1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' | 19 5' 3' | 20 5' 3' |
TGTCTGGGCTTTGAGCAAATATTTTCCAAATGTGAAGACATTCGTCCGAGCGCATGATGTGGATCATGGTGTTAACTTGGAGAAAGCTGGTGCAACAGCGgtaagtatgtgtaacaaagttgtgtgcaatgatttcagcagtgtctaggagtctaggtgatgacatactcctggtgcaacttgaatggacattactccat...
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os04g58620.1 |
intron # | 18 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTGGAGAAAGCTGGTGCAACAGCG GTTGTCCCTGAGACCTTGGAACCAAGTCTCCAGTTGGCTGCTGCTGTTCTTEST: gi|29675208|gb|CB671483.1|CB671483
genomic: TTGGAGAAAGCTGGTGCAACAGCGgtaagtatgt ... tacttttaagGTTGTCCCTGAGACCTTGGAACCAAGTCTCCAGTTGGCTGCTGCTGTTCTT
EST: CGCATGATGTGGATCATGGTGTTAACTTGGAGAAAGCTGGTGCAACAGCG GTTGTCCCTGAGACCTTGGAACCAAGTCTCCAGTTGGCTGCTGCTGTTCTTEST: gi|12622483|gb|AU172696.1|AU172696
genomic: CGCATGATGTGGATCATGGTGTTAACTTGGAGAAAGCTGGTGCAACAGCGgtaagtatgt ... tacttttaagGTTGTCCCTGAGACCTTGGAACCAAGTCTCCAGTTGGCTGCTGCTGTTCTT
EST: CGCATNATGTGGATCATGGTGTTAACTTGGAGAAAGCTGGTGCAACAGCG GTTGTCCCTGAGACCTTGGAACCAAGTCTCCAGTTGGCTGCTGCTGTTCTTEST: gi|25806037|gb|CA761998.1|CA761998
genomic: CGCATGATGTGGATCATGGTGTTAACTTGGAGAAAGCTGGTGCAACAGCGgtaagtatgt ... tacttttaagGTTGTCCCTGAGACCTTGGAACCAAGTCTCCAGTTGGCTGCTGCTGTTCTT
EST: CGCATGATGTGGATCATGGTGTTAACTTGGAGAAAGCTGGTGCAACAGCG GTTGTCCCTGAGACCTTGGAACCAAGTCTCCAGTTGGCTGCTGCTGTTCTTEST: gi|29630179|gb|CB635188.1|CB635188
genomic: CGCATGATGTGGATCATGGTGTTAACTTGGAGAAAGCTGGTGCAACAGCGgtaagtatgt ... tacttttaagGTTGTCCCTGAGACCTTGGAACCAAGTCTCCAGTTGGCTGCTGCTGTTCTT
EST: CATGATGTGGATCATGGTGTTAACTTGGAGAAAGCTGGTGCAACAGCG GTTGTCCCTGAGACCTTGGAACCAAGTCTCCAGTTGGCTGCTGCTGTTCTTEST: gi|29674001|gb|CB670276.1|CB670276
genomic: CATGATGTGGATCATGGTGTTAACTTGGAGAAAGCTGGTGCAACAGCGgtaagtatgt ... tacttttaagGTTGTCCCTGAGACCTTGGAACCAAGTCTCCAGTTGGCTGCTGCTGTTCTT
EST: CGCATGATGTGGATCATGGTGTTAACTTGGAGAAAGCTGGTGCAACAGCG GTTGTCCCTGAGACCTTGGAACCAAGTCTCCAGTTGGCTGCTGCTGTTCTTEST: gi|88247369|gb|CI247218.1|CI247218
genomic: CGCATGATGTGGATCATGGTGTTAACTTGGAGAAAGCTGGTGCAACAGCGgtaagtatgt ... tacttttaagGTTGTCCCTGAGACCTTGGAACCAAGTCTCCAGTTGGCTGCTGCTGTTCTT
EST: CGCATGATGTGGATCATGGTGTTAACTTGGAGAAAGCTGGTGCAACAGCG GTTGTCCCTGAGACCTTGGAACCAAGTCTCCAGTTGGCTGCTGCTGTTCTTEST: gi|86430204|gb|CI082627.1|CI082627
genomic: CGCATGATGTGGATCATGGTGTTAACTTGGAGAAAGCTGGTGCAACAGCGgtaagtatgt ... tacttttaagGTTGTCCCTGAGACCTTGGAACCAAGTCTCCAGTTGGCTGCTGCTGTTCTT
EST: CGCATGATGTGGATCATGGTGTTAACTTGGAGAAAGCTGGTGCAACAGCG GTTGTCCCTGAGACCTTGGAACCAAGTCTCCAGTTGGCTGCTGCTGTTCTTEST: gi|88502339|gb|CI429845.1|CI429845
genomic: CGCATGATGTGGATCATGGTGTTAACTTGGAGAAAGCTGGTGCAACAGCGgtaagtatgt ... tacttttaagGTTGTCCCTGAGACCTTGGAACCAAGTCTCCAGTTGGCTGCTGCTGTTCTT
EST: TGGAGAAAGCTGGTGCAACAGCG GTTGTCCCTGAGACCTTGGAACCAAGTCTCCAGTTGGCTGCTGCTGTTCTTEST: gi|86430421|gb|CI082844.1|CI082844
genomic: TGGAGAAAGCTGGTGCAACAGCGgtaagtatgt ... tacttttaagGTTGTCCCTGAGACCTTGGAACCAAGTCTCCAGTTGGCTGCTGCTGTTCTT
EST: AAAGCTGGTGCAACAGCG GTTGTCCCTGAGACCTTGGAACCAAGTCTCCAGTTGGCTGCTGCTGTTCTTEST: gi|88504559|gb|CI432065.1|CI432065
genomic: AAAGCTGGTGCAACAGCGgtaagtatgt ... tacttttaagGTTGTCCCTGAGACCTTGGAACCAAGTCTCCAGTTGGCTGCTGCTGTTCTT
EST: CTGGTGCAACAGCG GTTGTCCCTGAGACCTTGGAACCAAGTCTCCAGTTGGCTGCTGCTGTTCTT
genomic: CTGGTGCAACAGCGgtaagtatgt ... tacttttaagGTTGTCCCTGAGACCTTGGAACCAAGTCTCCAGTTGGCTGCTGCTGTTCTT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TGTCTGGGCTTTGAGCAAATATTTTCCAAATGTGAAGACATTCGTCCGAGCGCATGATGTGGATCATGGTGTTAACTTGGAGAAAGCTGGTGCAACAGCGgtaagtatgtgtaacaaagttgtgtgcaatgatttcagcagtgtctaggagtctaggtgatgacatactcctggtgcaacttgaatggacattactccat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG