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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGTTGATACTTGTCCATGGTCGATATTCATACAATCGTACGGCATTTATTTCACAGTACTCCTTCTACAAGTCACTCTTGATATGCTTTATACAGATTCTgtgagtctcttgattctaatcctctttagttaggaatatcttttgctgtactgagcttctgctactgctttgcttttcccaccgccacctgtcaatgctgacctagcactcttttagtttctcctttatatcaggactctctggaactagcttgttcaactcaattagtctgatggcctataatgttttctatacaag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os04g28460.1
intron # 17
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os04g28460.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 17
lower sequence: GRMZM2G037335_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 7
GGTTGATACTTGTCCATGGTCGATATTCATACAATCGTACGGCATTTATTTCACAGTACTCCTTCTACAAGTCACTCTTGATATGCTTTATACAGATTCTgtgagtctcttgattctaatcctctt-tagttaggaatatcttttgctgtactgagcttctgctactgctttgcttttcccaccgccacctgtcaatgctgacctagcactcttttagtttctcctttatatcaggactctctggaactagcttgttcaactcaattagtctgatggcctataatgttttctatacaag
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GATTGATACTTATTCATGGGCGTTATTCATACAATCGAACAGCATTTATTTCACAGTACTCCTTCTACAAGTCACTTCTTATGTGCTTTATTCAGATTCTgtgagttttcc--ttgtaatgcttatgccattggctgcatttttcattaca---agcttatgcta---ctttgcactttggcatgggttttgtgggtgca-----actgctcacttgagtccccttttag---------------------------------------------------------------------