Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCCGCAGCATTGGCTCTTCGTAATGTTCCTGAGTGTAATAGCTCTTGGATGAATGATTTTATTCGCCAgtaagttatgagtaattgatcattgagactgggatgttcactactactacttatgatgtgatgtgctacatataatctcatgcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os06g01630.6
intron # 13
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|38477221|gb|CF961354.1|CF961354
EST:     CGTAATGTTCCTGAGTGTAATAGCTCTTGGATGAATGATTTTATTCGCCA                         ATACCACAATGTGAACATCAATGTTGCTGTACAAACTGAGGATGGCTTGTG
genomic: CGTAATGTTCCTGAGTGTAATAGCTCTTGGATGAATGATTTTATTCGCCAgtaagttatg ... tctcatgcagATACCACAATGTGAACATCAATGTTGCTGTACAAACTGAGGATGGCTTGTT
EST: gi|58585940|gb|CF984248.1|CF984248
EST:     CGTAATGTTCCTGAGTGTAATAGCTCTTGGATGAATGATTTTATTCGCCA                         ATACCACAATGTGAACATCAATGTTGCTGTACAAACTGAGGATGGCTTGTT
genomic: CGTAATGTTCCTGAGTGTAATAGCTCTTGGATGAATGATTTTATTCGCCAgtaagttatg ... tctcatgcagATACCACAATGTGAACATCAATGTTGCTGTACAAACTGAGGATGGCTTGTT
EST: gi|2442983|gb|C74754.1|C74754
EST:     CGTAATGTTCCTGAGTGTAATAGCTCTTGGATGAATGATTTTATTCGCCA                         ATACCACAATGTGAACATCAATGTTGCTGTACAA-CTGAGGATGGCTTGTT
genomic: CGTAATGTTCCTGAGTGTAATAGCTCTTGGATGAATGATTTTATTCGCCAgtaagttatg ... tctcatgcagATACCACAATGTGAACATCAATGTTGCTGTACAAACTGAGGATGGCTTGTT