Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAGATTTCAACCACGTCATGGGGGATATCTTGCAGTAGCTTCGGAGAATGCTGTCTCTATACTTGATGTGGAGACTCAAGCTTGCCTTAGGAGATTTGAGgtttgtagagactttctaccttgcagttggcacgtgcattctgatcttctaaattcactgaggttccagtaacatatataccgaccaacaaatctatgtg...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g08190.1
intron # 16
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58662863|gb|CK051549.1|CK051549
EST:     CTGTCTCTATACTTGATGTGGAGACTCAAGCTTGCCTTAGGAGATTTGAG                         GGCCACACAAAGCATGTCGATTCAGTATGCTGGGATCCCAGTGGCGAATAT
genomic: CTGTCTCTATACTTGATGTGGAGACTCAAGCTTGCCTTAGGAGATTTGAGgtttgtagag ... ggaactgcagGGCCACACAAAGCATGTCGATTCAGTATGCTGGGATCCCAGTGGCGAATAT
EST: gi|25804243|gb|CA760204.1|CA760204
EST:     CTTGCCTTAGGAGATNTGAG                         GGCCACACAAAGCATGTCGATTCAGTATGCTGGGATCCCAGTGGCGAATAT
genomic: CTTGCCTTAGGAGATTTGAGgtttgtagag ... ggaactgcagGGCCACACAAAGCATGTCGATTCAGTATGCTGGGATCCCAGTGGCGAATAT
EST: gi|86482202|gb|CI124835.1|CI124835
EST:     ACTCAAGCTTGCCTTAGGAGATTTGAG                         GGCCACACAAAGCATGTCGATTCAGTATGCTGGGATCCCAGTGGCGAATAT
genomic: ACTCAAGCTTGCCTTAGGAGATTTGAGgtttgtagag ... ggaactgcagGGCCACACAAAGCATGTCGATTCAGTATGCTGGGATCCCAGTGGCGAATAT
EST: gi|86478759|gb|CI121392.1|CI121392
EST:     CTGTCTCTATACTTGATGTGGAGACTCAAGCTTGCCTTAGGAGATTTGAG                         GGCCACACAAAGCATGTCGATTCAGTATGCTGGGATCCCAGTGGCGAATAT
genomic: CTGTCTCTATACTTGATGTGGAGACTCAAGCTTGCCTTAGGAGATTTGAGgtttgtagag ... ggaactgcagGGCCACACAAAGCATGTCGATTCAGTATGCTGGGATCCCAGTGGCGAATAT
EST: gi|66913391|gb|CX100239.1|CX100239
EST:     CTGTCTCTATACTTGATGTGGAGACTCAAGCTTGCCTTAGGAGATTTGAG                         GGCCACACAAAGCATGTCGATTCAGTATGCTGGGATCCCAGTGGCGAATAT
genomic: CTGTCTCTATACTTGATGTGGAGACTCAAGCTTGCCTTAGGAGATTTGAGgtttgtagag ... ggaactgcagGGCCACACAAAGCATGTCGATTCAGTATGCTGGGATCCCAGTGGCGAATAT
EST: gi|58680898|gb|CK069585.1|CK069585
EST:     GTGTCTCTATACTTGATGTGGAGACTCAAGCTTGCCTTAGGAGATTTGAG                         GGCCACACAAAGCATGTCGATTCAGTATGCTGGGATCCCAGTGGCGAATAT
genomic: CTGTCTCTATACTTGATGTGGAGACTCAAGCTTGCCTTAGGAGATTTGAGgtttgtagag ... ggaactgcagGGCCACACAAAGCATGTCGATTCAGTATGCTGGGATCCCAGTGGCGAATAT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GAGATTTCAACCACGTCATGGGGGATATCTTGCAGTAGCTTCGGAGAATGCTGTCTCTATACTTGATGTGGAGACTCAAGCTTGCCTTAGGAGATTTGAGgtttgtagagactttctaccttgcagttggcacgtgcattctgatcttctaaattcactgaggttccagtaacatatataccgaccaacaaatctatgtg

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGAT