1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' |
GTGCCTACTGGGTGGAAATTTTTTGGGAACTTGATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaattactatgaacttgatctatggaacacaatgacatatagcagtgaataaaatgcatgtaacttcatgcattttgatatgtggcacctctaattatt...
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os03g50480.1 |
intron # | 13 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTG GTTCTGATCACATTCGTGAGAAAGATGGTATTTGGGCTGTTCTAGCATGGTEST: gi|55438389|gb|CV732490.1|CV732490
genomic: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaattacta ... tgttgtttagGTTCTGATCACATTCGTGAGAAAGATGGTATTTGGGCTGTTCTAGCATGGT
EST: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTG GTTCTGATCACATTCGTGAGAAAGATGGTATTTGGGCTGTTCTAGCATGGTEST: gi|45244957|gb|AB118181.1|AB118181
genomic: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaattacta ... tgttgtttagGTTCTGATCACATTCGTGAGAAAGATGGTATTTGGGCTGTTCTAGCATGGT
EST: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTG GTTCTGATCACATTCGTGAGAAAGATGGTATTTGGGCTGTTCTAGCATGGTEST: gi|58604743|gb|CK015271.1|CK015271
genomic: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaattacta ... tgttgtttagGTTCTGATCACATTCGTGAGAAAGATGGTATTTGGGCTGTTCTAGCATGGT
EST: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTG GTTCTGATCACATTCGTGAGAAAGATGGTATTTGGGCTGTTCTAGCATGGTEST: gi|58663518|gb|CK052204.1|CK052204
genomic: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaattacta ... tgttgtttagGTTCTGATCACATTCGTGAGAAAGATGGTATTTGGGCTGTTCTAGCATGGT
EST: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTG GTTCTGATCACATTCGTGAGAAAGATGGTATTTGGGCTGTTCTAGCATGGTEST: gi|58596286|gb|CK006814.1|CK006814
genomic: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaattacta ... tgttgtttagGTTCTGATCACATTCGTGAGAAAGATGGTATTTGGGCTGTTCTAGCATGGT
EST: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTG GTTCTGATCACATTCGTGAGAAAGATGGTATTTGGGCTGTTCTAGCATGGTEST: gi|163918448|gb|EG711618.1|EG711618
genomic: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaattacta ... tgttgtttagGTTCTGATCACATTCGTGAGAAAGATGGTATTTGGGCTGTTCTAGCATGGT
EST: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTG GTTCTGATCACATTCGTGEST: gi|33380770|gb|CF196113.1|CF196113
genomic: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaattacta ... tgttgtttagGTTCTGATCACATTCGTG
EST: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTG GTTCTGATCACATTCGTGAGAAAGATGGTATTTGGGCTGTTCTAGCATGGTEST: gi|2428319|gb|C72782.1|C72782
genomic: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaattacta ... tgttgtttagGTTCTGATCACATTCGTGAGAAAGATGGTATTTGGGCTGTTCTAGCATGGT
EST: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCNTTNGCACTG GGTCTGATCACATCCGTGAGAAAGATGGTATTTGGGCTGTCC-AGCATGGTEST: gi|58671485|gb|CK060171.1|CK060171
genomic: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaattacta ... tgttgtttagGTTCTGATCACATTCGTGAGAAAGATGGTATTTGGGCTGTTCTAGCATGGT
EST: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTG GTTCTGATCACATTCGTGAGAAAGATGGTATTTGGGCTGTTCTAGCATGGTEST: gi|29689390|gb|CB685665.1|CB685665
genomic: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaattacta ... tgttgtttagGTTCTGATCACATTCGTGAGAAAGATGGTATTTGGGCTGTTCTAGCATGGT
EST: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTG GTTCTGATCACATTCGTGAGAAAGATGGTATTTGGGCTGTTCTAGCATGGTEST: gi|33381212|gb|CF196555.1|CF196555
genomic: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaattacta ... tgttgtttagGTTCTGATCACATTCGTGAGAAAGATGGTATTTGGGCTGTTCTAGCATGGT
EST: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTG GTTCTGATCACATTCGTGAGAAAGATGGTATTTGGGCTGTTCTAGCATGGTEST: gi|58604363|gb|CK014891.1|CK014891
genomic: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaattacta ... tgttgtttagGTTCTGATCACATTCGTGAGAAAGATGGTATTTGGGCTGTTCTAGCATGGT
EST: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTG GTTCTGATCACATTCGTGAGAAAGATGGTATTTGGGCTGTTCTAGCATGGT
genomic: GATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaattacta ... tgttgtttagGTTCTGATCACATTCGTGAGAAAGATGGTATTTGGGCTGTTCTAGCATGGT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTGCCTACTGGGTGGAAATTTTTTGGGAACTTGATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTGgtaattactatgaacttgatctatggaacacaatgacatatagcagtgaataaaatgcatgtaacttcatgcattttgatatgtggcacctctaattatt
- - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aataaaa