Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAGgtgcaaagcattttgatgaatatctctcttgtttgttcttttctattaacaagcaattatgtctctttgtttgtctgattccttttgtgtgttgattccttctacttataactaactacttttaatatgctgcgcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os04g59494.2
intron # 17
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os04g59494.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 17
lower sequence: GRMZM2G376731_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 17
AGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAGgtgcaaagcattttgatgaatatctctcttgtttgttcttttctattaacaagcaattatgtctctttgtttgtctgattccttttgtgtgttgattccttcta---------cttataacta-acta---cttttaatatgctgcgcag
|||||||| ||||| |||||||||||||| || || || || ||||||||||||||||| ||  | || ||||||| || ||| || |  |||   || ||  ||| ||  | | |  |   || | ||| ||  |||||    ||       | || |||   ||||  ||| ||         ||| | |  | ||||   ||| |||  ||||  ||||
AGACGAAATCTTCGGATACTCTATGATGCCCTTGGTACCCTGGCTGATGCTGTTGGAGCAGAATTAAATCAGgtgctaa-catcttcacaaatccttcactgttttttttgtatatcatgcaaaactattttggttctttcagagttcagactccttggtgccatgatctcttgtatgccaattccttgtgaagatactaattcttctaagttgctatgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29626307|gb|CB631318.1|CB631318
EST:     ATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAG                         GCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAA
genomic: ATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAGgtgcaaagca ... tgctgcgcagGCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAA
EST: gi|29623086|gb|CB628097.1|CB628097
EST:     ATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAG                         GCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAA
genomic: ATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAGgtgcaaagca ... tgctgcgcagGCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAA
EST: gi|58611878|gb|CK039590.1|CK039590
EST:     ATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAG                         GCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAA
genomic: ATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAGgtgcaaagca ... tgctgcgcagGCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAA
EST: gi|58660018|gb|CK048698.1|CK048698
EST:     ATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAG                         GCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAA
genomic: ATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAGgtgcaaagca ... tgctgcgcagGCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAA
EST: gi|58667508|gb|CK056194.1|CK056194
EST:     ATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAG                         GCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAA
genomic: ATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAGgtgcaaagca ... tgctgcgcagGCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAA
EST: gi|58666235|gb|CK054921.1|CK054921
EST:     ATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAG                         GCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAA
genomic: ATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAGgtgcaaagca ... tgctgcgcagGCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAA
EST: gi|58662883|gb|CK051569.1|CK051569
EST:     ATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAG                         GCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAA
genomic: ATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAGgtgcaaagca ... tgctgcgcagGCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAA
EST: gi|58663523|gb|CK052209.1|CK052209
EST:     ATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAG                         GCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAA
genomic: ATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAGgtgcaaagca ... tgctgcgcagGCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAA
EST: gi|58608786|gb|CK036819.1|CK036819
EST:     ATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAG                         GCAAAAATATCTAGA
genomic: ATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAGgtgcaaagca ... tgctgcgcagGCAAAA-TATCTAGA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAGgtgcaaagcattttgatgaatatctctcttgtttgttcttttctattaacaagcaattatgtctctttgtttgtctgattccttttgtgtgttgattccttctacttataactaactacttttaatatgctgcgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT