Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGAGATGGATGCCATAAATAGTTTAAGATACTTGGTTGGTTCAGATACAAAAAAGGCATCACGGCCTGGCGGCTTCTCTCTCAAATTTGATGCACAAAAGgtgaggtcatgatttgagctaaattatttctaccttcttcccttgaactaacatgtgtgcttgacttatataccag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os06g04450.1
intron # 16
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os06g04450.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 16
lower sequence: GRMZM5G830776_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 16
TGAGATGGATGCCATAAATAGTTTAAGATACTTGGTTGGTTCAGATACAAAAAAGGCATCACGGCCTGGCGGCTTCTCTCTCAAATTTGATGCACAAAAGgtgaggtcatgatttga-------gctaaattatttctacctt------cttcccttgaactaacatgtgtgcttgacttatataccag------------
||| ||||||   |||||| ||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||  ||||| || | ||    |||||||||||||||||||| |||||||| ||   ||| ||| |       | || |  |    ||| ||      | | || |  | |||  || |||  ||  || ||   |              
TGATATGGATATAATAAATTGTTTAGGATACTTGGATGGTTCAAATACAAAAAAATCATCAAGGACGGGTACTTTCTCTCTCAAATTTGATGCCCAAAAGgtaagcatatgttttcatgactttgttagaaaaaacatactttatacaaccttccgtctattaaggtg-gtgtatggtttttagggcctaatttttagtcc