1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' |
TTGATGACTATAGCTGCAAATGCTGGCATTGATGGTGGTGTGGTCATTGGGAAGCTAATTGAACAAGATAATCTTAATATGGGCTATGATGCAGCAAGAGgtttgtgctgtttagctatgttttggcattactggctgtaacaaaaattatgttgagttcctttattgcggtttagatagtccttgaaaaggctatccatatgccttcaaaagcatagtaatctttatgattcattagctgattcctgctctttgccaactacag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os05g46290.1 |
intron # | 15 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GAAGCTAATTGAACAAGATAATCTTAATATGGGCTATGATGCAGCAAGAG GGGAGTATGTTGACATGATTAAGGCTGGGATCATCGACCCTGTGAAAGTCAEST: gi|88907793|gb|CI091191.1|CI091191
genomic: GAAGCTAATTGAACAAGATAATCTTAATATGGGCTATGATGCAGCAAGAGgtttgtgctg ... ccaactacagGGGAGTATGTTGACATGATTAAGGCTGGGATCATCGACCCTGTGAAAGTCA
EST: GAAGCTAATTGAACAAGATAATCTTAATATGGGCTATGATGCAGCAAGAG GGGAGTATGTTGACATGATTAAGGCTGGGATCATCGACCCTGTGAAAGTCAEST: gi|89184864|gb|CI048420.1|CI048420
genomic: GAAGCTAATTGAACAAGATAATCTTAATATGGGCTATGATGCAGCAAGAGgtttgtgctg ... ccaactacagGGGAGTATGTTGACATGATTAAGGCTGGGATCATCGACCCTGTGAAAGTCA
EST: GAAGCTAATTGAACAAGATAATCTTAATATGGGCTATGATGCAGCAAGAG GGGAGTATGTTGACATGATTAAGGCTGGGATCATCGACCCTGTGAAAGTCAEST: gi|66913046|gb|CX099894.1|CX099894
genomic: GAAGCTAATTGAACAAGATAATCTTAATATGGGCTATGATGCAGCAAGAGgtttgtgctg ... ccaactacagGGGAGTATGTTGACATGATTAAGGCTGGGATCATCGACCCTGTGAAAGTCA
EST: GAAGCTAATTGAACAAGATAATCTTAATATGGGCTATGATGCAGCAAGAG GGGAGTATGTTGACATGATTAAGGCTGGGATCATCGACCCTGTGAAAAGTCEST: gi|86539332|gb|CI179538.1|CI179538
genomic: GAAGCTAATTGAACAAGATAATCTTAATATGGGCTATGATGCAGCAAGAGgtttgtgctg ... ccaactacagGGGAGTATGTTGACATGATTAAGGCTGGGATCATCGACCCTGTGAAA-GTC
EST: GGCTATGATGCAGCAAGAG GGGAGTATGTTGACATGATTAAGGCTGGGATCATCGACCCTGTGAAAGTCAEST: gi|86414356|gb|CI068759.1|CI068759
genomic: GGCTATGATGCAGCAAGAGgtttgtgctg ... ccaactacagGGGAGTATGTTGACATGATTAAGGCTGGGATCATCGACCCTGTGAAAGTCA
EST: GATAATCTTAATATGGGCTATGATGCAGCAAGAG GGGAGTATGTTGACATGATTAAGGCTGGGATCATCGACCCTGTGAAAGTCAEST: gi|89183276|gb|CI045841.1|CI045841
genomic: GATAATCTTAATATGGGCTATGATGCAGCAAGAGgtttgtgctg ... ccaactacagGGGAGTATGTTGACATGATTAAGGCTGGGATCATCGACCCTGTGAAAGTCA
EST: GAAGCTAATTGAACAAGATAATCTTAATATGGGCTATGATGCAGCAAGAG GGGAGTATGTTGACATGATTAAGGCTGGGATCATCGACCCTGTGAAAGTCAEST: gi|29615903|gb|CB620915.1|CB620915
genomic: GAAGCTAATTGAACAAGATAATCTTAATATGGGCTATGATGCAGCAAGAGgtttgtgctg ... ccaactacagGGGAGTATGTTGACATGATTAAGGCTGGGATCATCGACCCTGTGAAAGTCA
EST: GAAGCTAATTGAACAAGATAATCTTAATATGGGCTATGATGCAGCAAGAG GGGAGTATGTTGACATGATTAAGGCTGGGATCATCGACCCTGTGAAAGTCAEST: gi|89185795|gb|CI047664.1|CI047664
genomic: GAAGCTAATTGAACAAGATAATCTTAATATGGGCTATGATGCAGCAAGAGgtttgtgctg ... ccaactacagGGGAGTATGTTGACATGATTAAGGCTGGGATCATCGACCCTGTGAAAGTCA
EST: GAAGCTAATTGAACAAGATAATCTTAATATGGGCTATGATGCAGCAAGAG GGGAGTATGTTGACATGATTAAGGCTGGGATCATCGACCCTGTGAAAGTCAEST: gi|27920485|gb|CB096293.1|CB096293
genomic: GAAGCTAATTGAACAAGATAATCTTAATATGGGCTATGATGCAGCAAGAGgtttgtgctg ... ccaactacagGGGAGTATGTTGACATGATTAAGGCTGGGATCATCGACCCTGTGAAAGTCA
EST: GAAGCTAATTGAACAAGATAATCTTAATATGGGCTATGATGCAGCAAGAG GGGAGTATGTTGACATGATTAAGGCTGGGATCATCGACCCTGTGAAAGTCA
genomic: GAAGCTAATTGAACAAGATAATCTTAATATGGGCTATGATGCAGCAAGAGgtttgtgctg ... ccaactacagGGGAGTATGTTGACATGATTAAGGCTGGGATCATCGACCCTGTGAAAGTCA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TTGATGACTATAGCTGCAAATGCTGGCATTGATGGTGGTGTGGTCATTGGGAAGCTAATTGAACAAGATAATCTTAATATGGGCTATGATGCAGCAAGAGgtttgtgctgtttagctatgttttggcattactggctgtaacaaaaattatgttgagttcctttattgcggtttagatagtccttgaaaaggctatccatatgccttcaaaagcatagtaatctttatgattcattagctgattcctgctctttgccaactacag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA