Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCTGGACCTGGAGTCATTCTTAACTGGTCAGGCCATTTTGTGATGCTTGGTTACTATACATTCCTTTCCACCTTTATAGACCCAATCCTCAGgtataattgttgtcatctatctctaacatcgttatcatatacacaacatatccatatgttgatgctgttttcataacttttgaag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os08g32630.1
intron # 17
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os08g32630.5 (Oryza sativa), 5'ss of exon 16
lower sequence: GRMZM5G851815_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 15
GCTGGACCTGGAGTCATTCTTAACTGGTCAGGCCATTTTGTGATGCTTGGTTACTATACATTCCTTTCCACCTTTATAGACCCAATCCTCAGgtataattgttgtcatctatctctaacatcg---ttatcatat---acacaacatatccatatgttgatgctgttttcataac-ttttgaag
| |||||  |||||||| ||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| || || ||||| ||||| || |||||||| || |  |||| |||    || |||  |   |||    | |  |  | ||   | |  |||| ||||  ||||||||
GTTGGACTGGGAGTCATCCTTGAGTGGTCAGGCCATTTTATGATGCTTGGTTACTACACATTCCTTTCTACCTATATTGATCCGATCCTGAGgtacaactgttgtcacctgtacctaatatcaaaattctcacttttgacatctaagagtctgacgtgcttccgatttttataatattttgaag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22306320|gb|BQ907542.1|BQ907542
EST:     GACCCAATCCTCAG                         GCCTTGGGTTGAATCCTTGCCATTGAGGAACAAATATCAATGGAAACGATA
genomic: GACCCAATCCTCAGgtataattgt ... acttttgaagGCCTTGGGTTGAATCCTTGCCATTGAGGAACAAATATCAATGGAAACGATA
EST: gi|86883509|gb|CI338064.1|CI338064
EST:     ATGCTTGGTTACTATACATTCCTTTCCACCTTTATAGACCCAATCCTCAG                         GCCTTGGGTT-AATCCTGGCCATTGAGGAACAAATATCAATGGAAACGATA
genomic: ATGCTTGGTTACTATACATTCCTTTCCACCTTTATAGACCCAATCCTCAGgtataattgt ... acttttgaagGCCTTGGGTTGAATCCTTGCCATTGAGGAACAAATATCAATGGAAACGATA
EST: gi|29670151|gb|CB666426.1|CB666426
EST:     ATGCTTGGTTACTATACATTCCTTTCCACCTTTATAGACCCAATCCTCAG                         GCCTTGGGTTGAATCCTTGCCATTGAGGAACAAATATCAATGGAAACGATA
genomic: ATGCTTGGTTACTATACATTCCTTTCCACCTTTATAGACCCAATCCTCAGgtataattgt ... acttttgaagGCCTTGGGTTGAATCCTTGCCATTGAGGAACAAATATCAATGGAAACGATA
EST: gi|88270992|gb|CI386847.1|CI386847
EST:     ATACATTCCTTTCCACCTTTATAGACCCAATCCTCAG                         GCCTTGGGTTGAATCCTTGCCATTGAGGAACAAATATCAATGGAAACGATA
genomic: ATACATTCCTTTCCACCTTTATAGACCCAATCCTCAGgtataattgt ... acttttgaagGCCTTGGGTTGAATCCTTGCCATTGAGGAACAAATATCAATGGAAACGATA
EST: gi|22305644|gb|BQ906866.1|BQ906866
EST:     ATGCTTGGTTACTATACATTCCTTTCCACCTTTATAGACCCNATCCTCAG                         GCCTTGGGTTGAATCCTTGCCACTTGAGGAACAAATATCAATGGAAACGAT
genomic: ATGCTTGGTTACTATACATTCCTTTCCACCTTTATAGACCCAATCCTCAGgtataattgt ... acttttgaagGCCTTGGGTTGAATCCTTGCCA-TTGAGGAACAAATATCAATGGAAACGAT
EST: gi|29677474|gb|CB673749.1|CB673749
EST:     ATGCTTGGTTACTATACATTCCTTTCCACCTTTATAGACCCAATCCTCAG                         GCCTTGGGTTGAATCCTTGCCATTGAGGAACAAATATCAATGGAAACGATA
genomic: ATGCTTGGTTACTATACATTCCTTTCCACCTTTATAGACCCAATCCTCAGgtataattgt ... acttttgaagGCCTTGGGTTGAATCCTTGCCATTGAGGAACAAATATCAATGGAAACGATA
EST: gi|88244952|gb|CI244801.1|CI244801
EST:     ATGCTTGGTTACTATACATTCCTTTCCACCTTTATAGACCCAATCCTCAG                         GCCTTGGGTTGAATCCTTGCCATTGAGGAGCAAATATCAATGGAAACGATA
genomic: ATGCTTGGTTACTATACATTCCTTTCCACCTTTATAGACCCAATCCTCAGgtataattgt ... acttttgaagGCCTTGGGTTGAATCCTTGCCATTGAGGAACAAATATCAATGGAAACGATA
EST: gi|88847633|gb|CI018324.1|CI018324
EST:     ATGCTTGGTTACTATACATTCCTTTCCACCTTTATAGACCCAATCCTCAG                         GCCTTGGGTTGAATCCTTGCCATTGAGGAACAAATATCAATGGAAACGATA
genomic: ATGCTTGGTTACTATACATTCCTTTCCACCTTTATAGACCCAATCCTCAGgtataattgt ... acttttgaagGCCTTGGGTTGAATCCTTGCCATTGAGGAACAAATATCAATGGAAACGATA
EST: gi|22306918|gb|BQ908140.1|BQ908140
EST:     GCTTGGTTACTATACATTCCTTTCCACCTTTATAGACCC-ATCCTCAG                         GCCTTGGGTTGAATCCTTGCCATTGAGGAACAAATATCAATGGAAACGATA
genomic: GCTTGGTTACTATACATTCCTTTCCACCTTTATAGACCCAATCCTCAGgtataattgt ... acttttgaagGCCTTGGGTTGAATCCTTGCCATTGAGGAACAAATATCAATGGAAACGATA
EST: gi|88245161|gb|CI245010.1|CI245010
EST:     ATGCTTGGTTACTATACATTCCTTTCCACCTTTATAGACCCAATCCTCAG                         GCCTTGGGTTGAATCCTTGCCATTGAGGAGCAAATATCAATGGAAACGATA
genomic: ATGCTTGGTTACTATACATTCCTTTCCACCTTTATAGACCCAATCCTCAGgtataattgt ... acttttgaagGCCTTGGGTTGAATCCTTGCCATTGAGGAACAAATATCAATGGAAACGATA
EST: gi|88841109|gb|CI001071.1|CI001071
EST:     ATGCTTGGTTACTATACATTCCTTTCCACCTTTATAGACCCAATCCTCAG                         GCCTTGGGTTGAATCCTTGCCATTGAGGAACAAATATCAATGGAAACGATA
genomic: ATGCTTGGTTACTATACATTCCTTTCCACCTTTATAGACCCAATCCTCAGgtataattgt ... acttttgaagGCCTTGGGTTGAATCCTTGCCATTGAGGAACAAATATCAATGGAAACGATA
EST: gi|88473610|gb|CI410881.1|CI410881
EST:     ATGCTTGGTTACTATACATTCCTTTCCACCTTTATAGACCCAATCCTCAG                         GCCTTGGGTTGAATCCTTGCCATTGAGGAACAAATATCAATGGAAACGATA
genomic: ATGCTTGGTTACTATACATTCCTTTCCACCTTTATAGACCCAATCCTCAGgtataattgt ... acttttgaagGCCTTGGGTTGAATCCTTGCCATTGAGGAACAAATATCAATGGAAACGATA
EST: gi|86826477|gb|CI364110.1|CI364110
EST:     ATGCTTGGTTACTATACATTCCTTTCCACCTTTATAGACCCAATCCTCAG                         GCCTTGGGTTGAATCCTTCCCATTGAGGAACAAAATATCAATTGAAACGAT
genomic: ATGCTTGGTTACTATACATTCCTTTCCACCTTTATAGACCCAATCCTCAGgtataattgt ... acttttgaagGCCTTGGGTTGAATCCTTGCCATTGAGGAAC-AAATATCAATGGAAACGAT
EST: gi|29679962|gb|CB676237.1|CB676237
EST:     ATGCTTGGTTACTATACATTCCTTTCCACCTTTATAGACCCAATCCTCAG                         GCCTTGGGTTGAATCCTTGCCATTGAGGAACAAATATCAATGGAAACGATA
genomic: ATGCTTGGTTACTATACATTCCTTTCCACCTTTATAGACCCAATCCTCAGgtataattgt ... acttttgaagGCCTTGGGTTGAATCCTTGCCATTGAGGAACAAATATCAATGGAAACGATA