Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTGTGCGACTGTGCAGCCAATCGTGTCGATTGAGAGAACAGTTTTCTACCGAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAGgtaacttatggtggtagctaaggcagttaaggtataatttgtttccaggagttgctcaactcttgataatttgttgtag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os06g36090.2
intron # 16
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os06g36090.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 16
lower sequence: GRMZM2G029506_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 20
TTGTGCGACTGTGCAGCCAATCGTGTCGATTGAGAGAACAGTTTTCTACCGAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAGgtaacttatggtggtag-------------ctaaggcagttaaggtataatttgtttccaggagttgctcaactcttgataatttgttgtag
|||| | |||||||||||| | || || ||||| ||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||   |  || || |             |   |  |  ||||||   ||||| |  | | ||   ||||| | || ||  || |  |   
TTGTTCAACTGTGCAGCCAGTTGTTTCAATTGAAAGAACGGTCTTCTACAGAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCATATGCCATTGCTCAGgtaaagaaatgtcgttgaactgtgcagacacagtgataactaaggtgctatttgctctccgtagcctctcaaatttt-atgcttcgcag---

upper sequence: LOC_Os06g36090.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 16
lower sequence: GRMZM2G366146_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 16
TTGTGCGACTGTGCAGCCAATCGTGTCGATTGAGAGAACAGTTTTCTACCGAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAGgtaact---tatggtggtagctaa--------ggcagttaaggtataatttgtttccaggagttgctcaactcttgataatttgttgtag
|||| | |||||||||||||| || || |||||||| || || |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||     |||  | |||   |         ||    ||||||   || |  |  | | ||| |||||  | || ||  || |  |   
TTGTTCAACTGTGCAGCCAATTGTTTCAATTGAGAGGACGGTCTTCTACAGAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCAATGCCATATGCCATTGCTCAGgtaaagaaatatcatagtatacagaatacagtggtgactaaggtgctatcttctctccgcagtcgctcagttttt-atgcttcgcag---

upper sequence: LOC_Os06g36090.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 16
lower sequence: GLYMA13G43140.1 (Glycine max), 5'ss of exon 20
TTGTGCGACTGTGCAGCCAATCGTGTCGATTGAGAGAACAGTTTTCTACCGAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAGgt-aacttatgg--tggtagctaaggcagtta--aggtataatttgt-ttccaggagttgctca--actcttgataatttgttgtag------
|||    ||||| || ||| | ||  |  |||| ||||| || || || ||||| || |||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||| ||||| ||   ||||  |  |   | || ||  ||  |    || |   | ||  |   |||||| |  |  || |    ||||||  |       
TTGCCAAACTGTTCAACCAGTAGTAGCCGTTGAAAGAACGGTATTTTATCGAGAAAGAGCTGCTGGGATGTATTCTGCTTTGCCTTATGCCATTGCACAGgttaaaggatggatttattttttagacaactataaaacttattacatgttgtatttgttgcttattatgctagcatttttgtttcatttgcag

upper sequence: LOC_Os06g36090.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 16
lower sequence: Vv09s0002g03640.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 19
TTGTGCGACTGTGCAGCCAATCGTGTCGATTGAGAGAACAGTTTTCTACCGAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAGgtaacttatggtggtagctaaggcagttaaggtataat-------ttgtttccaggagttg--ctcaactcttgataatttgttgtag----------------------------------------
 ||  | || || || ||||| ||  || |||| ||||| || ||||| || || || |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| |   |  |   ||  ||||  |  | ||  |||||       |  ||||    | ||    |||| |   |  |   | | |                                           
CTGCTCAACAGTCCAACCAATTGTAGCGGTTGAAAGAACGGTGTTCTATCGTGAAAGAGCTGCTGGGATGTACTCTGCCATGCCATATGCCATGGCCCAGgtgaggaaatggtctatttaagcaacatgagtgataataaccagttcatttctgtaaatttgcttcaaattcagccacactttcgacacttgataaagtctcatataatctattttggtggtatgcag

upper sequence: LOC_Os06g36090.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 16
lower sequence: Vv09s0002g03570.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
TTGTGCGACTGTGCAGCCAATCGTGTCGATTGAGAGAACAGTTTTCTACCGAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAGgtaacttatggtggtagctaaggcagttaaggtataat-------ttgtttccaggagtt-gctcaactcttgataatttgttgtag-----------------------------------------
 ||  | || || || ||||| ||  || |||| ||||| || ||||| || || || |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| |   |  |   ||  ||||  |  | ||  |||||       |  ||||    | || |||  |   ||    |    || ||                                          
CTGCTCAACAGTCCAACCAATTGTAGCGGTTGAAAGAACCGTGTTCTATCGTGAAAGAGCTGCTGGGATGTACTCTGCCATGCCATATGCCATGGCCCAGgtgaggaaatggtctatttaagcaacatgagtgataataaccagttcatttctgtaaatttgcttcaaatttagccacactttctacacttgataaagtctcatataatctattttggtggtatgcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29643489|gb|CB648496.1|CB648496
EST:     AGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCNTATGCCATTGCTCAG                         GTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
genomic: AGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAGgtaacttatg ... tttgttgtagGTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
EST: gi|88675207|gb|CI727322.1|CI727322
EST:     GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAG                         GTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
genomic: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAGgtaacttatg ... tttgttgtagGTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
EST: gi|88905055|gb|CI712354.1|CI712354
EST:     GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAG                         GTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
genomic: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAGgtaacttatg ... tttgttgtagGTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
EST: gi|88671120|gb|CI725236.1|CI725236
EST:     GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAG                         GTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
genomic: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAGgtaacttatg ... tttgttgtagGTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
EST: gi|88674502|gb|CI728615.1|CI728615
EST:     GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAG                         GTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
genomic: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAGgtaacttatg ... tttgttgtagGTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
EST: gi|88668092|gb|CI722831.1|CI722831
EST:     GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAG                         GTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
genomic: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAGgtaacttatg ... tttgttgtagGTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
EST: gi|29673479|gb|CB669754.1|CB669754
EST:     GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAG                         GTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
genomic: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAGgtaacttatg ... tttgttgtagGTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
EST: gi|88593501|gb|CI713455.1|CI713455
EST:     GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAG                         GTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
genomic: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAGgtaacttatg ... tttgttgtagGTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
EST: gi|88908493|gb|CI713052.1|CI713052
EST:     GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAG                         GTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
genomic: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAGgtaacttatg ... tttgttgtagGTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
EST: gi|88666602|gb|CI718738.1|CI718738
EST:     GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAG                         GTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
genomic: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAGgtaacttatg ... tttgttgtagGTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
EST: gi|38470736|gb|CF954867.1|CF954867
EST:     GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAG                         GTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
genomic: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAGgtaacttatg ... tttgttgtagGTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
EST: gi|88594702|gb|CI714660.1|CI714660
EST:     GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAG                         GTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
genomic: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAGgtaacttatg ... tttgttgtagGTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
EST: gi|88675171|gb|CI729284.1|CI729284
EST:     GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAG                         GTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
genomic: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAGgtaacttatg ... tttgttgtagGTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
EST: gi|88676085|gb|CI730198.1|CI730198
EST:     GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAG                         GTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
genomic: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAGgtaacttatg ... tttgttgtagGTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
EST: gi|88973905|gb|CI718313.1|CI718313
EST:     GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAG                         GTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
genomic: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAGgtaacttatg ... tttgttgtagGTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
EST: gi|88594975|gb|CI715131.1|CI715131
EST:     GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAG                         GTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
genomic: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAGgtaacttatg ... tttgttgtagGTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
EST: gi|88594998|gb|CI715154.1|CI715154
EST:     GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAG                         GTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
genomic: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAGgtaacttatg ... tttgttgtagGTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
EST: gi|88904455|gb|CI711763.1|CI711763
EST:     GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAG                         GTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
genomic: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAGgtaacttatg ... tttgttgtagGTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
EST: gi|88973704|gb|CI718132.1|CI718132
EST:     GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAG                         GTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTC
genomic: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAGgtaacttatg ... tttgttgtagGTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTC
EST: gi|33682388|gb|CF310627.1|CF310627
EST:     GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAG                         GTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
genomic: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAGgtaacttatg ... tttgttgtagGTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 71 (upstream exon), 75 (downstream exon)
Score: 29

TTGTGCGACTGTGCAGCCAATCGTGTCGATTGAGAGAACAGTTTTCTACCGAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAGgtaacttatg ... tttgttgtagGTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTCATTGTTTATGCCATGATGAGCTTCCAGTGGACAGCAGCCAAGTTCTTCT




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TTGTGCGACTGTGCAGCCAATCGTGTCGATTGAGAGAACAGTTTTCTACCGAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAGgtaacttatggtggtagctaaggcagttaaggtataatttgtttccaggagttgctcaactcttgataatttgttgtag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT