Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTATGGACTACTGGAACGATGGGTGAAATCACACCGgtgagtttacatttttgcactatgcgctcatgttttcccttagccatttaacagcacagctatctgatggttttgttgaatttaataataaatatctagt...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g24460.3
intron # 17
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os03g24460.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 17
lower sequence: GRMZM2G108416_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 18
GTATGGACTACTGGAACGATGGGTGAAATCACACCGgtgagtttacatttttgcactatgcgctcatgttt-tcccttagccatttaacagcacagctatctgatggttttgttgaatttaataataaatatctagt-
|||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||  | |||||||  |   ||| | | | |      || || ||  || ||| |  | || || | ||   |||  |||  
GTATGGACAACCGGAACAATGGGTGAAATCACACCGgtgagttgactttcttgcactatatggtcatgttagtgttttacctagtcattcattca-ctgtcaaatagttctcataaacttga-aaagtatagttagat
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|89187323|gb|CI047390.1|CI047390
EST:     GTATGGACTACTGGAACGATGGGTGAAATCACACCG                         GTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
genomic: GTATGGACTACTGGAACGATGGGTGAAATCACACCGgtgagtttac ... tctacaacagGTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
EST: gi|88278817|gb|CI397621.1|CI397621
EST:     GTATGGACTACTGGAACGATGGGTGAAATCACACCG                         GTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
genomic: GTATGGACTACTGGAACGATGGGTGAAATCACACCGgtgagtttac ... tctacaacagGTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
EST: gi|88542896|gb|CI472254.1|CI472254
EST:     GTATGGACTACTGGAACGATGGGTGAAATCACACCG                         GTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
genomic: GTATGGACTACTGGAACGATGGGTGAAATCACACCGgtgagtttac ... tctacaacagGTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
EST: gi|86869013|gb|CI335580.1|CI335580
EST:     GTATGGACTACTGGAACGATGGGTGAAATCACACCG                         GTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
genomic: GTATGGACTACTGGAACGATGGGTGAAATCACACCGgtgagtttac ... tctacaacagGTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
EST: gi|88535830|gb|CI465539.1|CI465539
EST:     ACGAGGTATGGACTACTGGAACGATGGGTGAAATCACACCG                         GTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
genomic: ACGAGGTATGGACTACTGGAACGATGGGTGAAATCACACCGgtgagtttac ... tctacaacagGTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
EST: gi|88534447|gb|CI463170.1|CI463170
EST:     ATGGGTGAAATCACACCG                         GTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
genomic: ATGGGTGAAATCACACCGgtgagtttac ... tctacaacagGTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
EST: gi|88551445|gb|CI481502.1|CI481502
EST:     GATGGGTG-AATCACACCG                         GTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
genomic: GATGGGTGAAATCACACCGgtgagtttac ... tctacaacagGTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
EST: gi|88828489|gb|CI073359.1|CI073359
EST:     GTATGGACTACTGGAACGATGGGTGGAATCACACCG                         GTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
genomic: GTATGGACTACTGGAACGATGGGTGAAATCACACCGgtgagtttac ... tctacaacagGTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
EST: gi|88541711|gb|CI470997.1|CI470997
EST:     ACTACTGGAACGATGGGTGAAATCACACCG                         GTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
genomic: ACTACTGGAACGATGGGTGAAATCACACCGgtgagtttac ... tctacaacagGTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
EST: gi|88554540|gb|CI484730.1|CI484730
EST:     GGTGAAATCACACCG                         GTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
genomic: GGTGAAATCACACCGgtgagtttac ... tctacaacagGTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
EST: gi|88523685|gb|CI451533.1|CI451533
EST:     TGGGTGAAATCACACCG                         GTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
genomic: TGGGTGAAATCACACCGgtgagtttac ... tctacaacagGTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
EST: gi|88527970|gb|CI456170.1|CI456170
EST:     GGAACGATGGGTGAAATCACACCG                         GTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
genomic: GGAACGATGGGTGAAATCACACCGgtgagtttac ... tctacaacagGTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
EST: gi|88957211|gb|CI095197.1|CI095197
EST:     GTATGGACTACTGGAACGATGGGTGAAATCACACCG                         GTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
genomic: GTATGGACTACTGGAACGATGGGTGAAATCACACCGgtgagtttac ... tctacaacagGTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
EST: gi|88263285|gb|CI367059.1|CI367059
EST:     GTATGGACTACTGGAACGATGGGTGAAATCACACCG                         CTCGTAATGATTGATGTTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
genomic: GTATGGACTACTGGAACGATGGGTGAAATCACACCGgtgagtttac ... tctacaacagGTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
EST: gi|88437450|gb|CI528809.1|CI528809
EST:     GTATGGACTACTGGAACGATGGGTGAAATCACACCG                         GTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
genomic: GTATGGACTACTGGAACGATGGGTGAAATCACACCGgtgagtttac ... tctacaacagGTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
EST: gi|88958377|gb|CI095895.1|CI095895
EST:     GTATGGACTACTGGAACGATGGGTGAAATCACACCG                         GTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
genomic: GTATGGACTACTGGAACGATGGGTGAAATCACACCGgtgagtttac ... tctacaacagGTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
EST: gi|88525458|gb|CI453913.1|CI453913
EST:     GTATGGACTACTGGAACGATGGGTGAAATCACACCG                         GTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
genomic: GTATGGACTACTGGAACGATGGGTGAAATCACACCGgtgagtttac ... tctacaacagGTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
EST: gi|88545773|gb|CI475357.1|CI475357
EST:     AGGTATGGACTACTGGAACGATGGGTGAAATCACACCG                         GTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
genomic: AGGTATGGACTACTGGAACGATGGGTGAAATCACACCGgtgagtttac ... tctacaacagGTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
EST: gi|88531544|gb|CI460026.1|CI460026
EST:     GTATGGACTACTGGAACGATGGGTGAAATCACACCG                         GTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
genomic: GTATGGACTACTGGAACGATGGGTGAAATCACACCGgtgagtttac ... tctacaacagGTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
EST: gi|86433061|gb|CI093404.1|CI093404
EST:     GTATGGACTACTGGAACGATGGGTGAAATCACACCG                         GTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
genomic: GTATGGACTACTGGAACGATGGGTGAAATCACACCGgtgagtttac ... tctacaacagGTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
EST: gi|88525507|gb|CI453967.1|CI453967
EST:     ACGATGGGTGAAATCACACCG                         GTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
genomic: ACGATGGGTGAAATCACACCGgtgagtttac ... tctacaacagGTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
EST: gi|88542096|gb|CI471404.1|CI471404
EST:     TATGGACTACTGGAACGATGGGTGAAATCACACCG                         GTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
genomic: TATGGACTACTGGAACGATGGGTGAAATCACACCGgtgagtttac ... tctacaacagGTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
EST: gi|86426440|gb|CI071537.1|CI071537
EST:     GTATGGACTACTGGAACGATGGGTGAAATCACACCG                         GTCGTAATGATTGATGGTCGTGATATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
genomic: GTATGGACTACTGGAACGATGGGTGAAATCACACCGgtgagtttac ... tctacaacagGTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
EST: gi|88539468|gb|CI469423.1|CI469423
EST:     TGGGTGAAATCACACCG                         GTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
genomic: TGGGTGAAATCACACCGgtgagtttac ... tctacaacagGTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
EST: gi|88543623|gb|CI473647.1|CI473647
EST:     TGCAGACGAGGTATGGACTACTGGAACGATGGGTGAAATCACACCG                         GTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
genomic: TGCAGACGAGGTATGGACTACTGGAACGATGGGTGAAATCACACCGgtgagtttac ... tctacaacagGTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
EST: gi|88556968|gb|CI487334.1|CI487334
EST:     CTGGAACGATGGGTGAAATCACACCG                         TTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
genomic: CTGGAACGATGGGTGAAATCACACCGgtgagtttac ... tctacaacagGTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
EST: gi|88541495|gb|CI470767.1|CI470767
EST:     GTATGGACTACTGGAACGATGGGTGAAATCACACCG                         GTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
genomic: GTATGGACTACTGGAACGATGGGTGAAATCACACCGgtgagtttac ... tctacaacagGTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
EST: gi|88536060|gb|CI465783.1|CI465783
EST:     GACGAGGTATGGACTACTGGAACGATGGGTGAAATCACACCG                         GTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
genomic: GACGAGGTATGGACTACTGGAACGATGGGTGAAATCACACCGgtgagtttac ... tctacaacagGTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
EST: gi|88278792|gb|CI397596.1|CI397596
EST:     GTATGGACTACTGGAACGATGGGTGAAATCACACCG                         GTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
genomic: GTATGGACTACTGGAACGATGGGTGAAATCACACCGgtgagtttac ... tctacaacagGTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
EST: gi|88548475|gb|CI476851.1|CI476851
EST:     GTATGGACTACTGGAACGATGGGTGAAATCACACCG                         GTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
genomic: GTATGGACTACTGGAACGATGGGTGAAATCACACCGgtgagtttac ... tctacaacagGTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
EST: gi|88964563|gb|CI069911.1|CI069911
EST:     GTATGGACTACTGGAACGATGGGTGAAATCACACCG                         GTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
genomic: GTATGGACTACTGGAACGATGGGTGAAATCACACCGgtgagtttac ... tctacaacagGTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
EST: gi|88551624|gb|CI481698.1|CI481698
EST:     CGATGGGTGAAATCACACCG                         GTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
genomic: CGATGGGTGAAATCACACCGgtgagtttac ... tctacaacagGTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
EST: gi|88482389|gb|CI419660.1|CI419660
EST:     GGAACGATGGGTGAAATCACACCG                         GTCGTAATGATTGATGGTCGTNAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
genomic: GGAACGATGGGTGAAATCACACCGgtgagtttac ... tctacaacagGTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
EST: gi|88536166|gb|CI465895.1|CI465895
EST:     CTACTGGAACGATGGGTGAAATCACACCG                         GTCGTAATGATTGATGTTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
genomic: CTACTGGAACGATGGGTGAAATCACACCGgtgagtttac ... tctacaacagGTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
EST: gi|88548070|gb|CI476983.1|CI476983
EST:     TACTGGAACGATGGGTGAAATCACACCG                         GTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC
genomic: TACTGGAACGATGGGTGAAATCACACCGgtgagtttac ... tctacaacagGTCGTAATGATTGATGGTCGTGAAATTGGTGACGGGAAAATAGGTCCGGTC