Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAGGCTGCTGAAGAGTTAGTACCACACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAGgttctttgtaatttaaagtcataattttcaattgcattgaacaatgcaatccaacaagtgcttcctaaggcctcattagttttaactctacgtgttgcttcatgagcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os04g59494.4
intron # 16
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os04g59494.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 16
lower sequence: GRMZM2G376731_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 16
GAGGCTGCTGAAGAGTTAGTACCACACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAGgttctttgtaatttaaagtcataattttcaattgcattgaacaatgcaatccaacaagtgcttcctaaggcctca-----ttagttttaactct--acgtgttgcttcatgagcag
|| ||| ||||||| |||||||| ||||||| | | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| | ||  || ||||  |   ||      |||  | ||||   | ||  ||||     ||| || ||  | |  |  ||||||||| |||||||
GAAGCTTCTGAAGAATTAGTACCCCACTTGGAAGTAATTTTGCAGCACCTCATGTGTGCCTATGGAAAATACCAGgttctttgaaatttaaa-taatattgttttat-gcatgcactgattgttatcaagcactgctatgttagctctcacattcttatttctagttttttatatgttgcttc-tgagcag

upper sequence: LOC_Os04g59494.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 16
lower sequence: Vv03s0038g02830.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 16
GAGGCTGCTGAAGAGTTAGTACCACACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAGgttcttt----gtaatttaaagtcataattttcaattgcattga-acaatgcaatccaacaagtgcttcctaaggcctcattagttttaactctacgtgttgcttcatgagcag--------------------------------------------------------------
|||||||| ||| |||||| ||||||||||| ||||||| | || ||||| |||||||| | ||| || ||||||||| |||    |   ||| | ||  ||  | |   |   ||    |  |||  |    | |   | |   ||    |   ||     ||||   | || |||  |||| |  |                                                               
GAGGCTGCAGAAAAGTTAGCACCACACTTGGAAATTATTCTACAACACCTAATGTGTGCTTTTGGGAAGTACCAGgttgttttctggccctttcatgtgctagctcttcttaatatgatcatgatgagacatgatagtggttgatta----catgttgaagctaacataatgt-ttgtatcattacaattacattttattcttattattccactggtccataaatttattccatgatttgactatatccag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58668781|gb|CK057467.1|CK057467
EST:     ACTTGGGACTTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAG                         AGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGC
genomic: ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAGgttctttgta ... tcatgagcagAGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGC
EST: gi|29626307|gb|CB631318.1|CB631318
EST:     ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAG                         AGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCT
genomic: ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAGgttctttgta ... tcatgagcagAGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCT
EST: gi|29623086|gb|CB628097.1|CB628097
EST:     ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAG                         AGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCT
genomic: ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAGgttctttgta ... tcatgagcagAGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCT
EST: gi|58611878|gb|CK039590.1|CK039590
EST:     ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAG                         AGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCT
genomic: ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAGgttctttgta ... tcatgagcagAGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCT
EST: gi|58660018|gb|CK048698.1|CK048698
EST:     ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAG                         AGACGAAACCTTCGAATACTGTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCT
genomic: ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAGgttctttgta ... tcatgagcagAGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCT
EST: gi|58667508|gb|CK056194.1|CK056194
EST:     ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAG                         AGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCT
genomic: ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAGgttctttgta ... tcatgagcagAGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCT
EST: gi|58672477|gb|CK061163.1|CK061163
EST:     ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAG                         AGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCT
genomic: ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAGgttctttgta ... tcatgagcagAGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCT
EST: gi|58666235|gb|CK054921.1|CK054921
EST:     ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAG                         AGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCT
genomic: ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAGgttctttgta ... tcatgagcagAGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCT
EST: gi|58662883|gb|CK051569.1|CK051569
EST:     ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAG                         AGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCT
genomic: ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAGgttctttgta ... tcatgagcagAGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCT
EST: gi|58663523|gb|CK052209.1|CK052209
EST:     ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAG                         AGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCT
genomic: ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAGgttctttgta ... tcatgagcagAGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCT
EST: gi|58608786|gb|CK036819.1|CK036819
EST:     ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAG                         AGACGAAACCTTCGAAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGC
genomic: ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAGgttctttgta ... tcatgagcagAGACGAAACCTTCGAA-TACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 69 (upstream exon), 72 (downstream exon)
Score: 15

GAGGCTGCTGAAGAGTTAGTACCACACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAGgttctttgta ... tcatgagcagAGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAG




<











<


<