Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACTCCTGATAGTGCCAGATTAATGCTGCTCCGCCTTCACAGCCGATGGGTGGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAGgtaacgttttgtatgtatatctagaaacttttgaagaccgtcactagctgaaatttttttagatggaaatttgtgaattgattatcgcataactttacttgtacttcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os08g10600.3
intron # 14
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os08g10600.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 14
lower sequence: GRMZM2G155729_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 14
ACTCCTGATAGTGCCAGATTAATGCTGCTCCGCCTTCACAGCCGATGGGTGGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAGgtaacgttttgtatgtatatctagaaacttttgaagaccgtca-ctagctgaaatttttttagatggaaatttgtgaattgattatcgcataactttacttgtacttcag-
|||||||| |||||||||||||||||||| || || || ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    ||| |    ||      |  ||||| |  | |||| | || | | | | |||| ||||| ||    |  |||| || |   | ||| || | ||||||||   
ACTCCTGACAGTGCCAGATTAATGCTGCTTCGGCTACATAGCCGCTGGGTGGTTGCTGCAGGTGGCTTCTTGACTCATTCTGTGCCCTTGTATATGACAGgtaa----ttgcagccctagtatatatgttttggaatctgtcagcaaggtaagaatatttttgatgggaacacattgattg-ttgtt--aaaacattgcctgtacttccag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88244522|gb|CI243644.1|CI243644
EST:     CGTGCCCTTGTATATGACAG                         GTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
genomic: CGTGCCCTTGTATATGACAGgtaacgtttt ... tgtacttcagGTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
EST: gi|88249120|gb|CI248969.1|CI248969
EST:     GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAG                         GTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACTTGGAAGCCA
genomic: GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAGgtaacgtttt ... tgtacttcagGTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
EST: gi|3762886|gb|AU029638.1|AU029638
EST:     GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAG                         GTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
genomic: GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAGgtaacgtttt ... tgtacttcagGTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
EST: gi|58676490|gb|CK065177.1|CK065177
EST:     GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAG                         GTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
genomic: GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAGgtaacgtttt ... tgtacttcagGTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
EST: gi|218484530|gb|FG955871.1|FG955871
EST:     GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAG                         GTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
genomic: GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAGgtaacgtttt ... tgtacttcagGTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
EST: gi|29616665|gb|CB621677.1|CB621677
EST:     GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAG                         GTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
genomic: GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAGgtaacgtttt ... tgtacttcagGTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
EST: gi|29685401|gb|CB681676.1|CB681676
EST:     GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAG                         GTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
genomic: GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAGgtaacgtttt ... tgtacttcagGTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
EST: gi|86425777|gb|CI070874.1|CI070874
EST:     GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAG                         GTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
genomic: GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAGgtaacgtttt ... tgtacttcagGTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
EST: gi|218481588|gb|FG958598.1|FG958598
EST:     GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAG                         GTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
genomic: GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAGgtaacgtttt ... tgtacttcagGTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
EST: gi|88958308|gb|CI095827.1|CI095827
EST:     CAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTNGTATATGACAG                         GTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
genomic: CAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAGgtaacgtttt ... tgtacttcagGTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
EST: gi|29674853|gb|CB671128.1|CB671128
EST:     GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAG                         GTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
genomic: GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAGgtaacgtttt ... tgtacttcagGTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
EST: gi|58653914|gb|CK042594.1|CK042594
EST:     GGTATCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAG                         GTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
genomic: GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAGgtaacgtttt ... tgtacttcagGTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
EST: gi|8858093|gb|AU095411.1|AU095411
EST:     GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAG                         GTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
genomic: GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAGgtaacgtttt ... tgtacttcagGTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
EST: gi|58685945|gb|CK074632.1|CK074632
EST:     GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAG                         GTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
genomic: GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAGgtaacgtttt ... tgtacttcagGTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
EST: gi|88974625|gb|CI022951.1|CI022951
EST:     GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAG                         GTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
genomic: GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAGgtaacgtttt ... tgtacttcagGTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
EST: gi|8860129|gb|AU097447.1|AU097447
EST:     GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAG                         GTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
genomic: GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAGgtaacgtttt ... tgtacttcagGTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
EST: gi|58607867|gb|CK035900.1|CK035900
EST:     GGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAG                         GTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
genomic: GGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAGgtaacgtttt ... tgtacttcagGTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
EST: gi|29289881|gb|CB483495.1|CB483495
EST:     GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAG                         GTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
genomic: GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAGgtaacgtttt ... tgtacttcagGTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
EST: gi|88961208|gb|CI096612.1|CI096612
EST:     GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAG                         GTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
genomic: GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAGgtaacgtttt ... tgtacttcagGTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ACTCCTGATAGTGCCAGATTAATGCTGCTCCGCCTTCACAGCCGATGGGTGGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAGgtaacgttttgtatgtatatctagaaacttttgaagaccgtcactagctgaaatttttttagatggaaatttgtgaattgattatcgcataactttacttgtacttcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGCAG