Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCCTTCCTGTCCTTGCCTTCATATTTATCTCATTCTATGTGGGAGTTAAGgtgattcctttgctaattactttctttttgacgctacaaaataaaggtgattccttgtctcacagctggtaaacttttgcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os05g05200.1
intron # 18
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os05g05200.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 18
lower sequence: GRMZM2G042981_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 18
CCCTTCCTGTCCTTGCCTTCATATTTATCTCATTCTATGTGGGAGTTAAGgtgattcctttgctaattactttctttttgacgctacaaaataaaggtgattccttgtctcacagctggt-aaacttttgcag
|||| |||  |||||||||||||||||   | ||||| ||||| |||||||||||||||  |||||| | || | ||      | ||||  |    ||    | ||  |  ||| || || ||| | ||||||
CCCTGCCTTCCCTTGCCTTCATATTTACTACGTTCTACGTGGGCGTTAAGgtgattcctc-gctaatcaattccgtt------caacaatgt----gtaccccttttgccgacatcttgtcaaattattgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88848612|gb|CI087134.1|CI087134
EST:     CCCTTCCTGTCCTTGCCTTCATATTTATCTCATTCTATGTGGGAGTTAAG                         CTTATGTTTTATATACGTGACGCACATGAGAATCAAGGGTGATAACTGATA
genomic: CCCTTCCTGTCCTTGCCTTCATATTTATCTCATTCTATGTGGGAGTTAAGgtgattcctt ... acttttgcagCTTATGTTTCATATACGTGACGCACATGAGAATCAAGGGTGATAACTGATA
EST: gi|88542819|gb|CI472173.1|CI472173
EST:     CCCTTCCTGTCCTTGCCTTCATATTTATCTCATTCTATGTGGGAGTTAAG                         CTTATGTTTCATATACGTGACGCACATGAGAATCAAGGGTGATAACTGATA
genomic: CCCTTCCTGTCCTTGCCTTCATATTTATCTCATTCTATGTGGGAGTTAAGgtgattcctt ... acttttgcagCTTATGTTTCATATACGTGACGCACATGAGAATCAAGGGTGATAACTGATA
EST: gi|88532803|gb|CI461436.1|CI461436
EST:     CCCTTCCTGTCCTTGCCTTCATATTTATGTCATTCTATGTGGGAGTTAAG                         CTTATGTTTCATATACGTGACGCACATGAGAATCAAGGGTGATAACTGATA
genomic: CCCTTCCTGTCCTTGCCTTCATATTTATCTCATTCTATGTGGGAGTTAAGgtgattcctt ... acttttgcagCTTATGTTTCATATACGTGACGCACATGAGAATCAAGGGTGATAACTGATA
EST: gi|86527322|gb|CI167528.1|CI167528
EST:     CCCTTCCTGTCCTTGCCTTCATATTTATCTCATTCTATGTGGGAGTTAAG                         CTTATGTTTCATATACGTGACGCACATGAGAATCAAGGGTGATAACTGATA
genomic: CCCTTCCTGTCCTTGCCTTCATATTTATCTCATTCTATGTGGGAGTTAAGgtgattcctt ... acttttgcagCTTATGTTTCATATACGTGACGCACATGAGAATCAAGGGTGATAACTGATA
EST: gi|88558171|gb|CI488639.1|CI488639
EST:     TTATCTCATTCTATGTGGGAGTTAAG                         CTTATGTTTCATATACGTGACGCACATGAGAATCAAGGGTGATAACTGATA
genomic: TTATCTCATTCTATGTGGGAGTTAAGgtgattcctt ... acttttgcagCTTATGTTTCATATACGTGACGCACATGAGAATCAAGGGTGATAACTGATA
EST: gi|88556119|gb|CI486428.1|CI486428
EST:     CCCTTCCTGTCCTTGCCTTCATATTTATCTCATTCTATGTGGGAGTTAAG                         CTTATGTTTCATATACGTGACGCACATGAGAATCAAGGGTGATAACTGATA
genomic: CCCTTCCTGTCCTTGCCTTCATATTTATCTCATTCTATGTGGGAGTTAAGgtgattcctt ... acttttgcagCTTATGTTTCATATACGTGACGCACATGAGAATCAAGGGTGATAACTGATA
EST: gi|86822518|gb|CI358035.1|CI358035
EST:     CCCTTCCTGTCCTTGCCTTCATATTTATCTCATTCTATGTGGGAGTTAAG                         CTTATGTTTCATATACGTGACGCACATGAGAATCAAGGGTGATAACTGATA
genomic: CCCTTCCTGTCCTTGCCTTCATATTTATCTCATTCTATGTGGGAGTTAAGgtgattcctt ... acttttgcagCTTATGTTTCATATACGTGACGCACATGAGAATCAAGGGTGATAACTGATA
EST: gi|86527366|gb|CI167572.1|CI167572
EST:     CCCTTCCTGTCCTTGCCTTCATATTTATCTCATTCTATGTGGGAGTTAAG                         CTTATGTTTCATATACGTGACGCACATGAGAATCAAGGGTGATAACTGATA
genomic: CCCTTCCTGTCCTTGCCTTCATATTTATCTCATTCTATGTGGGAGTTAAGgtgattcctt ... acttttgcagCTTATGTTTCATATACGTGACGCACATGAGAATCAAGGGTGATAACTGATA
EST: gi|88521914|gb|CI449634.1|CI449634
EST:     CCCTTCCTGTCCTTGCCTTCATATTTATCTCATTCTATGTGGGAGTTAAG                         CTTATGTTTCATATACGTGACGCACATGAGAATCAAGGGTGATAACTGATA
genomic: CCCTTCCTGTCCTTGCCTTCATATTTATCTCATTCTATGTGGGAGTTAAGgtgattcctt ... acttttgcagCTTATGTTTCATATACGTGACGCACATGAGAATCAAGGGTGATAACTGATA
EST: gi|88544168|gb|CI474240.1|CI474240
EST:     CCCTTCCTGTCCTTGCCTTCATATTTATCTCATTCTATGTGGGAGTTAAG                         CTTATGTTTCATATACGTGACGCACATGAGAATCAAGGGTGATAACTGATA
genomic: CCCTTCCTGTCCTTGCCTTCATATTTATCTCATTCTATGTGGGAGTTAAGgtgattcctt ... acttttgcagCTTATGTTTCATATACGTGACGCACATGAGAATCAAGGGTGATAACTGATA
EST: gi|88531552|gb|CI460035.1|CI460035
EST:     CCCTTCCTGTCCTTGCCTTCATATTTATCTCATTCTATGTGGGAGTTAAG                         CTTATGTTTCATATACGTGACGCACATGAGAATCAAGGGTGATAACTGATA
genomic: CCCTTCCTGTCCTTGCCTTCATATTTATCTCATTCTATGTGGGAGTTAAGgtgattcctt ... acttttgcagCTTATGTTTCATATACGTGACGCACATGAGAATCAAGGGTGATAACTGATA
EST: gi|86882287|gb|CI325746.1|CI325746
EST:     CCCTTCCTGTCCTTGCCTTCATATTTATCTCATTCTATGTGGGAGTTAAG                         CTTATGTTTCATATACGTGACGCACATGAGAATCAAGGGTGATAACTGATA
genomic: CCCTTCCTGTCCTTGCCTTCATATTTATCTCATTCTATGTGGGAGTTAAGgtgattcctt ... acttttgcagCTTATGTTTCATATACGTGACGCACATGAGAATCAAGGGTGATAACTGATA
EST: gi|88321005|gb|CI530357.1|CI530357
EST:     CCCTTCCTGTCCTTGCCTTCATATTTATCTCATTCTATGTGGGAGTTAAG                         CTTATGTTTCATATACGTGACGCACATGAGAATCAAGGGTGATAACTGATA
genomic: CCCTTCCTGTCCTTGCCTTCATATTTATCTCATTCTATGTGGGAGTTAAGgtgattcctt ... acttttgcagCTTATGTTTCATATACGTGACGCACATGAGAATCAAGGGTGATAACTGATA
EST: gi|88264213|gb|CI367987.1|CI367987
EST:     CCCTTCCTGTCCTTGCCTTCATATTTATCTCATTCTATGTGGGAGTTAAG                         CTTATGTTTCATATACGTGACGCACATGAGAATCAAGGGTGATAACTGATA
genomic: CCCTTCCTGTCCTTGCCTTCATATTTATCTCATTCTATGTGGGAGTTAAGgtgattcctt ... acttttgcagCTTATGTTTCATATACGTGACGCACATGAGAATCAAGGGTGATAACTGATA
EST: gi|88546313|gb|CI475939.1|CI475939
EST:     CCCTTCCTGTCCTTGCCTTCATATTTATCTCATTCTATGTGGGAGTTAAG                         CTTATGTTTCATATACGTGACGCACATGAGAATCAAGGGTGATAACTGATA
genomic: CCCTTCCTGTCCTTGCCTTCATATTTATCTCATTCTATGTGGGAGTTAAGgtgattcctt ... acttttgcagCTTATGTTTCATATACGTGACGCACATGAGAATCAAGGGTGATAACTGATA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 56 (upstream exon), 13 (downstream exon)
Score: 1

CCCTTCCTGTCCTTGCCTTCATATTTATCTCATTCTATGTGGGAGTTAAGgtgattcctt ... acttttgcagCTTATGTTTCATATACGTGACGCACATGAGAATCAAGGGTGATAACTGATAAGTCGACGGGGAAGAACTCCCACTGTAAAATGTAGACAAGCAGCTGCGA




<











<


<