Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAGCCTTGCATCACTTGCTAATGAGTATAGAAGGCTAGCAATTGATTGTGTCAGAGTCTTGAGATTGGAAATGCAATTAGAAACTATATATCACATGCAGgtaatagcactcttgtagcgccacatgtttattgatggatttatgttatgtcaagattttgatactagcatgatttttaaatag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os08g22864.2
intron # 19
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os08g22864.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 20
lower sequence: GRMZM2G327394_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 20
AAGCCTTGCATCACTTGCTAATGAGTATAGAAGGCTAGCAATTGATTGTGTCAGAGTCTTGAGATTGGAAATGCAATTAGAAACTATATATCACATGCAGgtaatagcactcttgtagcgccacatgtttat-tgatggatttatgttatgtcaagattttgatactagcatgatttttaaatag
||| || || || || ||||||||||| |||||| ||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||  | ||||| |||||||||||| | |||||   ||  |        |   | || | ||| |||  | ||| || |   | | |     || |||  || |   
AAGTCTCGCGTCTCTGGCTAATGAGTACAGAAGGTTAGCTGTTGATTGTGTCAGAGTATTGAGATTGGAAATGCAGCTAGAGGCGATATACCACATGCAGgtagtggcactacagttccatttggcatcactctgttagatgtat--tgtgtaaaaaaaatca-atcgatataattcgtacag--
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|218497128|gb|FG954379.1|FG954379
EST:     TCAGAGTCTTGAGATTGGAAATGCAATTAGAAACTATATATCACATGCAG                         GAAATGACGAAAAGAGAATATGTAGAAGATCAAGATGCTGAAGATCCTGAT
genomic: TCAGAGTCTTGAGATTGGAAATGCAATTAGAAACTATATATCACATGCAGgtaatagcac ... ttttaaatagGAAATGACGAAAAGAGAATATGTAGAAGATCAAGATGCTGAAGATCCTGAT
EST: gi|58692351|gb|CK081038.1|CK081038
EST:     TCAGAGTCTTGAGATTGGAAATGCAATTAGAAACTATATATCACATGCAG                         GAAATGACGAAAAGAGAATATGTAGAAGATCAAGATGCTGAAGATCCTGAT
genomic: TCAGAGTCTTGAGATTGGAAATGCAATTAGAAACTATATATCACATGCAGgtaatagcac ... ttttaaatagGAAATGACGAAAAGAGAATATGTAGAAGATCAAGATGCTGAAGATCCTGAT