Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAGTCGTCGAGCTATGCCAATGGCCAAGCACTACTACAAGGGAGCCTCATCTGACTATGTTGCCAATGGgtaagaggagttcatgggacttaatcaatggcttttgggctgcataattaagttgtgtaccgtgctgcttgttttgtgtag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os04g59624.3
intron # 17
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os04g59624.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 17
lower sequence: GRMZM2G138125_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 18
CAGTCGTCGAGCTATGCCAATGG---CCAAGCACTACTACAAGGGAGCCTCATCTGACTATGTTGCCAATGGgtaagaggagttcatgggacttaatcaatggcttttgggctgcataattaagttgtgtaccgtgctgcttg--ttttgtgtag
||  | ||| |  ||||| |||    || |||| || ||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||| |  |  ||||    |       |  ||    |  || |   |   ||| |  ||  || || |||  ||||||| ||
CAAACCTCGGGGCATGCCCATGATGCCCCAGCAATATTACAAGGGATCCTCATCTGACTATGTCGCCAACGGgtaag-gatggccatg---ttctccttctccctgcatgattgtactgtactgtt-taaactttg-tgtttgaattttgtgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|2800937|gb|AA754231.1|AA754231
EST:     ATGGCCAAGCACTACTACAAGGGAGCCTCATCTGACTATGTTGCCAATGG                         TGCTGCCTATGCGATGAAGCCAAAAGAGTTCATTGCTCGAACATACTCCC-
genomic: ATGGCCAAGCACTACTACAAGGGAGCCTCATCTGACTATGTTGCCAATGGgtaagaggag ... ttttgtgtagTGCTGCCTATGCGATGAAGCCAAAAGAGTTCATTGCTCGAACATACTCCCC
EST: gi|86592938|gb|CI270495.1|CI270495
EST:     ATGGCCAAGCACTACTACAAGGGAGCCTCATCTGACTATGTTGCCAATGG                         TGCTGCCTATGCGATGAAGCCAAAAGAGTTCATTGCTCGAACATACTCCCC
genomic: ATGGCCAAGCACTACTACAAGGGAGCCTCATCTGACTATGTTGCCAATGGgtaagaggag ... ttttgtgtagTGCTGCCTATGCGATGAAGCCAAAAGAGTTCATTGCTCGAACATACTCCCC