Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AATGTTGATGCTGGAGCTGCTAAAGAACTTATGGCAAACCTTGTCAGCATGCAGTCGTCCCTTTCTGATGTTAACAAgtacgtacattgttcactaacccatgatttagggagcgatcaatacttcgccagctgctatagaaatcagtctatttcattttaaatgaatgaataattt...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g50480.1
intron # 15
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os03g50480.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 15
lower sequence: GRMZM2G023289_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 15
AATGTTGATGCTGGAGCTGCTAAAGAACTTATGGCAAACCTTGTCAGCATGCAGTCGTCCCTTTCTGATGTTAACAAgtacgtacattgttcactaacccatgatttagggagcgatcaatacttcgccagc-tgctatagaaatca---gtctatttcattttaaatgaatga--ataattt---------------------------------------------------------------------------
||||| |||||||| |||||||| || || ||||||||||| || ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||  |   ||  | ||   |          |    | ||   ||    | | ||    || | ||    || ||| |||  || |   ||| |  ||| |                                                                             
AATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATGCAGTCATCACTTTCTGATGTTAACAAgtaagtggaactttttcaaatgtacaggaatctcaaacttgaactttttagaaccatgtccaagtactcccgtgtatatatcaacttcagaaaattatgatagtactcccgtgtatatatcaattcaagcaatcgcaaacttgaactttttagaaccatgtctaaagtatctctttgtcag

upper sequence: LOC_Os03g50480.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 15
lower sequence: GRMZM2G109383_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 15
AATGTTGATGCTGGAGCTGCTAAAGAACTTATGGCAAACCTTGTCAGCATGCAGTCGTCCCTTTCTGATGTTAACAAgtacgtacattgttcac-taacccatgatttagggagcgatcaa----tacttcgccagctgc-tatagaaatcagtctatttcattttaaatgaatgaataattt------------------------------
||||||||||| || |||||||| || |||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||  ||| || |  |     || |||       | |  ||    | ||    |  |||  |||| | ||||   ||    ||   |||    ||||   |||                              
AATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATGCAGTCATCACTTTCTGATGTTAACAAgtaagtgaattttttaaatgtaatataattagtacctccaaaaaaatatgctcgtactcctgtgtatatatatcaacttaagcaatcgcaaact--tgaactttttagtaccacgtctaagttgtctctttgtcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29671541|gb|CB667816.1|CB667816
EST:     CTTATGGCAAACCTTGTCAGCATGCAGTCGTCCCTTTCTGATGTTAACAA                         ATTGATCAAGGAGATTCGGTCAGATGTTTCTGATGTGGTTGCCGCAGATGA
genomic: CTTATGGCAAACCTTGTCAGCATGCAGTCGTCCCTTTCTGATGTTAACAAgtacgtacat ... atatcctcagATTGATCAAGGAGATTCGGTCAGATGTTTCTGATGTGGTTGCCGCAGATGA
EST: gi|88983385|gb|CI028621.1|CI028621
EST:     TTGTCAGCATGCAGTCGTCCCTTTCTGATGTTAACAA                         ATTGATCAAGGAGATTCGGTCAGATGTTTCTGATGTGGTTGCCGCAGATGA
genomic: TTGTCAGCATGCAGTCGTCCCTTTCTGATGTTAACAAgtacgtacat ... atatcctcagATTGATCAAGGAGATTCGGTCAGATGTTTCTGATGTGGTTGCCGCAGATGA
EST: gi|15853002|gb|BI805798.1|BI805798
EST:     CGGATGGC-AACCTTGTCAGCAT-CAGTCGTCCCTTTCTGATGTTAAC-A                         ATTGATCAAGGAGATTCGGTCAGATGTTTCTGATGTGGTTGCCGCAGATGA
genomic: CTTATGGCAAACCTTGTCAGCATGCAGTCGTCCCTTTCTGATGTTAACAAgtacgtacat ... atatcctcagATTGATCAAGGAGATTCGGTCAGATGTTTCTGATGTGGTTGCCGCAGATGA
EST: gi|29682385|gb|CB678660.1|CB678660
EST:     CTTATGGCAAACCTTGTCAGCATGCAGTCGTCCCTTTCTGATGTTAACAA                         ATTGATCAAGGAGATTCGGTCAGATGTTTCTGATGTGGTTGCCGCAGATGA
genomic: CTTATGGCAAACCTTGTCAGCATGCAGTCGTCCCTTTCTGATGTTAACAAgtacgtacat ... atatcctcagATTGATCAAGGAGATTCGGTCAGATGTTTCTGATGTGGTTGCCGCAGATGA
EST: gi|29689599|gb|CB685874.1|CB685874
EST:     CTTATGGCAAACCTTGTCAGCATGCAGTCGTCCCTTTCTGATGTTAACAA                         ATTGATCAAGGAGATTCGGTCAGATGTTTCTGATGTGGTTGCCGCAGATGA
genomic: CTTATGGCAAACCTTGTCAGCATGCAGTCGTCCCTTTCTGATGTTAACAAgtacgtacat ... atatcctcagATTGATCAAGGAGATTCGGTCAGATGTTTCTGATGTGGTTGCCGCAGATGA
EST: gi|58679829|gb|CK068516.1|CK068516
EST:     CGTCCCTTTCTGATGTTAACAA                         ATTGATCAAGGAGATTCGGTCAGATGTTTCTGATGTGGTTGCCGCAGATGA
genomic: CGTCCCTTTCTGATGTTAACAAgtacgtacat ... atatcctcagATTGATCAAGGAGATTCGGTCAGATGTTTCTGATGTGGTTGCCGCAGATGA
EST: gi|88965715|gb|CI006605.1|CI006605
EST:     CTTATGGCAAACCTTGTCAGCATGCAGTCGTCCCTTTCTGATGTTAACAA                         ATTGATCAAGGAGATTCGGTCAGATGTTTCTGATGTGGTTGCCGCAGATGA
genomic: CTTATGGCAAACCTTGTCAGCATGCAGTCGTCCCTTTCTGATGTTAACAAgtacgtacat ... atatcctcagATTGATCAAGGAGATTCGGTCAGATGTTTCTGATGTGGTTGCCGCAGATGA
EST: gi|86494207|gb|CI136840.1|CI136840
EST:     CTTATGGCAAACCTTGTCAGCATGCAGTCGTCCCTTTCTGATGTTAACAA                         ATTGATCAAGGAGATTCGGTCAGATGTTTCTGATGTGGTTGCCGCAGATGA
genomic: CTTATGGCAAACCTTGTCAGCATGCAGTCGTCCCTTTCTGATGTTAACAAgtacgtacat ... atatcctcagATTGATCAAGGAGATTCGGTCAGATGTTTCTGATGTGGTTGCCGCAGATGA
EST: gi|29671585|gb|CB667860.1|CB667860
EST:     CTTATGGCAAACCTTGTCAGCATGCAGTCGTCCCTTTCTGATGTTAACAA                         ATTGATCAAGGAGATTCGGTCAGATGTTTCTGATGTGGTTGCCGCAGATGA
genomic: CTTATGGCAAACCTTGTCAGCATGCAGTCGTCCCTTTCTGATGTTAACAAgtacgtacat ... atatcctcagATTGATCAAGGAGATTCGGTCAGATGTTTCTGATGTGGTTGCCGCAGATGA
EST: gi|86494708|gb|CI137341.1|CI137341
EST:     CTTATGGCAAACCTTGTCAGCATGCAGTCGTCCCTTTCTGATGTTAACAA                         ATTGATCAAGGAGATTCGGTCAGATGTTTCTGATGTGGTTGCCGCAGATGA
genomic: CTTATGGCAAACCTTGTCAGCATGCAGTCGTCCCTTTCTGATGTTAACAAgtacgtacat ... atatcctcagATTGATCAAGGAGATTCGGTCAGATGTTTCTGATGTGGTTGCCGCAGATGA
EST: gi|7332534|gb|AU085880.1|AU085880
EST:     CTTATGNCAAACCTTGTCAGCATGCAGTCGTCCCTTNCTGATGTTAACAA                         ATTGATCAAGGAGATTCGGTCAGATGTTTCCTGATGTGGTTGCCGCAGATG
genomic: CTTATGGCAAACCTTGTCAGCATGCAGTCGTCCCTTTCTGATGTTAACAAgtacgtacat ... atatcctcagATTGATCAAGGAGATTCGGTCAGATGTTT-CTGATGTGGTTGCCGCAGATG
EST: gi|33656202|gb|CF278816.1|CF278816
EST:     GTCAGCATGCAGTCGTCCCTTTCTGATGTTAACAA                         ATTGATCAAGGAGATTCGGTCAGATGTTTCTGATGTGGTTGCCGCAGATGA
genomic: GTCAGCATGCAGTCGTCCCTTTCTGATGTTAACAAgtacgtacat ... atatcctcagATTGATCAAGGAGATTCGGTCAGATGTTTCTGATGTGGTTGCCGCAGATGA
EST: gi|10931022|gb|AU161296.1|AU161296
EST:     CTTATGGCAAACCTTGTCAGCATGCAGTCGTCCCTTTCTGATGTTAACAA                         ATTGATCAAGGAGATTCGGGTCAGATGTTTCTGATGTGGTTGCCGCAGATG
genomic: CTTATGGCAAACCTTGTCAGCATGCAGTCGTCCCTTTCTGATGTTAACAAgtacgtacat ... atatcctcagATTGATCAAGGAGATTC-GGTCAGATGTTTCTGATGTGGTTGCCGCAGATG
EST: gi|89181096|gb|CI045179.1|CI045179
EST:     CTTGTCAGCATGCAGTCGTCCCTTTCTGATGTTAACAA                         ATTGATCAAGGAGATTCGGTCAGATGTTTCTGATGTGGTTGCCGCAGATGA
genomic: CTTGTCAGCATGCAGTCGTCCCTTTCTGATGTTAACAAgtacgtacat ... atatcctcagATTGATCAAGGAGATTCGGTCAGATGTTTCTGATGTGGTTGCCGCAGATGA
EST: gi|29618781|gb|CB623793.1|CB623793
EST:     CTTATGGCAAACCTTGTCAGCATGCAGTCGTCCCTTTCTGATGTTAACAA                         ATTGATCAAGGAGATTCGGTCAGATGTTTCTGATGTGGTTGCCGCAGATGA
genomic: CTTATGGCAAACCTTGTCAGCATGCAGTCGTCCCTTTCTGATGTTAACAAgtacgtacat ... atatcctcagATTGATCAAGGAGATTCGGTCAGATGTTTCTGATGTGGTTGCCGCAGATGA
EST: gi|86885865|gb|CI295888.1|CI295888
EST:     CTTATGGCAAACCTTGTCAGCATGCAGTCGTCCCTTTCTGATGTTAACAA                         ATTGATCAAGGAGATTCGGTCAGATGTTTCTGATGTGGTTGCCGCAGATGA
genomic: CTTATGGCAAACCTTGTCAGCATGCAGTCGTCCCTTTCTGATGTTAACAAgtacgtacat ... atatcctcagATTGATCAAGGAGATTCGGTCAGATGTTTCTGATGTGGTTGCCGCAGATGA
EST: gi|29614792|gb|CB619805.1|CB619805
EST:     CTTATGGCAAACCTTGTCAGCATGCAGTCGTCCCTTTCTGATGTTAACAA                         ATTGATCAAGGAGATTCGGTCAGATGTTTCTGATGTGGTTGCCGCAGATGA
genomic: CTTATGGCAAACCTTGTCAGCATGCAGTCGTCCCTTTCTGATGTTAACAAgtacgtacat ... atatcctcagATTGATCAAGGAGATTCGGTCAGATGTTTCTGATGTGGTTGCCGCAGATGA
EST: gi|29664694|gb|CB660969.1|CB660969
EST:     CTTATGGCAAACCTTGTCAGCATGCAGTCGTCCCTTTCTGATGTTAACAA                         ATTGATCAAGGAGATTCGGTCAGATGTTTCTGATGTGGTTGCCGCAGATGA
genomic: CTTATGGCAAACCTTGTCAGCATGCAGTCGTCCCTTTCTGATGTTAACAAgtacgtacat ... atatcctcagATTGATCAAGGAGATTCGGTCAGATGTTTCTGATGTGGTTGCCGCAGATGA
EST: gi|87024221|gb|CI256962.1|CI256962
EST:     CTTATGGCAAACCTTGTCAGCATGCAGTCGTCCCTTTCTGATGTTAACAA                         ATTGATCAAGGAGATTCGGTCAGATGTTTCTGATGTGGTTGCCGCAGATGA
genomic: CTTATGGCAAACCTTGTCAGCATGCAGTCGTCCCTTTCTGATGTTAACAAgtacgtacat ... atatcctcagATTGATCAAGGAGATTCGGTCAGATGTTTCTGATGTGGTTGCCGCAGATGA
EST: gi|8856753|gb|AU094071.1|AU094071
EST:     CTTATGGCAANCCTTGTCAGCATGCAGTCGTCCCTTTCTGATGTTAACAA                         ATTGATCAAGGAGATTCGGTCAGATGTTTCTGATGTGGTTGCCGCAGATGA
genomic: CTTATGGCAAACCTTGTCAGCATGCAGTCGTCCCTTTCTGATGTTAACAAgtacgtacat ... atatcctcagATTGATCAAGGAGATTCGGTCAGATGTTTCTGATGTGGTTGCCGCAGATGA
EST: gi|33381212|gb|CF196555.1|CF196555
EST:     CTTATGGCAAACCTTGTCAGCATGCAGTCGTCCCTTTCTGATGTTAACAA                         ATTGATCAAGGAGATTCGGTCAGATGTTTCTGATGTGGTTGCCGCAGATGA
genomic: CTTATGGCAAACCTTGTCAGCATGCAGTCGTCCCTTTCTGATGTTAACAAgtacgtacat ... atatcctcagATTGATCAAGGAGATTCGGTCAGATGTTTCTGATGTGGTTGCCGCAGATGA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AATGTTGATGCTGGAGCTGCTAAAGAACTTATGGCAAACCTTGTCAGCATGCAGTCGTCCCTTTCTGATGTTAACAAgtacgtacattgttcactaacccatgatttagggagcgatcaatacttcgccagctgctatagaaatcagtctatttcattttaaatgaatgaataattt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gggagcg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cgccagc