Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATTCAGCTCGAGCTTGTTATGGACCTAAGCATGTTGAGATTGCAAATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCGgtaagttgtgttaattaaagagaagtttacgagtcagctaatttacctctatagtcttgttattttcctactgctttgtttccttttttctgctgagttc...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os04g56480.1
intron # 13
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os04g56480.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 13
lower sequence: GRMZM2G044011_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 13
GATTCAGCTCGAGCTTGTTATGGACCTAAGCATGTTGAGATTGCAAATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCGgtaagttg-tgttaattaaagag-aagtttacgagtcagctaatttacctctatagtcttgttattttcctactgctttgtttccttttttctgctgagttc-
|| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||    |||   |||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||| || |||| || |||     | |||  | |   |  ||   |     | |    | |||   |||||     |     |  | | |||   |||    
GAGTCAGCTCGTGCTTGTTATGGACCGAAGCATGTTGAGTTTGCACTGCAACAGTTTGCTATCCAGACTCTTTTAATAACTGATACTTTGTTTCGgtaagctgctgttcataaaacttcgattttttgtgattgtcaacagaaagtaagaaa--tattacaatcctagaaaataaagacaatatctct-tggagaaga
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|89182762|gb|CI114131.1|CI114131
EST:     AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCG                         GAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
genomic: AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCGgtaagttgtg ... ctacctgcagGAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
EST: gi|86883503|gb|CI338061.1|CI338061
EST:     AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCG                         GAACTCTGACATTGCAACCGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGG
genomic: AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCGgtaagttgtg ... ctacctgcagGAACTCTGACATTGCAA-CGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGG
EST: gi|88224189|gb|CI224038.1|CI224038
EST:     AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCG                         GAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
genomic: AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCGgtaagttgtg ... ctacctgcagGAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
EST: gi|88428005|gb|CI556899.1|CI556899
EST:     AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCG                         GAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
genomic: AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCGgtaagttgtg ... ctacctgcagGAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
EST: gi|88429886|gb|CI562697.1|CI562697
EST:     AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCG                         GAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
genomic: AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCGgtaagttgtg ... ctacctgcagGAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
EST: gi|86505661|gb|CI148294.1|CI148294
EST:     ATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACACGATAATTTGTTTCG                         GAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
genomic: ATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACA-GATAATTTGTTTCGgtaagttgtg ... ctacctgcagGAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
EST: gi|88457668|gb|CI539464.1|CI539464
EST:     AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCG                         GAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
genomic: AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCGgtaagttgtg ... ctacctgcagGAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
EST: gi|86840851|gb|CI335043.1|CI335043
EST:     AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCG                         GAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
genomic: AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCGgtaagttgtg ... ctacctgcagGAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
EST: gi|86600311|gb|CI356068.1|CI356068
EST:     AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCG                         GAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
genomic: AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCGgtaagttgtg ... ctacctgcagGAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
EST: gi|86864162|gb|CI334008.1|CI334008
EST:     AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCG                         GAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
genomic: AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCGgtaagttgtg ... ctacctgcagGAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
EST: gi|88296986|gb|CI542698.1|CI542698
EST:     AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCG                         GAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
genomic: AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCGgtaagttgtg ... ctacctgcagGAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
EST: gi|88446697|gb|CI526530.1|CI526530
EST:     AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCG                         GAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
genomic: AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCGgtaagttgtg ... ctacctgcagGAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
EST: gi|86257435|gb|CI004252.1|CI004252
EST:     AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCG                         GAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
genomic: AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCGgtaagttgtg ... ctacctgcagGAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
EST: gi|86825581|gb|CI361755.1|CI361755
EST:     AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCG                         GAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
genomic: AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCGgtaagttgtg ... ctacctgcagGAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
EST: gi|88544532|gb|CI472636.1|CI472636
EST:     AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCG                         GAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
genomic: AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCGgtaagttgtg ... ctacctgcagGAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
EST: gi|88227542|gb|CI227022.1|CI227022
EST:     AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCG                         GAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
genomic: AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCGgtaagttgtg ... ctacctgcagGAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
EST: gi|86854586|gb|CI258879.1|CI258879
EST:     AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCG                         GAACTCTGACATTGCACCGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT
genomic: AATGAACGTCTTGCTATCCAAACTCTTTTAATAACAGATAATTTGTTTCGgtaagttgtg ... ctacctgcagGAACTCTGACATTGCAACGAGGCAAAATTATGTGCGCTTGGTTGAATCGGT