Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTGGCATTGAACTGGCACCCCGAGATTTTGTTATGGATTCTGCTTTCCCATTTCAAAAACAAGACATTATTAGCTTGGTACCAGTACACAAGgtaaactttacctgatacatctgttgttctttcccaaattaatctgggtagttacaaaatcagaatacatttgttttgcgttgcttgttcaattgtttgt...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os07g23990.2
intron # 14
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os07g23990.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 14
lower sequence: Vv15s0046g00740.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 16
GTTGGCATTGAACTGGCACCCCGAGATTTTGTTATGGATTCTGCTTTCCCATTTCAAAAACAAGACATTATTAGCTTGGTACCAGTACACAAGgt-------aaact---ttacctgatacatctgttgt-----tctttcccaaattaatctgggtagttacaaaatcag--aatacatttgttttgcgttgcttgttcaattgtttgt--
|| || ||||| || |  ||  | ||||||| |||||||||| | | ||| || |||||||  ||| ||||||||||||||||||| || |||||       |||||    ||  ||||| |    | |      |  || |  |  |  |||    | | |  ||| ||   |||| || ||  ||   |||| | |    || |||    
GTGGGAATTGAGCTAGTTCCAAGGGATTTTGATATGGATTCTCCATACCCTTTCCAAAAACTTGACGTTATTAGCTTGGTACCAGTGCATAAGgtgatgaacaaactatgctatttgatagaataatagaacacattgtttcttatcttgtcttacaaataattaaaccattcaata-atctggatttaattgcatttctttttcttttcag