Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGGATTTTTAGCCACCCTGAGGCTTTTAGCTCAGTACCTACTGATTCTTCAACAAGCAATATGGAAGATGATGATGCACACATACCAGATGGAAGTGGCAgtaagtttttctaccccttctgttttactgtttctagtgccaagcttccaatctcatgagctaatttcattaacattctgaactgttaatgttgaatttg...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g08200.1
intron # 18
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86479384|gb|CI122017.1|CI122017
EST:     AACAAGCAATATGGAAGATGATGATGCACACATACCAGATGGAAGTGGCA                         GATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
genomic: AACAAGCAATATGGAAGATGATGATGCACACATACCAGATGGAAGTGGCAgtaagttttt ... tgctctgcagGATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
EST: gi|86481792|gb|CI124425.1|CI124425
EST:     AACAAGCAATATGGAAGATGATGATGCACACATACCAGATGGAAGTGGCA                         GATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
genomic: AACAAGCAATATGGAAGATGATGATGCACACATACCAGATGGAAGTGGCAgtaagttttt ... tgctctgcagGATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
EST: gi|86429505|gb|CI076186.1|CI076186
EST:     TATGGAAGATGATGATGCACACATACCAGATGGAAGTGGCA                         GATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCAATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
genomic: TATGGAAGATGATGATGCACACATACCAGATGGAAGTGGCAgtaagttttt ... tgctctgcagGATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
EST: gi|87017803|gb|CI273825.1|CI273825
EST:     TGCACACATACCAGATGGAAGTGGCA                         GATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
genomic: TGCACACATACCAGATGGAAGTGGCAgtaagttttt ... tgctctgcagGATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
EST: gi|86597021|gb|CI272616.1|CI272616
EST:     AACAAGCAATATGGAAGATGATGATGCACACATACCAGATGGAAGTGGCA                         GATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
genomic: AACAAGCAATATGGAAGATGATGATGCACACATACCAGATGGAAGTGGCAgtaagttttt ... tgctctgcagGATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
EST: gi|88837959|gb|CI371537.1|CI371537
EST:     AACAAGCAATATGGAAGATGATGATGCACACATACCAGATGGAAGTGGTA                         GATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
genomic: AACAAGCAATATGGAAGATGATGATGCACACATACCAGATGGAAGTGGCAgtaagttttt ... tgctctgcagGATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
EST: gi|89166578|gb|CI103864.1|CI103864
EST:     GCACACATACCAGATGGAAGTGGCA                         GATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
genomic: GCACACATACCAGATGGAAGTGGCAgtaagttttt ... tgctctgcagGATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
EST: gi|86252551|gb|CI003887.1|CI003887
EST:     AACAAGCAATATGGAAGATGATGATGCACACATACCAGATGGAAGTGGCA                         GATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
genomic: AACAAGCAATATGGAAGATGATGATGCACACATACCAGATGGAAGTGGCAgtaagttttt ... tgctctgcagGATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
EST: gi|88982976|gb|CI250580.1|CI250580
EST:     AACAAGCAATATGGAAGATGATGATGCACACATACCAGATGGAAGTGGCA                         GATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
genomic: AACAAGCAATATGGAAGATGATGATGCACACATACCAGATGGAAGTGGCAgtaagttttt ... tgctctgcagGATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
EST: gi|10611433|gb|AU108292.1|AU108292
EST:     CAAGCCAATATGGAAAGATGATGATGCCCACATACCAGATGGAAGTGCCA                         GANACCAAATTGATGGCGTTTNTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGT
genomic: CAAG-CAATATGG-AAGATGATGATGCACACATACCAGATGGAAGTGGCAgtaagttttt ... tgctctgcagGATA-CAAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGT
EST: gi|109712474|gb|CI105082.1|CI105082
EST:     TGATGATGCACACATACCAGATGGAAGTGGCA                         GATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
genomic: TGATGATGCACACATACCAGATGGAAGTGGCAgtaagttttt ... tgctctgcagGATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
EST: gi|89195241|gb|CI051354.1|CI051354
EST:     GCACACATACCAGATGGAAGTGGCA                         GATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCAATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
genomic: GCACACATACCAGATGGAAGTGGCAgtaagttttt ... tgctctgcagGATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
EST: gi|3768668|gb|AU032695.1|AU032695
EST:     AACAAGCAATATGGAAGATGATGATGCACACATACCAGATGGAAGTGGCA                         GATACAAATTGATNGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
genomic: AACAAGCAATATGGAAGATGATGATGCACACATACCAGATGGAAGTGGCAgtaagttttt ... tgctctgcagGATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
EST: gi|88219717|gb|CI219277.1|CI219277
EST:     GATGATGCACACATACCAGATGGAAGTGGCA                         GATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
genomic: GATGATGCACACATACCAGATGGAAGTGGCAgtaagttttt ... tgctctgcagGATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
EST: gi|86437338|gb|CI119060.1|CI119060
EST:     AACAAGCAATATGGAAGATGATGATGCACACATACCAGATGGAAGTGGCA                         GATACTAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
genomic: AACAAGCAATATGGAAGATGATGATGCACACATACCAGATGGAAGTGGCAgtaagttttt ... tgctctgcagGATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
EST: gi|88962618|gb|CI097770.1|CI097770
EST:     CAATATGGAAGATGATGATGCACACATACCAGATGGAAGTGGCA                         GATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
genomic: CAATATGGAAGATGATGATGCACACATACCAGATGGAAGTGGCAgtaagttttt ... tgctctgcagGATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
EST: gi|88842851|gb|CI371751.1|CI371751
EST:     AACAAGCAATATGGAAGATGATGATGCACACATACCAGATGGAAGTGGCA                         GATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
genomic: AACAAGCAATATGGAAGATGATGATGCACACATACCAGATGGAAGTGGCAgtaagttttt ... tgctctgcagGATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
EST: gi|88996754|gb|CI389420.1|CI389420
EST:     TGGAAGTGGCA                         GATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
genomic: TGGAAGTGGCAgtaagttttt ... tgctctgcagGATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
EST: gi|88234202|gb|CI234051.1|CI234051
EST:     GATGCACACATACCAGATGGAAGTGGCA                         GATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
genomic: GATGCACACATACCAGATGGAAGTGGCAgtaagttttt ... tgctctgcagGATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
EST: gi|29622185|gb|CB627196.1|CB627196
EST:     AACAAGCAATATGGAAGATGATGATGCACACATACCAGATGGAAGTGGCA                         GATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
genomic: AACAAGCAATATGGAAGATGATGATGCACACATACCAGATGGAAGTGGCAgtaagttttt ... tgctctgcagGATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
EST: gi|88252901|gb|CI350326.1|CI350326
EST:     TGATGATGCACACATACCAGATGGAAGTGGCA                         GATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
genomic: TGATGATGCACACATACCAGATGGAAGTGGCAgtaagttttt ... tgctctgcagGATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
EST: gi|86597604|gb|CI274595.1|CI274595
EST:     GACAAGCAATATGGAAGATGATGATGCACACATACCAGATGGAAGTGGCA                         GATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
genomic: AACAAGCAATATGGAAGATGATGATGCACACATACCAGATGGAAGTGGCAgtaagttttt ... tgctctgcagGATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
EST: gi|86873348|gb|CI341573.1|CI341573
EST:     AACAAGCAATATGGAAGATGATGATGCACACATACCAGATGGAAGTGGCA                         GATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
genomic: AACAAGCAATATGGAAGATGATGATGCACACATACCAGATGGAAGTGGCAgtaagttttt ... tgctctgcagGATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
EST: gi|86433792|gb|CI094135.1|CI094135
EST:     GCAATATGGAAGATGATGATGCACACATACCAGATGGAAGTGGCA                         GATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCAATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
genomic: GCAATATGGAAGATGATGATGCACACATACCAGATGGAAGTGGCAgtaagttttt ... tgctctgcagGATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
EST: gi|89175513|gb|CI042534.1|CI042534
EST:     TGATGCACACATACCAGATGGAAGTGGCA                         GATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
genomic: TGATGCACACATACCAGATGGAAGTGGCAgtaagttttt ... tgctctgcagGATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
EST: gi|87027441|gb|CI272206.1|CI272206
EST:     AACAAGCAATATGGAAGATGATGATGCACACATACCAGATGGAAGTGGCA                         GATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
genomic: AACAAGCAATATGGAAGATGATGATGCACACATACCAGATGGAAGTGGCAgtaagttttt ... tgctctgcagGATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
EST: gi|89161926|gb|CI102274.1|CI102274
EST:     AACAAGCAATATGGAAGATGATGATGCACACATACCAGATGGAAGTGGCA                         GATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
genomic: AACAAGCAATATGGAAGATGATGATGCACACATACCAGATGGAAGTGGCAgtaagttttt ... tgctctgcagGATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
EST: gi|88902099|gb|CI374707.1|CI374707
EST:     AACAACCAATATGGAAGATGATGATGCACACATACCAGATGGAAGTGGCA                         GATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
genomic: AACAAGCAATATGGAAGATGATGATGCACACATACCAGATGGAAGTGGCAgtaagttttt ... tgctctgcagGATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
EST: gi|87017812|gb|CI273834.1|CI273834
EST:     AACAAGCAATATGGAAGATGATGATGCACACATACCAGATGGAAGTGGCA                         GATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTG
genomic: AACAAGCAATATGGAAGATGATGATGCACACATACCAGATGGAAGTGGCAgtaagttttt ... tgctctgcagGATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 71 (upstream exon), 74 (downstream exon)
Score: 14

TGGATTTTTAGCCACCCTGAGGCTTTTAGCTCAGTACCTACTGATTCTTCAACAAGCAATATGGAAGATGATGATGCACACATACCAGATGGAAGTGGCAgtaagttttt ... tgctctgcagGATACAAATTGATGGCGTTTGTGAGCCATATGGGCACCTCTACCCATTGTGGGCACTACGTTGCCCATGTCCTCAAAGACGGGAGGTGGGTAATATTCAA




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGGATTTTTAGCCACCCTGAGGCTTTTAGCTCAGTACCTACTGATTCTTCAACAAGCAATATGGAAGATGATGATGCACACATACCAGATGGAAGTGGCAgtaagtttttctaccccttctgttttactgtttctagtgccaagcttccaatctcatgagctaatttcattaacattctgaactgttaatgttgaatttg

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccccttc