1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' |
ATCGGAGGAGCCAGTGAAGCTGAAGTTGGTGAGAAGAAGGATAGAGTGACAGATGCATTGAATGCCACTAAAGCTGCTGTGGAAGAGGGTATTGTACCAGgtatgcagttgctccacttcagtagatttctttcaatatgttttccttgtaatgtacttgttcagtttgcatctttgcattattatgcccaagtatgctgacatgacatctttgcattacaatacag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os10g32550.1 |
intron # | 14 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AGATGCATTGAATGCCACTAAAGCTGCTGTGGAAGAGGGTATTGTACCAG GTGGAGGTGTTGCACTTCTTTATGCATCAAEST: gi|287010|gb|D15815.1|D15815
genomic: AGATGCATTGAATGCCACTAAAGCTGCTGTGGAAGAGGGTATTGTACCAGgtatgcagtt ... tacaatacagGTGGAGGTGTTGCACTTCTTTATGCATCAA
EST: AGATGCATTGAATGCCACTAAAGCTGCTGTGGAAGAGGGTATTGTACCAG GTGGAGGTGTTGCACTTCTTTATGCATCAAAGGAGCTGGATAAATTGCCGAEST: gi|33795638|gb|CF323689.1|CF323689
genomic: AGATGCATTGAATGCCACTAAAGCTGCTGTGGAAGAGGGTATTGTACCAGgtatgcagtt ... tacaatacagGTGGAGGTGTTGCACTTCTTTATGCATCAAAGGAGCTGGATAAATTGCCGA
EST: AGATGCATTGAATGCCACTAAAGCTGCTGTGGAAGAGGGTATTGTACCAG GTGGNAGGTGTTGCACTTCTTTATGCATCAAAGGAGCTGGATAAATTGCCGEST: gi|88328307|gb|CI651318.1|CI651318
genomic: AGATGCATTGAATGCCACTAAAGCTGCTGTGGAAGAGGGTATTGTACCAGgtatgcagtt ... tacaatacagGTGG-AGGTGTTGCACTTCTTTATGCATCAAAGGAGCTGGATAAATTGCCG
EST: AGATGCATTGAATGCCACTAAAGCTGCTGTGGAAGAGGGTATTGTACCAG GTGGAGGTGTTGCACTTCTTTATGCATCAAAGGAGCTGGATAAATTGCCGAEST: gi|27554443|gb|CA998343.1|CA998343
genomic: AGATGCATTGAATGCCACTAAAGCTGCTGTGGAAGAGGGTATTGTACCAGgtatgcagtt ... tacaatacagGTGGAGGTGTTGCACTTCTTTATGCATCAAAGGAGCTGGATAAATTGCCGA
EST: AGATGCATTGAATGCCACTAAAGCTGCTGTGGAAGAGGGTATTGTACCAG GTGGAGGTGTTGCACTTCTTTATGCATCAAAGGAGCTGGATAAATTGCCGAEST: gi|55411061|gb|CV723437.1|CV723437
genomic: AGATGCATTGAATGCCACTAAAGCTGCTGTGGAAGAGGGTATTGTACCAGgtatgcagtt ... tacaatacagGTGGAGGTGTTGCACTTCTTTATGCATCAAAGGAGCTGGATAAATTGCCGA
EST: AGATGCATTGAATGCCACTAAAGCTGCTGTGGAAGAGGGTATTGTACCAG GTGGGAGGTGTTGCACTTCTTTATGCATCAAAGGAGCTGGATAAATTGCCGEST: gi|218483700|gb|FG965930.1|FG965930
genomic: AGATGCATTGAATGCCACTAAAGCTGCTGTGGAAGAGGGTATTGTACCAGgtatgcagtt ... tacaatacagGTGG-AGGTGTTGCACTTCTTTATGCATCAAAGGAGCTGGATAAATTGCCG
EST: AGATGCATTGAATGCCACTAAAGCTGCTGTGGAAGAGGGTATTGTACCAG GTGGAGGTGTTGCACTTCTTTATGCATCAAAGGAGCTGGATAAATTGCCGAEST: gi|27577977|gb|CB000672.1|CB000672
genomic: AGATGCATTGAATGCCACTAAAGCTGCTGTGGAAGAGGGTATTGTACCAGgtatgcagtt ... tacaatacagGTGGAGGTGTTGCACTTCTTTATGCATCAAAGGAGCTGGATAAATTGCCGA
EST: AGATGCATTGAATGCCACTAAAGCTGCTGTGGAAGAGGGTATTGTACCAG GTGGAGGTGTTGCACTTCTTTATGCATCAAAGGAGCTGGATAAATTGCCGAEST: gi|27576373|gb|CA999067.1|CA999067
genomic: AGATGCATTGAATGCCACTAAAGCTGCTGTGGAAGAGGGTATTGTACCAGgtatgcagtt ... tacaatacagGTGGAGGTGTTGCACTTCTTTATGCATCAAAGGAGCTGGATAAATTGCCGA
EST: AGATGCATTGAATGCCACTAAAGCTGCTGTGGAAGAGGGTATTGTACCAG GTGGAGGTGTTGCACTTCTTTATGCATCAAAGGAGCTGGATAAAATGCCGAEST: gi|27546502|gb|CA764746.2|CA764746
genomic: AGATGCATTGAATGCCACTAAAGCTGCTGTGGAAGAGGGTATTGTACCAGgtatgcagtt ... tacaatacagGTGGAGGTGTTGCACTTCTTTATGCATCAAAGGAGCTGGATAAATTGCCGA
EST: AGATGCATTGAATGCCACTAAAGCTGCTGTGGAAGAGGGTATTGTACCAG GTGGAGGTGTTGCACTTCTTTATGCATCAAAGGAGCTGGATAAATTGCCGAEST: gi|86859495|gb|CI278890.1|CI278890
genomic: AGATGCATTGAATGCCACTAAAGCTGCTGTGGAAGAGGGTATTGTACCAGgtatgcagtt ... tacaatacagGTGGAGGTGTTGCACTTCTTTATGCATCAAAGGAGCTGGATAAATTGCCGA
EST: AGATGCATTGAATGCCACTAAAGCTGCTGTGGAAGAGGGTATTGTACCAG GTGGAGGTGTTGCACTTCTTTATGCATCAAAGGAGCTGGATAAATTGCCGAEST: gi|88248193|gb|CI248042.1|CI248042
genomic: AGATGCATTGAATGCCACTAAAGCTGCTGTGGAAGAGGGTATTGTACCAGgtatgcagtt ... tacaatacagGTGGAGGTGTTGCACTTCTTTATGCATCAAAGGAGCTGGATAAATTGCCGA
EST: GCTGTGGAAGAGGGTATTGTACCAG GTGGAGGTGTTGCACTTCTTTATGCATCAAAGGAGCTGGATAAATTGCCGAEST: gi|55411724|gb|CV724100.1|CV724100
genomic: GCTGTGGAAGAGGGTATTGTACCAGgtatgcagtt ... tacaatacagGTGGAGGTGTTGCACTTCTTTATGCATCAAAGGAGCTGGATAAATTGCCGA
EST: AGATGCATTGAATGCCACTAAAGCTGCTGTGGAAGAGGGTATTGTACCAG GTGGAGGTGTTGCACTTCTTTATGCATCAAAGGAGCTGGATAAATTGCCGEST: gi|58686259|gb|CK074946.1|CK074946
genomic: AGATGCATTGAATGCCACTAAAGCTGCTGTGGAAGAGGGTATTGTACCAGgtatgcagtt ... tacaatacagGTGGAGGTGTTGCACTTCTTTATGCATCAAAGGAGCTGGATAAATTGCCG
EST: AGATGCATTGAATGCCACTAAAGCTGCTGTGGAAGAGGGTATTGTACCAG GTGGAGGTGTTGCACTTCTTTATGCATCAAAGGAGCTGGATAAATTGCCGAEST: gi|163927982|gb|EG712958.1|EG712958
genomic: AGATGCATTGAATGCCACTAAAGCTGCTGTGGAAGAGGGTATTGTACCAGgtatgcagtt ... tacaatacagGTGGAGGTGTTGCACTTCTTTATGCATCAAAGGAGCTGGATAAATTGCCGA
EST: AGATGCATTGAATGCCACTAAAGCTGCTGTGGAAGAGGGTATTGTACCAG GTGGAGGTGTTGCACTTCTTTATGCATCAAAGGAGCTGGATAAATTGCCGAEST: gi|86503371|gb|CI146004.1|CI146004
genomic: AGATGCATTGAATGCCACTAAAGCTGCTGTGGAAGAGGGTATTGTACCAGgtatgcagtt ... tacaatacagGTGGAGGTGTTGCACTTCTTTATGCATCAAAGGAGCTGGATAAATTGCCGA
EST: ATGCCACTAAAGCTGCTGTGGAAGAGGGTATTGTACCAG GTGGAGGTGTTGCACTTCTTTATGCATCAAAGGAGCTGGATAAATTGCCGAEST: gi|218497090|gb|FG953989.1|FG953989
genomic: ATGCCACTAAAGCTGCTGTGGAAGAGGGTATTGTACCAGgtatgcagtt ... tacaatacagGTGGAGGTGTTGCACTTCTTTATGCATCAAAGGAGCTGGATAAATTGCCGA
EST: AGATGCATTGAATGCCACTAAAGCTGCTGTGGAAGAGGGTATTGTACCAG GTGGAGGTGTTGCACTTCTTTATGCATCAAAGGAGCTGGATAAATTGCCGAEST: gi|218501741|gb|FG957158.1|FG957158
genomic: AGATGCATTGAATGCCACTAAAGCTGCTGTGGAAGAGGGTATTGTACCAGgtatgcagtt ... tacaatacagGTGGAGGTGTTGCACTTCTTTATGCATCAAAGGAGCTGGATAAATTGCCGA
EST: AGATGCATTGAATGCCACTAAAGCTGCTGTGGAAGAGGGTATTGTACCAG GTGGAGGTGTTGCACTTCTTTATGCATCAAAGGAGCTGGATAAATTGCCGAEST: gi|58678370|gb|CK067057.1|CK067057
genomic: AGATGCATTGAATGCCACTAAAGCTGCTGTGGAAGAGGGTATTGTACCAGgtatgcagtt ... tacaatacagGTGGAGGTGTTGCACTTCTTTATGCATCAAAGGAGCTGGATAAATTGCCGA
EST: AGATGCATTGAATGCCACTAAAGCTGCTGTGGAAGAGGGTATTGTACCAG GTGGAGGTGTTGCACTTCTTTATGCATCAAAGGAGCTGGATAAATTGCCGAEST: gi|25803762|gb|CA759723.1|CA759723
genomic: AGATGCATTGAATGCCACTAAAGCTGCTGTGGAAGAGGGTATTGTACCAGgtatgcagtt ... tacaatacagGTGGAGGTGTTGCACTTCTTTATGCATCAAAGGAGCTGGATAAATTGCCGA
EST: AGATGCATTGAATGCCACTAAAGCTGCTGTGGAAGAGGGTATTGTACCAG GTGGAGGTGTTGCACTTCTTTATGCATCAAAGGAGCTGGATAAATTGCCGAEST: gi|58666161|gb|CK054847.1|CK054847
genomic: AGATGCATTGAATGCCACTAAAGCTGCTGTGGAAGAGGGTATTGTACCAGgtatgcagtt ... tacaatacagGTGGAGGTGTTGCACTTCTTTATGCATCAAAGGAGCTGGATAAATTGCCGA
EST: AGATGCATTGAATGCCACTAAAGCTGCTGTGGAAGAGGGTATTGTACCAG GTGGAGGTGTTGCACTTCTTTATGCATCAAAGGAGCTGGATAAATTGCCGAEST: gi|86493424|gb|CI136057.1|CI136057
genomic: AGATGCATTGAATGCCACTAAAGCTGCTGTGGAAGAGGGTATTGTACCAGgtatgcagtt ... tacaatacagGTGGAGGTGTTGCACTTCTTTATGCATCAAAGGAGCTGGATAAATTGCCGA
EST: AGATGCATTGAATGCCACTAAAGCTGCTGTGGAAGAGGGTATTGTACCAG GTGGAGCTGTTGCACTTCTTTATGCATCAAAGGAGCTGGATAAATTGCCGAEST: gi|33796275|gb|CF324004.1|CF324004
genomic: AGATGCATTGAATGCCACTAAAGCTGCTGTGGAAGAGGGTATTGTACCAGgtatgcagtt ... tacaatacagGTGGAGGTGTTGCACTTCTTTATGCATCAAAGGAGCTGGATAAATTGCCGA
EST: AGATGCATTGAATGCCACTAAAGCTGCTGTGGAAGAGGGTATTG-ACCAG -TGGGAAGGTGTTGCACTTCTTTATGCATCAAAGGAGCTGGATAAATTGCC
genomic: AGATGCATTGAATGCCACTAAAGCTGCTGTGGAAGAGGGTATTGTACCAGgtatgcagtt ... tacaatacagGTGG-A-GGTGTTGCACTTCTTTATGCATCAAAGGAGCTGGATAAATTGCC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ATCGGAGGAGCCAGTGAAGCTGAAGTTGGTGAGAAGAAGGATAGAGTGACAGATGCATTGAATGCCACTAAAGCTGCTGTGGAAGAGGGTATTGTACCAGgtatgcagttgctccacttcagtagatttctttcaatatgttttccttgtaatgtacttgttcagtttgcatctttgcattattatgcccaagtatgctgacatgacatctttgcattacaatacag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG