Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAGGTTATAACGGGTGCAGGGCATACAAGTGCAATCGATTGGTGGGCTCTCGgtaagcaataacctaatatatttttttgggtcatcttatgaactagttgattacaagaattgcacagaatggattaaaagagttagttttatttattcga...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os04g23890.3
intron # 19
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os04g23890.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 19
lower sequence: GRMZM2G032351_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 18
GAGGTTATAACGGGTGCAGGGCATACAAGTGCAATCGATTGGTGGGCTCTCGgtaagcaataacctaatatatttttttgg---gtcatcttatgaacta-gttgattacaagaattgcacagaatggattaaaagagttagttttatttattcga
||||| || || |||| |   ||||||||||| || |||||||||||||| ||||||| ||||  |     ||| |  ||    || ||| | | | ||| |   | |  |   ||| || |   |   || |  || | |     ||||      
GAGGTCATCACTGGTGTACCACATACAAGTGCCATTGATTGGTGGGCTCTTGgtaagctataatatgtgggattatagtgttctgttatcatttaacctatggctagtgaatacattccataagcttattttatggattaaaaacaattttg----
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29685192|gb|CB681467.1|CB681467
EST:     GGTTATAACGGGTGCAGGGCATACAAGTGCAATCGATTGGTGGGCTCTCG                         GAATTCTATTGTATGAGATGCTGTATGGGCGTACACCTTTCCGAGGAAAGA
genomic: GGTTATAACGGGTGCAGGGCATACAAGTGCAATCGATTGGTGGGCTCTCGgtaagcaata ... catgctatagGAATTCTATTGTATGAGATGCTGTATGGGCGTACACCTTTCCGAGGAAAGA
EST: gi|29618297|gb|CB623309.1|CB623309
EST:     GGTTATAACGGGTGCAGGGCATACAAGTGCAATCGATTGGTGGGCTCTCG                         GAATTCTATTGTATGAGATGCTGTATGGGCGTACACCTTTCCGAGGAAAGA
genomic: GGTTATAACGGGTGCAGGGCATACAAGTGCAATCGATTGGTGGGCTCTCGgtaagcaata ... catgctatagGAATTCTATTGTATGAGATGCTGTATGGGCGTACACCTTTCCGAGGAAAGA
EST: gi|29619193|gb|CB624205.1|CB624205
EST:     GGTTATAACGGGTGCAGGGCATACAAGTGCAATCGATTGGTGGGCTCTCG                         GAATTCTATTGTATGAGATGCTGTATGGGCGTACACCTTTCCGAGGAAAGA
genomic: GGTTATAACGGGTGCAGGGCATACAAGTGCAATCGATTGGTGGGCTCTCGgtaagcaata ... catgctatagGAATTCTATTGTATGAGATGCTGTATGGGCGTACACCTTTCCGAGGAAAGA
EST: gi|29679663|gb|CB675938.1|CB675938
EST:     GGTTATAACGGGTGCAGGGCATACAAGTGCAATCGATTGGTGGGCTCTCG                         GAATTCTATTGTATGAGATGCTGTATGGGCGTACACCTTTCCGAGGAAAGA
genomic: GGTTATAACGGGTGCAGGGCATACAAGTGCAATCGATTGGTGGGCTCTCGgtaagcaata ... catgctatagGAATTCTATTGTATGAGATGCTGTATGGGCGTACACCTTTCCGAGGAAAGA
EST: gi|29680790|gb|CB677065.1|CB677065
EST:     GGTTATAACGGGTGCAGGGCATACAAGTGCAATCGATTGGTGGGCTCTCG                         GAATTCTATTGTATGAGATGCTGTATGGGCGTACACCTTTCCGAGGAAAGA
genomic: GGTTATAACGGGTGCAGGGCATACAAGTGCAATCGATTGGTGGGCTCTCGgtaagcaata ... catgctatagGAATTCTATTGTATGAGATGCTGTATGGGCGTACACCTTTCCGAGGAAAGA
EST: gi|29626656|gb|CB631667.1|CB631667
EST:     GGTTATAACGGGTGCAGGGCATACAAGTGCAATCGATTGGTGGGCTCTCG                         GAATTCTATTGTATGAGATGCTGTATGGGCGTACACCTTTCCGAGGAAAGA
genomic: GGTTATAACGGGTGCAGGGCATACAAGTGCAATCGATTGGTGGGCTCTCGgtaagcaata ... catgctatagGAATTCTATTGTATGAGATGCTGTATGGGCGTACACCTTTCCGAGGAAAGA
EST: gi|29615866|gb|CB620878.1|CB620878
EST:     GGTTATAACGGGTGCAGGGCATACAAGTGCAATCGATTGGTGGGCTCTCG                         GAATTCTATTGTATGAGATGCTGTATGGGCGTACACCTTTCCGAGGAAAGA
genomic: GGTTATAACGGGTGCAGGGCATACAAGTGCAATCGATTGGTGGGCTCTCGgtaagcaata ... catgctatagGAATTCTATTGTATGAGATGCTGTATGGGCGTACACCTTTCCGAGGAAAGA
EST: gi|29685421|gb|CB681696.1|CB681696
EST:     GGTTATAACGGGTGCAGGGCATACAAGTGCAATCGATTGGTGGGCTCTCG                         GAATTCTATTGTATGAGATGCTGTATGGGCGTACACCTTTCCGAGGAAAGA
genomic: GGTTATAACGGGTGCAGGGCATACAAGTGCAATCGATTGGTGGGCTCTCGgtaagcaata ... catgctatagGAATTCTATTGTATGAGATGCTGTATGGGCGTACACCTTTCCGAGGAAAGA
EST: gi|29612811|gb|CB617824.1|CB617824
EST:     GGTTATAACGGGTGCAGGGCATACAAGTGCAATCGATTGGTGGGCTCTCG                         GAATTCTATTGTATGAGATGCTGTATGGGCGTACACCTTTCCGAGGAAAGA
genomic: GGTTATAACGGGTGCAGGGCATACAAGTGCAATCGATTGGTGGGCTCTCGgtaagcaata ... catgctatagGAATTCTATTGTATGAGATGCTGTATGGGCGTACACCTTTCCGAGGAAAGA
EST: gi|29630592|gb|CB635601.1|CB635601
EST:     GGTTATAACGGGTGCAGGGCATACAAGTGCAATCGATTGGTGGGCTCTCG                         GAATTCTATTGTATGAGATGCTGTATGGGCGTACACCTTTCCGAGGAAAGA
genomic: GGTTATAACGGGTGCAGGGCATACAAGTGCAATCGATTGGTGGGCTCTCGgtaagcaata ... catgctatagGAATTCTATTGTATGAGATGCTGTATGGGCGTACACCTTTCCGAGGAAAGA
EST: gi|29620201|gb|CB625213.1|CB625213
EST:     GGTTATAACGGGTGCAGGGCATACAAGTGCAATCGATTGGTGGGCTCTCG                         GAATTCTATTGTATGAGATGCTGTATGGGCGTACACCTTTCCGAGGAAAGA
genomic: GGTTATAACGGGTGCAGGGCATACAAGTGCAATCGATTGGTGGGCTCTCGgtaagcaata ... catgctatagGAATTCTATTGTATGAGATGCTGTATGGGCGTACACCTTTCCGAGGAAAGA
EST: gi|29619194|gb|CB624206.1|CB624206
EST:     GGTTATAACGGGTGCAGGGCATACAAGTGCAATCGATTGGTGGGCTCTCG                         GAATTCTATTGTATGAGATGCTGTATGGGCGTACACCTTTCCGAGGAAAGA
genomic: GGTTATAACGGGTGCAGGGCATACAAGTGCAATCGATTGGTGGGCTCTCGgtaagcaata ... catgctatagGAATTCTATTGTATGAGATGCTGTATGGGCGTACACCTTTCCGAGGAAAGA
EST: gi|88578420|gb|CI687351.1|CI687351
EST:     GGTTATAACGGGTGCAGGGCATACAAGTGCAATCGATTGGTGGGCTCTCG                         GAATTCTATTGTATGAGATGCTGTATGGGCGTACACCTTTCCGAGGAAAGA
genomic: GGTTATAACGGGTGCAGGGCATACAAGTGCAATCGATTGGTGGGCTCTCGgtaagcaata ... catgctatagGAATTCTATTGTATGAGATGCTGTATGGGCGTACACCTTTCCGAGGAAAGA
EST: gi|29613428|gb|CB618441.1|CB618441
EST:     GGTTATAACGGGTGCAGGGCATACAAGTGCAATCGATTGGTGGGCTCTCG                         GAATTCTATTGTATGAGATGCTGTATGGGCGTACACCTTTCCGAGGAAAGA
genomic: GGTTATAACGGGTGCAGGGCATACAAGTGCAATCGATTGGTGGGCTCTCGgtaagcaata ... catgctatagGAATTCTATTGTATGAGATGCTGTATGGGCGTACACCTTTCCGAGGAAAGA
EST: gi|86481914|gb|CI124547.1|CI124547
EST:     GGTTATAACGGGTGCAGGGCATACAAGTGCAATCGATTGGTGGGCTCTCG                         GAATTCTATTGTATGAGATGCTGTATGGGCGTACACCTTTCCGAGGAAAGA
genomic: GGTTATAACGGGTGCAGGGCATACAAGTGCAATCGATTGGTGGGCTCTCGgtaagcaata ... catgctatagGAATTCTATTGTATGAGATGCTGTATGGGCGTACACCTTTCCGAGGAAAGA
EST: gi|29618974|gb|CB623986.1|CB623986
EST:     GGTTATAACGGGTGCAGGGCATACAAGTGCAATCGATTGGTGGGCTCTCG                         GAATTCTATTGTATGAGATGCTGTATGGGCGTACACCTTTCCGAGGAAAGA
genomic: GGTTATAACGGGTGCAGGGCATACAAGTGCAATCGATTGGTGGGCTCTCGgtaagcaata ... catgctatagGAATTCTATTGTATGAGATGCTGTATGGGCGTACACCTTTCCGAGGAAAGA
EST: gi|29646470|gb|CB651477.1|CB651477
EST:     GGTTATAACGGGTGCAGGGCATACAAGTGCAATCGATTGGTGGGCTCTCG                         GAATTCTATTGTATGAGATGCTGTATGGGCGTACACCTTTCCGAGGAAAGA
genomic: GGTTATAACGGGTGCAGGGCATACAAGTGCAATCGATTGGTGGGCTCTCGgtaagcaata ... catgctatagGAATTCTATTGTATGAGATGCTGTATGGGCGTACACCTTTCCGAGGAAAGA
EST: gi|33381050|gb|CF196393.1|CF196393
EST:     GGTTATAACGGGTGCAGGGCATACAAGTGCAATCGATTGGTGGGCTCTCG                         GAATTCTATTGTATGAGATGCTGTATGGGCGTACACCTTTCCGAGGAAAGA
genomic: GGTTATAACGGGTGCAGGGCATACAAGTGCAATCGATTGGTGGGCTCTCGgtaagcaata ... catgctatagGAATTCTATTGTATGAGATGCTGTATGGGCGTACACCTTTCCGAGGAAAGA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GAGGTTATAACGGGTGCAGGGCATACAAGTGCAATCGATTGGTGGGCTCTCGgtaagcaataacctaatatatttttttgggtcatcttatgaactagttgattacaagaattgcacagaatggattaaaagagttagttttatttattcga

- - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG