Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATCAAGAGCCTTGCTGGAAGCGTTGCAACCCTTGCAAACTGGTTGACGGCTTGGCTCATTACGATGACAGCAAGCTTGATGTTAAGCTGGAGCAATGGAGgtctctctctctctctctcttgcatgacgcatgcacacatgcacacaatcgaatgcatggaaaatgcaagcttttccttccaggctcatgtcactatgtatgctcttttttttttttcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os05g50280.1
intron # 16
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os05g50280.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 16
lower sequence: GRMZM2G097768_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 17
ATCAAGAGCCTTGCTGGAAGCGTTGCAACCCTTGCAAACTGGTTGACGGCTTGGCTCATTACGATGACAGCAAGCTTGATGTTAAGCTGGAGCAATGGAGgtctctctctctctctctcttgcatgacgcatgcacacatgcacacaatcgaatgcatggaaaatgcaagcttttccttccaggctcatgtcactatgtatgctcttttttttttttcag
|||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||| |||| || |||  |||||| ||||| |||||| ||||||| | |||||||| |||||||||||  || ||| | ||     |  | | | |   || | ||    |      ||| |  |         |  || |      |  | | || |                        
ATCAAGAGCCTTGCTGGAAGTGTTGCGACCCTGGCGAACTGGCTGACAGCATGGGCCATTACAATGACGGCAAGCCTGATGTTGAACTGGAGCAGTGGAGgtctcttcctttctttttccattctctccc-tcccttcaagaacgtgttt---cccattgcgacgttggatctaaccgtgtgtcttggtttgaccag-----------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58609451|gb|CK037484.1|CK037484
EST:     TTGGCTCATTACGATGACAGCAAGCTTGATGTTAAGCTGGAGCAATGGAG                         GAACATTTGCTATCTATGCTGCTGTGTGTGCCGGGACCCTCGTTTTCGTAT
genomic: TTGGCTCATTACGATGACAGCAAGCTTGATGTTAAGCTGGAGCAATGGAGgtctctctct ... tttttttcagGAACATTTGCTATCTATGCTGCTGTGTGTGCCGGGACCCTCGTTTTCGTAT
EST: gi|88258423|gb|CI361009.1|CI361009
EST:     TTGGCTCATTACGATGACAGCAAGCTTGATGTTAAGCTGGACCAATGGAG                         GAACATTTGCTATCTATGCTGCTGTGTTTGCC-GGACCCTCGTTTTCGTAT
genomic: TTGGCTCATTACGATGACAGCAAGCTTGATGTTAAGCTGGAGCAATGGAGgtctctctct ... tttttttcagGAACATTTGCTATCTATGCTGCTGTGTGTGCCGGGACCCTCGTTTTCGTAT
EST: gi|7273809|gb|AU083353.1|AU083353
EST:     TTGGCTCATTACGATGACAGAAAGCTTGATGTTAAGCTGGAGCAATGGAG                         GAACATTTGCTATCTATGCTGCTGTGTGTGCCGGGACCCTCGTTTTCGTAT
genomic: TTGGCTCATTACGATGACAGCAAGCTTGATGTTAAGCTGGAGCAATGGAGgtctctctct ... tttttttcagGAACATTTGCTATCTATGCTGCTGTGTGTGCCGGGACCCTCGTTTTCGTAT
EST: gi|29632218|gb|CB637227.1|CB637227
EST:     TTGGCTCATTACGATGACAGCAAGCTTGATGTTAAGCTGGAGCAATGGAG                         GAACATTTGCTATCTATGCTGCTGTGTGTGCCGGGACCCTCGTTTTCGTAT
genomic: TTGGCTCATTACGATGACAGCAAGCTTGATGTTAAGCTGGAGCAATGGAGgtctctctct ... tttttttcagGAACATTTGCTATCTATGCTGCTGTGTGTGCCGGGACCCTCGTTTTCGTAT
EST: gi|86484943|gb|CI127576.1|CI127576
EST:     TTGGCTCATTACGATGACAGCAAGCTTGATGTTAAGCTGGAGCAATGGAG                         GAACATTTGCNATTTATGCTGCTGTGTGTGCCGGGACCCTCGTTTTCGTAT
genomic: TTGGCTCATTACGATGACAGCAAGCTTGATGTTAAGCTGGAGCAATGGAGgtctctctct ... tttttttcagGAACATTTGCTATCTATGCTGCTGTGTGTGCCGGGACCCTCGTTTTCGTAT
EST: gi|163925589|gb|EG715410.1|EG715410
EST:     TTGGCTCATTACGATGACAGCAAGCTTGATGTTAAGCTGGAGCAATGGAG                         GAACATTTGCTATCTATGCTGCTGTGTGTGCCGGGACCCTCGTTTTCGTAT
genomic: TTGGCTCATTACGATGACAGCAAGCTTGATGTTAAGCTGGAGCAATGGAGgtctctctct ... tttttttcagGAACATTTGCTATCTATGCTGCTGTGTGTGCCGGGACCCTCGTTTTCGTAT
EST: gi|86867105|gb|CI343887.1|CI343887
EST:     TTGGCTCATTACGATGACACCAAGCTTGATGTTAAGCTGGACCAATGGAG                         GAACATTTGCCATCTATGCTGCTGTGTGTGCC-GGACCCTCGTTTTCGTAT
genomic: TTGGCTCATTACGATGACAGCAAGCTTGATGTTAAGCTGGAGCAATGGAGgtctctctct ... tttttttcagGAACATTTGCTATCTATGCTGCTGTGTGTGCCGGGACCCTCGTTTTCGTAT
EST: gi|89197991|gb|CI117469.1|CI117469
EST:     TTGGCTCATTACGATGACAGCAAGCTTGATGTTAAGCTGGAGCAATGGAG                         GAACATTTGCTATCTATGCTGCTGTGTGTGCCGGGACCCTCGTTTTCGTAT
genomic: TTGGCTCATTACGATGACAGCAAGCTTGATGTTAAGCTGGAGCAATGGAGgtctctctct ... tttttttcagGAACATTTGCTATCTATGCTGCTGTGTGTGCCGGGACCCTCGTTTTCGTAT
EST: gi|86426131|gb|CI071228.1|CI071228
EST:     TTGGCTCATTACGATGACAGCAAGCTTGATGTTAAGCTGGAGCAATGGAG                         GAACATTTGCTATCTATGCTGCTGTGTGTGCCGGGACCCTCGTTTTCGTAT
genomic: TTGGCTCATTACGATGACAGCAAGCTTGATGTTAAGCTGGAGCAATGGAGgtctctctct ... tttttttcagGAACATTTGCTATCTATGCTGCTGTGTGTGCCGGGACCCTCGTTTTCGTAT
EST: gi|89182912|gb|CI045670.1|CI045670
EST:     TTGGCTCATTACGATGACAGCAAGCTTGATGTTAAGCTGGAGCAATGGAG                         GAACATTTGCTATCTATGCTGCTGTGTGTGCCGGGACCCTCGTTTTCGTAT
genomic: TTGGCTCATTACGATGACAGCAAGCTTGATGTTAAGCTGGAGCAATGGAGgtctctctct ... tttttttcagGAACATTTGCTATCTATGCTGCTGTGTGTGCCGGGACCCTCGTTTTCGTAT
EST: gi|86489378|gb|CI132011.1|CI132011
EST:     TTGGCTCATTACGATGACAGCAAGCTTGATGTTAAGCTGGAGCAATGGAG                         GAACATTTGCTATCTATGCTGCTGTGTGTGCCGGGACCCTCGTTTTCGTAT
genomic: TTGGCTCATTACGATGACAGCAAGCTTGATGTTAAGCTGGAGCAATGGAGgtctctctct ... tttttttcagGAACATTTGCTATCTATGCTGCTGTGTGTGCCGGGACCCTCGTTTTCGTAT
EST: gi|29678790|gb|CB675065.1|CB675065
EST:     TTGGCTCATTACGATGACAGCAAGCTTGATGTTAAGCTGGAGCAATGGAG                         GAACATTTGCTATCTATGCTGCTGTGTGTGCCGGGACCCTCGTTTTCGTAT
genomic: TTGGCTCATTACGATGACAGCAAGCTTGATGTTAAGCTGGAGCAATGGAGgtctctctct ... tttttttcagGAACATTTGCTATCTATGCTGCTGTGTGTGCCGGGACCCTCGTTTTCGTAT
EST: gi|7274036|gb|AU083580.1|AU083580
EST:     TTGGCTCATTACGATGACAGCAAGCTTGATGTTAAGCTGGAGCAATGGAG                         GAACATTTGCTATCTATGCTGCTGTGTGTGCCGGGACCCTCGTTTTCGTAT
genomic: TTGGCTCATTACGATGACAGCAAGCTTGATGTTAAGCTGGAGCAATGGAGgtctctctct ... tttttttcagGAACATTTGCTATCTATGCTGCTGTGTGTGCCGGGACCCTCGTTTTCGTAT
EST: gi|29674764|gb|CB671039.1|CB671039
EST:     TTGGCTCATTACGATGACAGCAAGCTTGATGTTAAGCTGGAGCAATGGAG                         GAACATTTGCTATCTATGCTGCTGTGTGTGCCGGGACCCTCGTTTTCGTAT
genomic: TTGGCTCATTACGATGACAGCAAGCTTGATGTTAAGCTGGAGCAATGGAGgtctctctct ... tttttttcagGAACATTTGCTATCTATGCTGCTGTGTGTGCCGGGACCCTCGTTTTCGTAT
EST: gi|88833678|gb|CI077159.1|CI077159
EST:     TCATTACGATGACAGCAAGCTTGATGTTAAGCTGGAGCAATGGAG                         GAACATTTGCTATCTATGCTGCTGTGTGTGCCGGGACCCTCGTTTTCGTAT
genomic: TCATTACGATGACAGCAAGCTTGATGTTAAGCTGGAGCAATGGAGgtctctctct ... tttttttcagGAACATTTGCTATCTATGCTGCTGTGTGTGCCGGGACCCTCGTTTTCGTAT
EST: gi|89170797|gb|CI040074.1|CI040074
EST:     TTGGCTCATTACGATGACAGCAAGCTTGATGTTAAGCTGGAGCAATGGAG                         GGACATTTGCTATCTATGCTGCTGTGTGTGCCGGGACCCTCGTTTTCGTAT
genomic: TTGGCTCATTACGATGACAGCAAGCTTGATGTTAAGCTGGAGCAATGGAGgtctctctct ... tttttttcagGAACATTTGCTATCTATGCTGCTGTGTGTGCCGGGACCCTCGTTTTCGTAT
EST: gi|88296878|gb|CI540230.1|CI540230
EST:     ACAGCAAGCTTGATGTTAAGCTGGAGCAATGGAG                         GAACATTTGCTATCTATGCTGCTGTGTGTGCCGGGACCCTCNTTTTCGTAT
genomic: ACAGCAAGCTTGATGTTAAGCTGGAGCAATGGAGgtctctctct ... tttttttcagGAACATTTGCTATCTATGCTGCTGTGTGTGCCGGGACCCTCGTTTTCGTAT
EST: gi|86414320|gb|CI068723.1|CI068723
EST:     CGATGACAGCAAGCTTGATGTTAAGCTGGAGCAATGGAG                         GAACATTTGCAATCTATGCTGCTGTGTGTGCCGGGACCCTCGTTTTCGTAT
genomic: CGATGACAGCAAGCTTGATGTTAAGCTGGAGCAATGGAGgtctctctct ... tttttttcagGAACATTTGCTATCTATGCTGCTGTGTGTGCCGGGACCCTCGTTTTCGTAT
EST: gi|86433118|gb|CI093461.1|CI093461
EST:     TTGGCTCATTACGATGACAGCAAGCTTGATGTTAAGCTGGAGCAATGGAG                         GAACATTTGCTATCTATGCTGCTGTGTGTGCCGGGACCCTCGTTTTCGTAT
genomic: TTGGCTCATTACGATGACAGCAAGCTTGATGTTAAGCTGGAGCAATGGAGgtctctctct ... tttttttcagGAACATTTGCTATCTATGCTGCTGTGTGTGCCGGGACCCTCGTTTTCGTAT
EST: gi|88994075|gb|CI116039.1|CI116039
EST:     TTGGCTCATTACGATGACAGCAAGCTTGATGTTAAGCTGGAGCAATGGAG                         GAACATTTGCTATCTATGCTGCTGTGTGTGCCGGGACCCTCGTTTTCGTAT
genomic: TTGGCTCATTACGATGACAGCAAGCTTGATGTTAAGCTGGAGCAATGGAGgtctctctct ... tttttttcagGAACATTTGCTATCTATGCTGCTGTGTGTGCCGGGACCCTCGTTTTCGTAT
EST: gi|3761514|gb|C98762.1|C98762
EST:     TTGGCTCATTACGATGACAGCAAGCTTGATGTTAAGCTGGAGCAATGGAG                         GAACATTTGCTATCTATGCTGCTGTGTGTGCCGGGACCCTCGTTTTCGTAT
genomic: TTGGCTCATTACGATGACAGCAAGCTTGATGTTAAGCTGGAGCAATGGAGgtctctctct ... tttttttcagGAACATTTGCTATCTATGCTGCTGTGTGTGCCGGGACCCTCGTTTTCGTAT
EST: gi|58679421|gb|CK068108.1|CK068108
EST:     TTGGCTCATTACGATGACAGCAAGCTTGATGTTAAGCTGGAGCAATGGAG                         GAACATTTGCTATCTATGCTGCTGTGTGTGCCGGGACCCTCGTTTTCGTAT
genomic: TTGGCTCATTACGATGACAGCAAGCTTGATGTTAAGCTGGAGCAATGGAGgtctctctct ... tttttttcagGAACATTTGCTATCTATGCTGCTGTGTGTGCCGGGACCCTCGTTTTCGTAT
EST: gi|86904692|gb|CI321600.1|CI321600
EST:     TTGGCTCATTACGATGACAGCAAGCTTGATGTTAAGCTGGAGCAATGGAG                         GAACATTTGCTATCTATGCTGCTGTGTGTGCC-GGACCCTCGTTTTCGTAT
genomic: TTGGCTCATTACGATGACAGCAAGCTTGATGTTAAGCTGGAGCAATGGAGgtctctctct ... tttttttcagGAACATTTGCTATCTATGCTGCTGTGTGTGCCGGGACCCTCGTTTTCGTAT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 70 (upstream exon), 52 (downstream exon)
Score: 41

ATCAAGAGCCTTGCTGGAAGCGTTGCAACCCTTGCAAACTGGTTGACGGCTTGGCTCATTACGATGACAGCAAGCTTGATGTTAAGCTGGAGCAATGGAGgtctctctct ... tttttttcagGAACATTTGCTATCTATGCTGCTGTGTGTGCCGGGACCCTCGTTTTCGTATGCCTGTGGGTGCCGGAGACTAAAGGAAGAACACTTGAGGAAATTGCATT




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ATCAAGAGCCTTGCTGGAAGCGTTGCAACCCTTGCAAACTGGTTGACGGCTTGGCTCATTACGATGACAGCAAGCTTGATGTTAAGCTGGAGCAATGGAGgtctctctctctctctctcttgcatgacgcatgcacacatgcacacaatcgaatgcatggaaaatgcaagcttttccttccaggctcatgtcactatgtatgctcttttttttttttcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA