Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGCCTACTGGGTGGAAATTTTTTGGGAACTTGATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaattactatgaacttgatctatggaacacaatgacatatagcagtgaataaaatgcatgtaacttcatgcattttgatatgtggcacctctaattatt...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g50480.2
intron # 13
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os03g50480.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 13
lower sequence: GRMZM2G023289_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 13
GTGCCTACTGGGTGGAAATTTTTTGGGAACTTGATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaattactatgaacttgatctatggaacacaatgacatatagcagtgaataaaatgcatgtaacttcatgcattttgatatgtggcacctctaattatt--
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||   |     || | | |       | |    |  ||  ||||    || |||      || || || ||| | || |  |     |  |||| |   
GTGCCTACTGGGTGGAAATTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGCTCAATCTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaatatttggcttctggctatcatttctatacatgccaatcacagtagtaaacatgt-caccacctcttgtattgtcatgttagatgggta-aattgtgtt

upper sequence: LOC_Os03g50480.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 13
lower sequence: GRMZM2G109383_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 13
GTGCCTACTGGGTGGAAATTTTTTGGGAACTTGATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaat-tac----tatgaacttg--atctatggaacacaatgacatata-gcagtgaataaaatgcatgtaacttcatgcattttgatatgtggcacctctaattatt
||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||     | ||  ||||     | |||    || |   ||| |  ||      || |||   | ||| || || ||| | || |  |     |         
GTGCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGCTCAATCTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaatatatggcttgtggccttgtgggttgtggctatcatttctatacacacaacagtaaacatgtcagcaacctcttgtattgttatgttagatggata--------

upper sequence: LOC_Os03g50480.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 13
lower sequence: GLYMA05G34790.1 (Glycine max), 5'ss of exon 13
GTGCCTACTGGGTGGAAATTTTTTGGGAACTTGATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaattactatgaacttgatctatggaacacaatgacatatagcag--tgaataaaatgcatgtaacttcatgcattttgatatgtggcacctctaattatt
|| || || || ||||| || ||||| || || |||||||||||| | || ||| | |||||||||||||| ||||| |||||||  |  |    | |  ||  |  | |   ||  |||  |  ||   | | |||||   |  |    || ||   ||  ||   | |    | |   ||  
GTCCCCACGGGTTGGAAGTTCTTTGGTAATTTAATGGATGCTGGATTATGTTCAGTCTGTGGTGAAGAAAGTTTTGGGACTGgtatgtgtttgctattgcattaagaggagcaaagtacaactttcaactttattaaaacctagtttttatcttgtgatt--attccttgtgtttgtggatag-

upper sequence: LOC_Os03g50480.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 13
lower sequence: GLYMA08G04890.1 (Glycine max), 5'ss of exon 13
GTGCCTACTGGGTGGAAATTTTTTGGGAACTTGATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaattactatgaacttgatctat-ggaacacaatgacatatagcagtgaataaaatgcatgtaacttcatgcattttgatatgtggc-acctctaattatt--------
|| || || || ||||| || ||||| || || |||||||||||| | || ||| | |||||||||||||| ||||| |||||||  |  |    | |  ||  |  ||| || | |   |  |   | |  || |||   |  ||  || |  | ||||    ||||   |   ||  |  ||        
GTCCCCACGGGTTGGAAGTTCTTTGGTAATTTAATGGATGCTGGATTATGTTCAGTCTGTGGTGAAGAAAGTTTTGGGACTGgtatgtgtttgctattgcattaagaggagcaaagtacaactttcaactttattaaa---acctagttttaaactttttatcttgtgattattccttgtgcttgtggatag

upper sequence: LOC_Os03g50480.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 13
lower sequence: AT1G23190.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 13
GTGCCTACTGGGTGGAAATTTTTTGGGAACTTGATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaattactatgaacttgatctatggaacacaatgacatatagcagtgaataaaatgcatgtaacttcatgcattttgatatgtggcacctctaattatt
|| || || || ||||| |||||||| ||  ||||||||||||| ||||| ||  ||||||| |||||||| ||||| |||||| | |         |  || |      |||| | ||| ||  | ||  ||||  |  |   ||| | || || ||    | |    | || | |     
GTTCCAACAGGCTGGAAGTTTTTTGGTAATCTGATGGATGCTGGGATGTGTTCTGTTTGTGGAGAAGAAAGTTTTGGAACTGgtcagt--------ttctatttc-----cacactcacacat--ctgttcataactttaaaacaacct-atacagttctgaaagaaagatctttcacag--

upper sequence: LOC_Os03g50480.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 13
lower sequence: Vv01s0011g05370.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 14
GTGCCTACTGGGTGGAAATTTTTTGGGAACTTGATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaattactatgaacttgatctatggaacacaatgacatatagcagtgaataaaatgcatgtaacttcatgcattttgatatgtggcacctctaattatt
|| || ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||| | || |||||||||||||||||||| ||||| |||||||  |   ||  | ||  | |||| ||        |   ||    |||   | |   ||||||    ||  |||||||| ||| | | ||      |  
GTCCCAACTGGCTGGAAATTTTTTGGTAACTTAATGGATGCTGGATTATGTTCAATTTGTGGTGAAGAAAGTTTTGGAACTGgtaggtttcat--attttgtgtatgaaattt-----ctgttaattatgacatacacatatgtaaagcaat--attttgatctgttgtatctacggacag-

upper sequence: LOC_Os03g50480.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 13
lower sequence: EFJ05270 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 12
GTGCCTACTGGGTGGAAATTTTTTGGGAACTTGATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaattactatgaacttgatctatggaacacaatg-acatatagcagtgaataaaatgcatgtaacttcatgcattttgatatgtggcacctctaattatt
|| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| || || |||||||||||||| || || || ||||| | || |  | | ||  |  |     |  ||   |||| |   ||  |    || || |   | ||                               
GTCCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGAAACTTGATGGATGCTGGCATGTGTTCCATCTGTGGTGAAGAAAGTTTCGGAACCGgtaact-ctttacattcgaaattagtgttcctgtgtgtatattgtgttgctt---ttgtatttgtttgcag------------------------------

upper sequence: LOC_Os03g50480.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 13
lower sequence: EFJ09195 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 12
GTGCCTACTGGGTGGAAATTTTTTGGGAACTTGATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaattactatgaacttgatctatggaacacaatgacatatagcagtgaataaaatgcatgtaacttcatgcattttgatatgtggcacctctaattatt
|| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| || || |||||||||||||| || || || ||||| |        ||| |  |  ||||   | ||     |  | |||  || | ||  | |   ||  |   ||||   |                   
GTCCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGAAACTTGATGGATGCTGGCATGTGTTCCATCTGTGGTGAAGAAAGTTTCGGAACCGgtaact--------ctttacattcggaat-tagtg-----ttcctgtgtgtatattgtgt-tgcttttgtatttttttgcag------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|428348|gb|D24496.1|D24496
EST:     GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTG                         GTTCTGATCACATTCGTGAGAAAGATGGTATTTGGGCTGTTCTAGCATGGT
genomic: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaattacta ... tgttgtttagGTTCTGATCACATTCGTGAGAAAGATGGTATTTGGGCTGTTCTAGCATGGT
EST: gi|55438389|gb|CV732490.1|CV732490
EST:     GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTG                         GTTCTGATCACATTCGTGAGAAAGATGGTATTTGGGCTGTTCTAGCATGGT
genomic: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaattacta ... tgttgtttagGTTCTGATCACATTCGTGAGAAAGATGGTATTTGGGCTGTTCTAGCATGGT
EST: gi|45244957|gb|AB118181.1|AB118181
EST:     GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTG                         GTTCTGATCACATTCGTGAGAAAGATGGTATTTGGGCTGTTCTAGCATGGT
genomic: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaattacta ... tgttgtttagGTTCTGATCACATTCGTGAGAAAGATGGTATTTGGGCTGTTCTAGCATGGT
EST: gi|58604743|gb|CK015271.1|CK015271
EST:     GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTG                         GTTCTGATCACATTCGTGAGAAAGATGGTATTTGGGCTGTTCTAGCATGGT
genomic: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaattacta ... tgttgtttagGTTCTGATCACATTCGTGAGAAAGATGGTATTTGGGCTGTTCTAGCATGGT
EST: gi|58663518|gb|CK052204.1|CK052204
EST:     GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTG                         GTTCTGATCACATTCGTGAGAAAGATGGTATTTGGGCTGTTCTAGCATGGT
genomic: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaattacta ... tgttgtttagGTTCTGATCACATTCGTGAGAAAGATGGTATTTGGGCTGTTCTAGCATGGT
EST: gi|58596286|gb|CK006814.1|CK006814
EST:     GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTG                         GTTCTGATCACATTCGTGAGAAAGATGGTATTTGGGCTGTTCTAGCATGGT
genomic: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaattacta ... tgttgtttagGTTCTGATCACATTCGTGAGAAAGATGGTATTTGGGCTGTTCTAGCATGGT
EST: gi|163918448|gb|EG711618.1|EG711618
EST:     GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTG                         GTTCTGATCACATTCGTG
genomic: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaattacta ... tgttgtttagGTTCTGATCACATTCGTG
EST: gi|33380770|gb|CF196113.1|CF196113
EST:     GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTG                         GTTCTGATCACATTCGTGAGAAAGATGGTATTTGGGCTGTTCTAGCATGGT
genomic: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaattacta ... tgttgtttagGTTCTGATCACATTCGTGAGAAAGATGGTATTTGGGCTGTTCTAGCATGGT
EST: gi|2428319|gb|C72782.1|C72782
EST:     GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCNTTNGCACTG                         GGTCTGATCACATCCGTGAGAAAGATGGTATTTGGGCTGTCC-AGCATGGT
genomic: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaattacta ... tgttgtttagGTTCTGATCACATTCGTGAGAAAGATGGTATTTGGGCTGTTCTAGCATGGT
EST: gi|58671485|gb|CK060171.1|CK060171
EST:     GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTG                         GTTCTGATCACATTCGTGAGAAAGATGGTATTTGGGCTGTTCTAGCATGGT
genomic: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaattacta ... tgttgtttagGTTCTGATCACATTCGTGAGAAAGATGGTATTTGGGCTGTTCTAGCATGGT
EST: gi|29689390|gb|CB685665.1|CB685665
EST:     GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTG                         GTTCTGATCACATTCGTGAGAAAGATGGTATTTGGGCTGTTCTAGCATGGT
genomic: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaattacta ... tgttgtttagGTTCTGATCACATTCGTGAGAAAGATGGTATTTGGGCTGTTCTAGCATGGT
EST: gi|33381212|gb|CF196555.1|CF196555
EST:     GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTG                         GTTCTGATCACATTCGTGAGAAAGATGGTATTTGGGCTGTTCTAGCATGGT
genomic: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaattacta ... tgttgtttagGTTCTGATCACATTCGTGAGAAAGATGGTATTTGGGCTGTTCTAGCATGGT
EST: gi|58604363|gb|CK014891.1|CK014891
EST:     GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTG                         GTTCTGATCACATTCGTGAGAAAGATGGTATTTGGGCTGTTCTAGCATGGT
genomic: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaattacta ... tgttgtttagGTTCTGATCACATTCGTGAGAAAGATGGTATTTGGGCTGTTCTAGCATGGT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 75 (upstream exon), 74 (downstream exon)
Score: 149

GTGCCTACTGGGTGGAAATTTTTTGGGAACTTGATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaattacta ... tgttgtttagGTTCTGATCACATTCGTGAGAAAGATGGTATTTGGGCTGTTCTAGCATGGTTATCTATTCTTGCTTTCAAGAACAAGGACAACCTTGGAGGCGATAAGCT




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTGCCTACTGGGTGGAAATTTTTTGGGAACTTGATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaattactatgaacttgatctatggaacacaatgacatatagcagtgaataaaatgcatgtaacttcatgcattttgatatgtggcacctctaattatt

- - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA