Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGGGCAACTCTTGTATATCAATGGAAGAACTGTGGATGAAGTTGCTAGAAGCTTGGAAAGAGTTCTACTTACTATGCGGATAACTACTTCTGAACCTAAGgttagtttaaatgttgtgtattaagacgactgtgcattttgtatccagtgatgtaatatttgcatggaacag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os11g25980.2
intron # 18
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os11g25980.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 18
lower sequence: GRMZM2G411916_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 10
GGGGCAACTCTTGTATATCAATGGAAGAACTGTGGATGAAGTTGCTAGAAGCTTGGAAAGAGTTCTACTTACTATGCGGATAACTACTTCTGAACCTAAGgttagtttaaatgttgtgtattaagacgactgtgcattttgtatccagt--gatgtaatatttgcatggaacag---------------------------
 || || |||||| |||||||||| | ||||   |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||| ||  | || || ||||||||| ||| || | | ||||| | | ||| || |   |  |   | ||||  |  | |  |   |||      |                            
AGGACAGCTCTTGCATATCAATGGGAAAACTCAAGATGAAGTTGCTAGAAGCTTGGAAAGAGTTCTTCTTACCATGAGGATTACGTCATCAGAGCCTAAGgtttgtt-aagtatggtgtaattacacgtctctttttggtagcttcagtttgtggaaggacaagcagactttattttggggccataggagtttttgtcctg
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|163929268|gb|EG711029.1|EG711029
EST:     AAGAGTTCTACTTACTATGCGGATAACTACTTCTGAACCTAAG                         GAGCTAGCTTTTGTTGTGGATGGTTGGGCTCTTGAAATCATCCTGTCACGC
genomic: AAGAGTTCTACTTACTATGCGGATAACTACTTCTGAACCTAAGgttagtttaa ... catggaacagGAGCTAGCTTTTGTTGTGGATGGTTGGGCTCTTGAAATCATCCTGTCACGC