1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' |
ATCAAGAGTCTCGCAGGAAGCTTTGCGACGCTCGCCAACTGGCTTACATCCTTTGGAATAACAATGACAGCAAACTTGATGCTTAGCTGGAGTGCTGGAGgtacatacttctacttctctgatctctctttcctgcagtggaattgttcttttcgttgagcgagactagagtagaattctgaatatccaacctgacgctcatgctatcttcttaaacatcaacag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os05g49270.1 |
intron # | 16 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CTTTGGAATAACAATGACAGCAAACTTGATGCTTAGCTGGAGTGCTGGAG GGACCTTTGTGTCCTACATGGTCGTGAGTGCTTTCACCCTCGTGTTCGTCAEST: gi|88956974|gb|CI095026.1|CI095026
genomic: CTTTGGAATAACAATGACAGCAAACTTGATGCTTAGCTGGAGTGCTGGAGgtacatactt ... acatcaacagGGACCTTTGTGTCCTACATGGTCGTGAGTGCTTTCACCCTCGTGTTCGTCA
EST: CTTTGGAATAACAATGACAGCAAACTTGATGCTTAGCTGGAGTGCTGGAG GGACCTTTGTGTCCTACATGGTCGTGAGTGCTTTCACCCTCGTGTTCGTCAEST: gi|58682760|gb|CK071447.1|CK071447
genomic: CTTTGGAATAACAATGACAGCAAACTTGATGCTTAGCTGGAGTGCTGGAGgtacatactt ... acatcaacagGGACCTTTGTGTCCTACATGGTCGTGAGTGCTTTCACCCTCGTGTTCGTCA
EST: CTTTGGAATAACAATGACAGCAAACTTGATGCTTAGCTGGAGTGCTGGAG GGACCTTTGTGTCCTACATGGTCGTGAGTGCTTTCACCCTCGTGTTCGTCAEST: gi|88966437|gb|CI352989.1|CI352989
genomic: CTTTGGAATAACAATGACAGCAAACTTGATGCTTAGCTGGAGTGCTGGAGgtacatactt ... acatcaacagGGACCTTTGTGTCCTACATGGTCGTGAGTGCTTTCACCCTCGTGTTCGTCA
EST: CTTTGGAATAACAATGACAGCAAACTTGATGCTTAGCTGGAGTGCTGGAG GGACCTTTGTGTCCTACATGGTCGTGAGTGCTTTCACCCTCGTGTTCGTCAEST: gi|88257732|gb|CI360318.1|CI360318
genomic: CTTTGGAATAACAATGACAGCAAACTTGATGCTTAGCTGGAGTGCTGGAGgtacatactt ... acatcaacagGGACCTTTGTGTCCTACATGGTCGTGAGTGCTTTCACCCTCGTGTTCGTCA
EST: CTTTGGAATAACAATGACAGCAAACTTGATGCTTAGCTGGAGTGCTGGAG GGACCTTTGTGTCCTACATGGTCGTGAGTGCTTTCACCCTCGTGTTCGTCAEST: gi|86541299|gb|CI181505.1|CI181505
genomic: CTTTGGAATAACAATGACAGCAAACTTGATGCTTAGCTGGAGTGCTGGAGgtacatactt ... acatcaacagGGACCTTTGTGTCCTACATGGTCGTGAGTGCTTTCACCCTCGTGTTCGTCA
EST: CTTTGGAATAACAATGACAGCAAACTTGATGCTTAGCTGGAGTGCTGGAG GGACCTTTGTGTCCTACATGGTCGTGAGTGCTTTCACCCTCGTGTTCGTCAEST: gi|86501749|gb|CI144382.1|CI144382
genomic: CTTTGGAATAACAATGACAGCAAACTTGATGCTTAGCTGGAGTGCTGGAGgtacatactt ... acatcaacagGGACCTTTGTGTCCTACATGGTCGTGAGTGCTTTCACCCTCGTGTTCGTCA
EST: CTTTGGAATAACAATGACAGCAAACTTGATGCTTAGCTGGAGTGCTGGAG GGACCTTTGTGTCCTACATGGTCGTGAGTGCTTTCACCCTCGTGTTCGTCAEST: gi|86546848|gb|CI187054.1|CI187054
genomic: CTTTGGAATAACAATGACAGCAAACTTGATGCTTAGCTGGAGTGCTGGAGgtacatactt ... acatcaacagGGACCTTTGTGTCCTACATGGTCGTGAGTGCTTTCACCCTCGTGTTCGTCA
EST: CTTTGGAATAACAATGACAGCAAACTTGATGCTTAGCTGGAGTGCTGGAG GGACCTTTGTGTCCTACATGGTCGTGAGTGCTTTCACCCTCGTGTTCGTCAEST: gi|88262958|gb|CI366732.1|CI366732
genomic: CTTTGGAATAACAATGACAGCAAACTTGATGCTTAGCTGGAGTGCTGGAGgtacatactt ... acatcaacagGGACCTTTGTGTCCTACATGGTCGTGAGTGCTTTCACCCTCGTGTTCGTCA
EST: CTTTGGAATAACAATGACAGCAAACTTGATGCTTAGCTGGAGTGCTGGAG GGACCTTTGTGTCCTACATGGTCGTGAGTGCTTTCACCCTCGTGTTCGTCAEST: gi|87021810|gb|CI277977.1|CI277977
genomic: CTTTGGAATAACAATGACAGCAAACTTGATGCTTAGCTGGAGTGCTGGAGgtacatactt ... acatcaacagGGACCTTTGTGTCCTACATGGTCGTGAGTGCTTTCACCCTCGTGTTCGTCA
EST: CTTTGGAATAACAATGACAGCAAACTTGATGCTTAGCTGGAGTGCTGGAG GGACCTTTGTGTCCTACATGGTCGTGAGTGCTTTCACCCTCGTGTTCGTCAEST: gi|86842154|gb|CI338494.1|CI338494
genomic: CTTTGGAATAACAATGACAGCAAACTTGATGCTTAGCTGGAGTGCTGGAGgtacatactt ... acatcaacagGGACCTTTGTGTCCTACATGGTCGTGAGTGCTTTCACCCTCGTGTTCGTCA
EST: GATGCTTAGCTGGAGTGCTGGAG GGACCTTTGTGTCCTACATGGTCGTGAGTGCTTTCACCCTCGTGTTCGTCAEST: gi|86890215|gb|CI321392.1|CI321392
genomic: GATGCTTAGCTGGAGTGCTGGAGgtacatactt ... acatcaacagGGACCTTTGTGTCCTACATGGTCGTGAGTGCTTTCACCCTCGTGTTCGTCA
EST: CTTTGGAATAACAATGACAGCAAACTTGATGCTTAGCTGGAGTGCTGGAG GGACCTTTGTGTCCTACATGGTCGTGAGTGCTTTCACCCTCGTGTTCGTCAEST: gi|88838225|gb|CI373585.1|CI373585
genomic: CTTTGGAATAACAATGACAGCAAACTTGATGCTTAGCTGGAGTGCTGGAGgtacatactt ... acatcaacagGGACCTTTGTGTCCTACATGGTCGTGAGTGCTTTCACCCTCGTGTTCGTCA
EST: CTTTGGAATAACAATGACAGCAAACTTGATGCTTAGCTGGAGTGCTGGAG GGACCTTTGTGTCCTACATGGTCGTGAGTGCTTTCACCCTCGTGTTCGTCAEST: gi|88281786|gb|CI403182.1|CI403182
genomic: CTTTGGAATAACAATGACAGCAAACTTGATGCTTAGCTGGAGTGCTGGAGgtacatactt ... acatcaacagGGACCTTTGTGTCCTACATGGTCGTGAGTGCTTTCACCCTCGTGTTCGTCA
EST: CTTTGGAATAACAATGACAGCAAACTTGATGCTTAGCTGGAGTGCTGGAG GGACCTTTGTGTCCTACATGGTCGTGAGTGCTTTCACCCTCGTGTTCGTCAEST: gi|29687040|gb|CB683315.1|CB683315
genomic: CTTTGGAATAACAATGACAGCAAACTTGATGCTTAGCTGGAGTGCTGGAGgtacatactt ... acatcaacagGGACCTTTGTGTCCTACATGGTCGTGAGTGCTTTCACCCTCGTGTTCGTCA
EST: CTTTGGAATAACAATGACAGCAAACTTGATGCTTAGCTGGAGTGCTGGAG GGACCTTTGTGTCCTACATGGTCGTGAGTGCTTTCACCCTCGTGTTCGTCAEST: gi|88502203|gb|CI429709.1|CI429709
genomic: CTTTGGAATAACAATGACAGCAAACTTGATGCTTAGCTGGAGTGCTGGAGgtacatactt ... acatcaacagGGACCTTTGTGTCCTACATGGTCGTGAGTGCTTTCACCCTCGTGTTCGTCA
EST: CTTTGGAATAACAATGACAGCAAACTTGATGCTTAGCTGGAGTGCTGGAG GGACCTTTGTGTCCTACATGGTCGTGAGTGCTTTCACCCTCGTGTTCGTCAEST: gi|86887575|gb|CI294209.1|CI294209
genomic: CTTTGGAATAACAATGACAGCAAACTTGATGCTTAGCTGGAGTGCTGGAGgtacatactt ... acatcaacagGGACCTTTGTGTCCTACATGGTCGTGAGTGCTTTCACCCTCGTGTTCGTCA
EST: CTTTGGAATAACAATGACAGCAAACTTGATGCTTAGCTGGAGTGCTGGAG GGACCTTTGTGTCCTACATGGTCGTGAGTGCTTTCACCCTCGTGTTCGTCAEST: gi|88975788|gb|CI024039.1|CI024039
genomic: CTTTGGAATAACAATGACAGCAAACTTGATGCTTAGCTGGAGTGCTGGAGgtacatactt ... acatcaacagGGACCTTTGTGTCCTACATGGTCGTGAGTGCTTTCACCCTCGTGTTCGTCA
EST: CTTTGGAATAACAATGACAGCAAACTTGATGCTTAGCTGGAGTGCTGGAG GGACCTTTGTGTCCTACATGGTCGTGAGTGCTTTCACCCTCGTGTTCGTCAEST: gi|86903200|gb|CI313563.1|CI313563
genomic: CTTTGGAATAACAATGACAGCAAACTTGATGCTTAGCTGGAGTGCTGGAGgtacatactt ... acatcaacagGGACCTTTGTGTCCTACATGGTCGTGAGTGCTTTCACCCTCGTGTTCGTCA
EST: CTTTGGAATAACAATGACAGCAAACTTGATGCTTAGCTGGAGTGCTGGAG GGACCTTTGTGTCCTACATGGTCGTGAGTGCTTTCACCCTCGTGTTCGTCAEST: gi|8857545|gb|AU094863.1|AU094863
genomic: CTTTGGAATAACAATGACAGCAAACTTGATGCTTAGCTGGAGTGCTGGAGgtacatactt ... acatcaacagGGACCTTTGTGTCCTACATGGTCGTGAGTGCTTTCACCCTCGTGTTCGTCA
EST: TTTGGAATAACAATGACAGCAAA-TTGATGCTTAGCTCGGAGTGCTGGAG GGACTTTTGTGTCCTACATGGTCGTGAGTGCTTTCACCCTCGTGTTCGTCAEST: gi|86890239|gb|CI321416.1|CI321416
genomic: TTTGGAATAACAATGACAGCAAACTTGATGCTTAGCT-GGAGTGCTGGAGgtacatactt ... acatcaacagGGACCTTTGTGTCCTACATGGTCGTGAGTGCTTTCACCCTCGTGTTCGTCA
EST: CTTTGGAATAACAATGACAGCAAACTTGATGCTTAGCTGGAGTGCTGGAG GGACCTTTGTGTCCTACATGGTCGTGAGTGCTTTCACCCTCGTGTTCGTCA
genomic: CTTTGGAATAACAATGACAGCAAACTTGATGCTTAGCTGGAGTGCTGGAGgtacatactt ... acatcaacagGGACCTTTGTGTCCTACATGGTCGTGAGTGCTTTCACCCTCGTGTTCGTCA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ATCAAGAGTCTCGCAGGAAGCTTTGCGACGCTCGCCAACTGGCTTACATCCTTTGGAATAACAATGACAGCAAACTTGATGCTTAGCTGGAGTGCTGGAGgtacatacttctacttctctgatctctctttcctgcagtggaattgttcttttcgttgagcgagactagagtagaattctgaatatccaacctgacgctcatgctatcttcttaaacatcaacag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA