Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAAACCACGCCAGATACATGATGGACAATCAGCTCCTCAAGCTTCTGGTTCTGTATCTTCACCTGCACTCTCGTCATTGATAATTCCTTCTCTAAAAGAGgtacagtatatttaactcattcccttttcaatctactgtgtttgctattagttgctacattgacactactcattatacatttgtttcttgaaaattcttt...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os07g32400.1
intron # 17
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88273108|gb|CI388564.1|CI388564
EST:     CTGTATCTTCACCTGCACTCTCGTCATTGATAATTCCTTCTCTAAAAGAG                         GCTACTGGTGACAAGTTTAACGGACCAGTTGTTCATACATTCCTTGATTCC
genomic: CTGTATCTTCACCTGCACTCTCGTCATTGATAATTCCTTCTCTAAAAGAGgtacagtata ... catgctgcagGCTACTGGTGACAAGTTTAACGGACCAGTTGTTCATACATTCCTTGATTCC
EST: gi|86844981|gb|CI340969.1|CI340969
EST:     CTGTATCTTCACCTGCACTCTCGTCATTGATAATTCCTTCTCTAAAAGAG                         GCTACTGGTGACAAGTTTAACGGACCAGTTGTTCAAACATTCCTTGATTCC
genomic: CTGTATCTTCACCTGCACTCTCGTCATTGATAATTCCTTCTCTAAAAGAGgtacagtata ... catgctgcagGCTACTGGTGACAAGTTTAACGGACCAGTTGTTCATACATTCCTTGATTCC
EST: gi|87020794|gb|CI269511.1|CI269511
EST:     CTGTATCTTCACCTGCACTCTCGTCATTGATAATTCCTTCTCTAAAAGAG                         GCTACTGGTGACAAGTTTAACGGACCAGTTGTTCATACATTCCTTGATTCC
genomic: CTGTATCTTCACCTGCACTCTCGTCATTGATAATTCCTTCTCTAAAAGAGgtacagtata ... catgctgcagGCTACTGGTGACAAGTTTAACGGACCAGTTGTTCATACATTCCTTGATTCC
EST: gi|33678909|gb|CF307148.1|CF307148
EST:     CTGTATCTTCACCTGCACTCTCGTCATTGATAATTCCTTCTCTAAAAGAG                         GCTACTGGTGACAAGTTTAACGGACCAGTTGTTCATACATTCCTTGATTCC
genomic: CTGTATCTTCACCTGCACTCTCGTCATTGATAATTCCTTCTCTAAAAGAGgtacagtata ... catgctgcagGCTACTGGTGACAAGTTTAACGGACCAGTTGTTCATACATTCCTTGATTCC
EST: gi|87032664|gb|CI270299.1|CI270299
EST:     CTGTATCTTCACCTGCACTCTCGTCATTGATAATTCCTTCTCTAAAAGAG                         GCTACTGGTGACAAGTTTAACGGACCAGTTGTTCATACATTCCTTGATTCC
genomic: CTGTATCTTCACCTGCACTCTCGTCATTGATAATTCCTTCTCTAAAAGAGgtacagtata ... catgctgcagGCTACTGGTGACAAGTTTAACGGACCAGTTGTTCATACATTCCTTGATTCC
EST: gi|88228909|gb|CI226760.1|CI226760
EST:     CTGTATCTTCACCTGCACTCTCGTCATTGATAATTCCTTCTCTAAAAGAG                         GCTACTGGTGACAAGTTTAACGGACCAGTTGTTCATACATTCCTTGATTCC
genomic: CTGTATCTTCACCTGCACTCTCGTCATTGATAATTCCTTCTCTAAAAGAGgtacagtata ... catgctgcagGCTACTGGTGACAAGTTTAACGGACCAGTTGTTCATACATTCCTTGATTCC
EST: gi|88997813|gb|CI390351.1|CI390351
EST:     CTGTATCTTCACCTGCACTCTCGTCATTGATAATTCCTTCTCTAAAAGAG                         GCTACTGGTGACAAGTTTAACGGACCAGTTGTTCATACATTCCTTGATTCC
genomic: CTGTATCTTCACCTGCACTCTCGTCATTGATAATTCCTTCTCTAAAAGAGgtacagtata ... catgctgcagGCTACTGGTGACAAGTTTAACGGACCAGTTGTTCATACATTCCTTGATTCC
EST: gi|29661925|gb|CB658200.1|CB658200
EST:     CTGTATCTTCACCTGCACTCTCGTCATTGATAATTCCTTCTCTAAAAGAG                         GCTACTGGTGACAAGTTTAACGGACCAGTTGTTCATACATTCCTTGATTCC
genomic: CTGTATCTTCACCTGCACTCTCGTCATTGATAATTCCTTCTCTAAAAGAGgtacagtata ... catgctgcagGCTACTGGTGACAAGTTTAACGGACCAGTTGTTCATACATTCCTTGATTCC
EST: gi|86820988|gb|CI357680.1|CI357680
EST:     CTGTATCTTCACCTGCACTCTCGTCATTGATAATTCCTTCTCTAAAAGAG                         GCTACTGGGTGACAAGTTTAACGGACCAGTTGTTCATACATTCCTTGATTC
genomic: CTGTATCTTCACCTGCACTCTCGTCATTGATAATTCCTTCTCTAAAAGAGgtacagtata ... catgctgcagGCTACT-GGTGACAAGTTTAACGGACCAGTTGTTCATACATTCCTTGATTC
EST: gi|87038070|gb|CI190694.1|CI190694
EST:     CTGTATCTTCACCTGCACTCTCGTCATTGATAATTCCTTCTCTAAAAGAG                         GCTACTGGTGACAAGTTTAACGGACCAGTTGTTCATACATTCCTTGATTCC
genomic: CTGTATCTTCACCTGCACTCTCGTCATTGATAATTCCTTCTCTAAAAGAGgtacagtata ... catgctgcagGCTACTGGTGACAAGTTTAACGGACCAGTTGTTCATACATTCCTTGATTCC
EST: gi|86528838|gb|CI169044.1|CI169044
EST:     CTGTATCTTCACCTGCACTCTCGTCATTGATAATTCCTTCTCTAAAAGAG                         GCTACTGGTGACAAGTTTAACGGACCAGTTGTTCATACATTCCTTGATTCC
genomic: CTGTATCTTCACCTGCACTCTCGTCATTGATAATTCCTTCTCTAAAAGAGgtacagtata ... catgctgcagGCTACTGGTGACAAGTTTAACGGACCAGTTGTTCATACATTCCTTGATTCC
EST: gi|88236841|gb|CI234692.1|CI234692
EST:     CTGTATCTTCACCTGCACTCTCGTCATTGATAATTCCTTCTCTAAAAGAG                         GCTACTGGTGACAAGTTTAACGGACCAGTTGTTCATACATTCCTTGATTCC
genomic: CTGTATCTTCACCTGCACTCTCGTCATTGATAATTCCTTCTCTAAAAGAGgtacagtata ... catgctgcagGCTACTGGTGACAAGTTTAACGGACCAGTTGTTCATACATTCCTTGATTCC
EST: gi|88290287|gb|CI550509.1|CI550509
EST:     CTGTATCTTCACCTGCACTCTCGTCATTGATAATTCCTTCTCTAAAAGAG                         GCTACTGGTGACAAGTTTAACGGACCAGTTGTTCATACATTCCTTGATTCC
genomic: CTGTATCTTCACCTGCACTCTCGTCATTGATAATTCCTTCTCTAAAAGAGgtacagtata ... catgctgcagGCTACTGGTGACAAGTTTAACGGACCAGTTGTTCATACATTCCTTGATTCC