Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAAAGTGGAAGGGCAGGGAGAGATGGACTACCTTCAGAATGTATTCTGTATTATCGACCTGGTGATGTTCCACGCCAAgtaagactaaagatgtcttcctttttctcttggtgtggcttcttgcttcctcttatcgatatgctgttttttcaatgagcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os11g48090.3
intron # 13
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29682976|gb|CB679251.1|CB679251
EST:     TACCTTCAGAATGTATTCTGTATTATCGACCTGGTGATGTTCCACGCCAA                         AGTTCAATGGTCTTCTATGAAAACTGTGGCCTGCAAAATCTTTATGACATA
genomic: TACCTTCAGAATGTATTCTGTATTATCGACCTGGTGATGTTCCACGCCAAgtaagactaa ... caatgagcagAGTTCAATGGTCTTCTATGAAAACTGTGGCCTGCAAAATCTTTATGACATA
EST: gi|58596568|gb|CK007096.1|CK007096
EST:     TACCTTCAGAATGTATTCTGTATTATCGACCTGGTGATGTTCCACGCCAA                         AGTTCAATGGTCTTCTATGAAAACTGTGGCCTGCAAAATCTTTATGACATA
genomic: TACCTTCAGAATGTATTCTGTATTATCGACCTGGTGATGTTCCACGCCAAgtaagactaa ... caatgagcagAGTTCAATGGTCTTCTATGAAAACTGTGGCCTGCAAAATCTTTATGACATA
EST: gi|88289894|gb|CI525226.1|CI525226
EST:     TACCTTCAGAATGTATTCTGTATTATCGACCTGGTGATGTTCCACGCCAA                         AGTTCAATGGTCTTCTATGAAAACTGTGGCCTGCAAAATCTTTATGACATA
genomic: TACCTTCAGAATGTATTCTGTATTATCGACCTGGTGATGTTCCACGCCAAgtaagactaa ... caatgagcagAGTTCAATGGTCTTCTATGAAAACTGTGGCCTGCAAAATCTTTATGACATA