Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGGACTGACTGTTTTATGGCTAGACACCATGGAAACCATTCCCTACTGCCAGAGATGGTTCAACCCAATAATGAGCAACTCAACCAACCTCTGCCTTTAGgtagcttggcttcattattatctattgtattgtacatgtctgaattgtgattaaaattgtgtcctattttgttttaatctcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g06590.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29628446|gb|CB633457.1|CB633457
EST:     AGAGATGGTTCAACCCAATAATGAGCAACTCAACCAACCTCTGCCTTTAG                         GTCAGAAGTTATTTGTGCATGCTGGAAATGATGCAGCCCTTAAAATTGGCC
genomic: AGAGATGGTTCAACCCAATAATGAGCAACTCAACCAACCTCTGCCTTTAGgtagcttggc ... ttaatctcagGTCAGAAGTTATTTGTGCATGCTGGAAATGATGCAGCCCTTAAAATTGGCC
EST: gi|29629979|gb|CB634988.1|CB634988
EST:     AGAGATGGTTCAACCCAATAATGAGCAACTCAACCAACCTCTGCCTTTAG                         GTCAGAAGTTATTTGTGCATGCTGGAAATGATGCAGCCCTTAAAATTGGCC
genomic: AGAGATGGTTCAACCCAATAATGAGCAACTCAACCAACCTCTGCCTTTAGgtagcttggc ... ttaatctcagGTCAGAAGTTATTTGTGCATGCTGGAAATGATGCAGCCCTTAAAATTGGCC
EST: gi|29622197|gb|CB627208.1|CB627208
EST:     AGAGATGGTTCAACCCAATAATGAGCAACTCAACCAACCTCTGCCTTTAG                         GTCAGAAGTTATTTGTGCATGCTGGAAATGATGCAGCCCTTAAAATTGGCC
genomic: AGAGATGGTTCAACCCAATAATGAGCAACTCAACCAACCTCTGCCTTTAGgtagcttggc ... ttaatctcagGTCAGAAGTTATTTGTGCATGCTGGAAATGATGCAGCCCTTAAAATTGGCC
EST: gi|29670362|gb|CB666637.1|CB666637
EST:     AGAGATGGTTCAACCCAATAATGAGCAACTCAACCAACCTCTGCCTTTAG                         GTCAGAAGTTATTTGTGCATGCTGGAAATGATGCAGCCCTTAAAATTGGCC
genomic: AGAGATGGTTCAACCCAATAATGAGCAACTCAACCAACCTCTGCCTTTAGgtagcttggc ... ttaatctcagGTCAGAAGTTATTTGTGCATGCTGGAAATGATGCAGCCCTTAAAATTGGCC
EST: gi|117234938|gb|CT847971.1|CT847971
EST:     AGAGATGGTTCAACCCAATAATGAGCAACTCAACCAACCTCTGCCTTTAG                         GTCAGAAGTTATTTGTGCATGCTGGAAATGATGCAGCCCTTAAAATTGGCC
genomic: AGAGATGGTTCAACCCAATAATGAGCAACTCAACCAACCTCTGCCTTTAGgtagcttggc ... ttaatctcagGTCAGAAGTTATTTGTGCATGCTGGAAATGATGCAGCCCTTAAAATTGGCC
EST: gi|33678234|gb|CF306473.1|CF306473
EST:     AGAGATGGTTCAACCCAATAATGAGCAACTCAACCAACCTCTGCCTTTAG                         GTCAGAAGTTATTTGTGCATGCTGGAAATGATGCAGCCCTTAAAATTGGCC
genomic: AGAGATGGTTCAACCCAATAATGAGCAACTCAACCAACCTCTGCCTTTAGgtagcttggc ... ttaatctcagGTCAGAAGTTATTTGTGCATGCTGGAAATGATGCAGCCCTTAAAATTGGCC
EST: gi|86884336|gb|CI311729.1|CI311729
EST:     AGAGATGGTTCAACCCAATAATGAGCAACTCAACCAACCTCTGCCTTTAG                         GTCAGAAGTTATTTGTGCATGCTGGAAATGATGCAGCCCTTAAAATTGGCC
genomic: AGAGATGGTTCAACCCAATAATGAGCAACTCAACCAACCTCTGCCTTTAGgtagcttggc ... ttaatctcagGTCAGAAGTTATTTGTGCATGCTGGAAATGATGCAGCCCTTAAAATTGGCC
EST: gi|58595023|gb|CF993331.1|CF993331
EST:     AGAGATGGTTCAACCCAATAATGAGCAACTCAACCAACCTCTGCCTTTAG                         GTCAGAAGTTATTTGTGCATGCTGGAAATGATGCAGCCCTTAAAATTGGCC
genomic: AGAGATGGTTCAACCCAATAATGAGCAACTCAACCAACCTCTGCCTTTAGgtagcttggc ... ttaatctcagGTCAGAAGTTATTTGTGCATGCTGGAAATGATGCAGCCCTTAAAATTGGCC
EST: gi|88404416|gb|CI578293.1|CI578293
EST:     AGAGATGGTTCAACCCAATAATGAGCAACTCAACCAACNTCTGCCTTTAG                         GTCAGAAGTTATTTGTGAATGCTGGAAATGATGCAG-CCTTAAAATTGGCC
genomic: AGAGATGGTTCAACCCAATAATGAGCAACTCAACCAACCTCTGCCTTTAGgtagcttggc ... ttaatctcagGTCAGAAGTTATTTGTGCATGCTGGAAATGATGCAGCCCTTAAAATTGGCC
EST: gi|29674585|gb|CB670860.1|CB670860
EST:     AGAGATGGTTCAACCCAATAATGAGCAACTCAACCAACCTCTGCCTTTAG                         GTCAGAAGTTATTTGTGCATGCTGGAAATGATGCAGCCCTTAAAATTGGCC
genomic: AGAGATGGTTCAACCCAATAATGAGCAACTCAACCAACCTCTGCCTTTAGgtagcttggc ... ttaatctcagGTCAGAAGTTATTTGTGCATGCTGGAAATGATGCAGCCCTTAAAATTGGCC
EST: gi|29636190|gb|CB641199.1|CB641199
EST:     AGAGATGGTTCAACCCAATAATGAGCAACTCAACCAACCTCTGCCTTTAG                         GTCAGAAGTTATTTGTGCATGCTGGAAATGATGCAGCCCTTAAAATTGGCC
genomic: AGAGATGGTTCAACCCAATAATGAGCAACTCAACCAACCTCTGCCTTTAGgtagcttggc ... ttaatctcagGTCAGAAGTTATTTGTGCATGCTGGAAATGATGCAGCCCTTAAAATTGGCC
EST: gi|29623669|gb|CB628680.1|CB628680
EST:     AGAGATGGTTCAACCCAATAATGAGCAACTCAACCAACCTCTGCCTTTAG                         GTCAGAAGTTATTTGTGCATGCTGGAAATGATGCAGCCCTTAAAATTGGCC
genomic: AGAGATGGTTCAACCCAATAATGAGCAACTCAACCAACCTCTGCCTTTAGgtagcttggc ... ttaatctcagGTCAGAAGTTATTTGTGCATGCTGGAAATGATGCAGCCCTTAAAATTGGCC
EST: gi|58588309|gb|CF986617.1|CF986617
EST:     AGAGATGGTTCAACCCAATAATGAGCAACTCAACCAACCTCTGCCTTTAG                         GTCAGAAGTTATTTGTGCATGCTGGAAATGATGCAGCCCTTAAAATTGGGC
genomic: AGAGATGGTTCAACCCAATAATGAGCAACTCAACCAACCTCTGCCTTTAGgtagcttggc ... ttaatctcagGTCAGAAGTTATTTGTGCATGCTGGAAATGATGCAGCCCTTAAAATTGGCC
EST: gi|33677855|gb|CF306094.1|CF306094
EST:     AGAGATGGTTCAACCCAATAATGAGCAACTCAACCAACCTCTGCCTTTAG                         GTCAGAAGTTATTTGTGCATGCTGGAAATGATGCAGCCCTTAAAATTGGCC
genomic: AGAGATGGTTCAACCCAATAATGAGCAACTCAACCAACCTCTGCCTTTAGgtagcttggc ... ttaatctcagGTCAGAAGTTATTTGTGCATGCTGGAAATGATGCAGCCCTTAAAATTGGCC
EST: gi|88729584|gb|CI751387.1|CI751387
EST:     AGAGATGGTTCAACCCAATAATGAGCAACTCAACCAACCTCTGCCTTTAG                         GTCAGAAGTTATTTGTGCATGCTGGAAATGATGCAGCCCTTAAAATTGGCC
genomic: AGAGATGGTTCAACCCAATAATGAGCAACTCAACCAACCTCTGCCTTTAGgtagcttggc ... ttaatctcagGTCAGAAGTTATTTGTGCATGCTGGAAATGATGCAGCCCTTAAAATTGGCC
EST: gi|45244946|gb|AB118168.1|AB118168
EST:     AGAGATGGTTCAACCCAATAATGAGCAACTCAACCAACCTCTGCCTTTAG                         GTCAGAAGTTATTTGTGCATGCTGGAAATGATGCAGCCCTTAAAATTGGCC
genomic: AGAGATGGTTCAACCCAATAATGAGCAACTCAACCAACCTCTGCCTTTAGgtagcttggc ... ttaatctcagGTCAGAAGTTATTTGTGCATGCTGGAAATGATGCAGCCCTTAAAATTGGCC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGGACTGACTGTTTTATGGCTAGACACCATGGAAACCATTCCCTACTGCCAGAGATGGTTCAACCCAATAATGAGCAACTCAACCAACCTCTGCCTTTAGgtagcttggcttcattattatctattgtattgtacatgtctgaattgtgattaaaattgtgtcctattttgttttaatctcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGATG