Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAGGCTGCTGAAGAGTTAGTACCACACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAGgttctttgtaatttaaagtcataattttcaattgcattgaacaatgcaatccaacaagtgcttcctaaggcctcattagttttaactctacgtgttgcttcatgagcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os04g59494.2
intron # 16
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os04g59494.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 16
lower sequence: GRMZM2G376731_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 16
GAGGCTGCTGAAGAGTTAGTACCACACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAGgttctttgtaatttaaagtcataattttcaattgcattgaacaatgcaatccaacaagtgcttcctaaggcctca-----ttagttttaactct--acgtgttgcttcatgagcag
|| ||| ||||||| |||||||| ||||||| | | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| | ||  || ||||  |   ||      |||  | ||||   | ||  ||||     ||| || ||  | |  |  ||||||||| |||||||
GAAGCTTCTGAAGAATTAGTACCCCACTTGGAAGTAATTTTGCAGCACCTCATGTGTGCCTATGGAAAATACCAGgttctttgaaatttaaa-taatattgttttat-gcatgcactgattgttatcaagcactgctatgttagctctcacattcttatttctagttttttatatgttgcttc-tgagcag

upper sequence: LOC_Os04g59494.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 16
lower sequence: Vv03s0038g02830.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 16
GAGGCTGCTGAAGAGTTAGTACCACACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAGgttcttt----gtaatttaaagtcataattttcaattgcattga-acaatgcaatccaacaagtgcttcctaaggcctcattagttttaactctacgtgttgcttcatgagcag--------------------------------------------------------------
|||||||| ||| |||||| ||||||||||| ||||||| | || ||||| |||||||| | ||| || ||||||||| |||    |   ||| | ||  ||  | |   |   ||    |  |||  |    | |   | |   ||    |   ||     ||||   | || |||  |||| |  |                                                               
GAGGCTGCAGAAAAGTTAGCACCACACTTGGAAATTATTCTACAACACCTAATGTGTGCTTTTGGGAAGTACCAGgttgttttctggccctttcatgtgctagctcttcttaatatgatcatgatgagacatgatagtggttgatta----catgttgaagctaacataatgt-ttgtatcattacaattacattttattcttattattccactggtccataaatttattccatgatttgactatatccag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58668781|gb|CK057467.1|CK057467
EST:     ACTTGGGACTTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAG                         AGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGC
genomic: ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAGgttctttgta ... tcatgagcagAGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGC
EST: gi|29626307|gb|CB631318.1|CB631318
EST:     ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAG                         AGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCT
genomic: ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAGgttctttgta ... tcatgagcagAGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCT
EST: gi|29623086|gb|CB628097.1|CB628097
EST:     ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAG                         AGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCT
genomic: ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAGgttctttgta ... tcatgagcagAGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCT
EST: gi|58611878|gb|CK039590.1|CK039590
EST:     ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAG                         AGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCT
genomic: ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAGgttctttgta ... tcatgagcagAGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCT
EST: gi|58660018|gb|CK048698.1|CK048698
EST:     ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAG                         AGACGAAACCTTCGAATACTGTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCT
genomic: ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAGgttctttgta ... tcatgagcagAGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCT
EST: gi|58667508|gb|CK056194.1|CK056194
EST:     ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAG                         AGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCT
genomic: ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAGgttctttgta ... tcatgagcagAGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCT
EST: gi|58672477|gb|CK061163.1|CK061163
EST:     ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAG                         AGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCT
genomic: ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAGgttctttgta ... tcatgagcagAGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCT
EST: gi|58666235|gb|CK054921.1|CK054921
EST:     ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAG                         AGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCT
genomic: ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAGgttctttgta ... tcatgagcagAGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCT
EST: gi|58662883|gb|CK051569.1|CK051569
EST:     ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAG                         AGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCT
genomic: ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAGgttctttgta ... tcatgagcagAGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCT
EST: gi|58663523|gb|CK052209.1|CK052209
EST:     ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAG                         AGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCT
genomic: ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAGgttctttgta ... tcatgagcagAGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCT
EST: gi|58608786|gb|CK036819.1|CK036819
EST:     ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAG                         AGACGAAACCTTCGAAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGC
genomic: ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAGgttctttgta ... tcatgagcagAGACGAAACCTTCGAA-TACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGC