Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAAACACATGCCTACACCTGAGCAATGGACTAATGTTTTCAATCCAGCATATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAGgtatcattcatttgtccccagatctctgcctgttcttctccttcaaattctagttttcagattagcttctctctcaacatttatgatgtcctatcccctattggggctctcttggttgacttgagatttttgtgatgtag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os07g49270.2
intron # 14
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os07g49270.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 14
lower sequence: GRMZM2G134396_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 13
AAAACACATGCCTACACCTGAGCAATGGACTAATGTTTTCAATCCAGCATATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAGgtatcattcatttgtccccagatctctgcctgttcttctccttcaaattctagtttt-cagattagcttctctctcaacatttatgatgt---cctatcccctattggggctctcttggttgact-tgagatttttgtgatgtag-------------------------------------------------
|||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||  |||| || |||||||||||| |||   ||||| |    |  ||| | |  | | ||| ||  |     |||    || |  | |||||     ||   | ||  ||      | |     ||        | || | |  |  | || || ||||     |                                                  
AAAACACATGCCAACACCTGAGCAATGGACTAATATTTTCAATCCAGCCTATGCGTATTATGTGTACTATTGCTATGCCAATCTGTATACACTGAACAAGgta-catctttttgtgcatgaagttcttcatcatgtgctcattttaggataagtaacacataaaatcttctgaaaaaaagataatagtgcgtgtttttttttcataaaataaattttagcttgcagttagcttcttgttcaacattcatctggttaaattacaatggttaatttgaaatttgttgagagcgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58694980|gb|CK083667.1|CK083667
EST:     ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAG                         CTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
genomic: ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAGgtatcattca ... tgtgatgtagCTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
EST: gi|86871926|gb|CI332098.1|CI332098
EST:     ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAG                         CTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
genomic: ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAGgtatcattca ... tgtgatgtagCTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
EST: gi|86599171|gb|CI355788.1|CI355788
EST:     ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAG                         CTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
genomic: ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAGgtatcattca ... tgtgatgtagCTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
EST: gi|29671780|gb|CB668055.1|CB668055
EST:     ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAG                         CTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
genomic: ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAGgtatcattca ... tgtgatgtagCTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
EST: gi|88276104|gb|CI396708.1|CI396708
EST:     ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAG                         CTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
genomic: ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAGgtatcattca ... tgtgatgtagCTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
EST: gi|33675288|gb|CF303527.1|CF303527
EST:     ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAG                         CTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
genomic: ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAGgtatcattca ... tgtgatgtagCTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
EST: gi|29663749|gb|CB660024.1|CB660024
EST:     ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAG                         CTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
genomic: ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAGgtatcattca ... tgtgatgtagCTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
EST: gi|88901869|gb|CI374477.1|CI374477
EST:     ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAG                         CTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAGACTTCGTCCACACTGTGGG
genomic: ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAGgtatcattca ... tgtgatgtagCTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
EST: gi|58593125|gb|CF991433.1|CF991433
EST:     ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAG                         CTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
genomic: ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAGgtatcattca ... tgtgatgtagCTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
EST: gi|88265236|gb|CI369010.1|CI369010
EST:     ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAG                         CTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
genomic: ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAGgtatcattca ... tgtgatgtagCTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
EST: gi|88906500|gb|CI375572.1|CI375572
EST:     ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAG                         CTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
genomic: ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAGgtatcattca ... tgtgatgtagCTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
EST: gi|86602782|gb|CI357146.1|CI357146
EST:     ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAG                         CTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
genomic: ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAGgtatcattca ... tgtgatgtagCTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
EST: gi|88970069|gb|CI383571.1|CI383571
EST:     ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAG                         CTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
genomic: ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAGgtatcattca ... tgtgatgtagCTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
EST: gi|88263167|gb|CI366941.1|CI366941
EST:     ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAG                         CTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
genomic: ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAGgtatcattca ... tgtgatgtagCTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
EST: gi|88835899|gb|CI371004.1|CI371004
EST:     ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAG                         CTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
genomic: ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAGgtatcattca ... tgtgatgtagCTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
EST: gi|163926592|gb|EG713608.1|EG713608
EST:     TTGTACACGCTGAACAAG                         CTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
genomic: TTGTACACGCTGAACAAGgtatcattca ... tgtgatgtagCTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
EST: gi|88839179|gb|CI378103.1|CI378103
EST:     ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAG                         CTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
genomic: ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAGgtatcattca ... tgtgatgtagCTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
EST: gi|89196317|gb|CI397319.1|CI397319
EST:     ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAG                         CTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
genomic: ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAGgtatcattca ... tgtgatgtagCTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
EST: gi|86889206|gb|CI315817.1|CI315817
EST:     ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAG                         CTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACCTGTGG
genomic: ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAGgtatcattca ... tgtgatgtagCTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACAC-TGTGG
EST: gi|86883261|gb|CI328682.1|CI328682
EST:     ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAG                         CTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG
genomic: ATGCATATTATGTGTACTATTGTTATGCTAACTTGTACACGCTGAACAAGgtatcattca ... tgtgatgtagCTTCGTGAGTCCAAGGGTATGACAACAATCAAACTTCGTCCACACTGTGGG