTAAAGTGCGAGAGTTTCAG GTTAATGATGGTTTCCCTTTCTCAATTGCAATGTCATGGAAACCAGACTCTEST: gi|58667650|gb|CK056336.1|CK056336
genomic: CGCTGGAGTGTGCTATCCTTAGTCCCACTTTTAAAGTGCGAGAGTTTCAGgtatgtgccc ... ccctgtgcagGTTAATGATGGTTTCCCTTTCTCAATTGCAATGTCATGGAAACCAGACTCT
EST: CGCTGGAGAGTGCTATCCTTAGTCCCACTTTTAAAGTGCGAGAGTTTCAG GTTAATGATGGTTTCCCTTTCTCAATTGCAATGTCATGGAAACCAGACTCTEST: gi|29619080|gb|CB624092.1|CB624092
genomic: CGCTGGAGTGTGCTATCCTTAGTCCCACTTTTAAAGTGCGAGAGTTTCAGgtatgtgccc ... ccctgtgcagGTTAATGATGGTTTCCCTTTCTCAATTGCAATGTCATGGAAACCAGACTCT
EST: CGCTGGAGTGTGCTATCCTTAGTCCCACTTTTAAAGTGCGAGAGTTTCAG GTTAATGATGGTTTCCCTTTCTCAATTGCAATGTCATGGAAACCAGACTCTEST: gi|58695736|gb|CK084423.1|CK084423
genomic: CGCTGGAGTGTGCTATCCTTAGTCCCACTTTTAAAGTGCGAGAGTTTCAGgtatgtgccc ... ccctgtgcagGTTAATGATGGTTTCCCTTTCTCAATTGCAATGTCATGGAAACCAGACTCT
EST: CGCTGGAGTGTGCTATCCTTAGTCCCACTTTTAAAGTGCGAGAGTTTCAG GTTAATGATGGTTTCCCTTTCTCAATTGCAATGTCATGGAAACCAGACTCT
genomic: CGCTGGAGTGTGCTATCCTTAGTCCCACTTTTAAAGTGCGAGAGTTTCAGgtatgtgccc ... ccctgtgcagGTTAATGATGGTTTCCCTTTCTCAATTGCAATGTCATGGAAACCAGACTCT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AGAACCAAGGAGGACAATGAATGCGAGTGAATGTGTTGCCAGGGGATGTGCGCTGGAGTGTGCTATCCTTAGTCCCACTTTTAAAGTGCGAGAGTTTCAGgtatgtgcccgctttcaccctgctgccttctctgctttggctatctgcacaatacattaatagaaatcttgctgcttcatgccttaaaatctctaattaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA