Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTTCCACCGGCCTATGGTGGACAGCCTATGGTGTACAATGCTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatcttgttgctatgatttcaatttcagtttctttatatctctgatgccatgtgttcactaatgtttcatccgatgtactgttatgattactgc...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g27950.2
intron # 13
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g27950.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 13
lower sequence: GRMZM5G829738_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 13
TTTCCACCGGCCTATGGTGGACAGCCTATGGTGTACAATGCTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaa---tcttgttgctatgatttcaatttcagtttctttatatctctgatgccatgtgttcactaatgtttcatccgatgtactgttatgattactgc
|| |||||||| ||||| |  |||||| |  |||||||| |||| |||||| | || || || |||||||||||||||||||| |||||||| || ||   | |   ||   |||  |  | ||| |  | ||||  | || | |      ||   |  | ||| | |    || |  |  | |||    |  
TTCCCACCGGCATATGGCGCCCAGCCTGTCATGTACAATACTCAACCTGGAGCATCACCGCACGGTTACATGCATCCTGCTGGTCCACAGgtgagaaaagctttacctgtagtgaagttgacttc-gcatttttacttttcagttaatccctggatatca-tgtattagtgaat-tgttaatctgaaggattt
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86522603|gb|CI162809.1|CI162809
EST:     TTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGTTGCAG                    
genomic: TTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGG-C-CA----CAGgtaaggaatc ... caagt
EST: gi|218484169|gb|FG948750.1|FG948750
EST:     CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGTTGCAG                    
genomic: CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGG-C-CA----CAGgtaaggaatc ... caagt
EST: gi|88906657|gb|CI375729.1|CI375729
EST:     CATCCTGCTGGGCCACAC                         TATGGCCACCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCG
genomic: CATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... caagttgcagTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
EST: gi|88271637|gb|CI387690.1|CI387690
EST:     ATCCTCCTGGGCCCCAG                         TATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
genomic: ATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... caagttgcagTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
EST: gi|86873292|gb|CI341517.1|CI341517
EST:     CTGCTGGGCCACAG                         TATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
genomic: CTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... caagttgcagTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
EST: gi|88274360|gb|CI394766.1|CI394766
EST:     CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAG                         TATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
genomic: CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... caagttgcagTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
EST: gi|86491599|gb|CI134232.1|CI134232
EST:     CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAG                         TATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
genomic: CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... caagttgcagTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
EST: gi|89173898|gb|CI041791.1|CI041791
EST:     CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAG                         TATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
genomic: CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... caagttgcagTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
EST: gi|88840763|gb|CI080217.1|CI080217
EST:     CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAG                         TATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
genomic: CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... caagttgcagTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
EST: gi|9864938|gb|AU100688.1|AU100688
EST:     CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCNTGCTGGCCCACAG                         TATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
genomic: CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... caagttgcagTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
EST: gi|117210416|gb|CT857519.1|CT857519
EST:     CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAG                         TTGCAGTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTAT
genomic: CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... caagttgcagT---A-T--GGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTAT
EST: gi|88835964|gb|CI371069.1|CI371069
EST:     CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAC                         TATGGGCAGCAGATGATTATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
genomic: CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... caagttgcagTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
EST: gi|88543477|gb|CI473489.1|CI473489
EST:     CGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAG                         TATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
genomic: CGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... caagttgcagTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
EST: gi|87015631|gb|CI277589.1|CI277589
EST:     CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAG                         TATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
genomic: CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... caagttgcagTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
EST: gi|29677006|gb|CB673281.1|CB673281
EST:     CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAG                         TATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
genomic: CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... caagttgcagTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
EST: gi|88476839|gb|CI414110.1|CI414110
EST:     CTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAG                         TATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
genomic: CTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... caagttgcagTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
EST: gi|86895820|gb|CI316044.1|CI316044
EST:     GACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAC                         TATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCTTCCTGTTTATTATTATGCA
genomic: GACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... caagttgcagTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
EST: gi|88550891|gb|CI480370.1|CI480370
EST:     GCATCCTGCTGGGCCACAG                         TATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
genomic: GCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... caagttgcagTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
EST: gi|86868713|gb|CI333090.1|CI333090
EST:     AGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAG                         TATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
genomic: AGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... caagttgcagTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
EST: gi|88840560|gb|CI080014.1|CI080014
EST:     CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAG                         TATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
genomic: CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... caagttgcagTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
EST: gi|86868697|gb|CI333074.1|CI333074
EST:     CAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAG                         TATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
genomic: CAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... caagttgcagTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
EST: gi|218485217|gb|FG951284.1|FG951284
EST:     CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGTTGCAG                    
genomic: CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGG-C-CA----CAGgtaaggaatc ... caagt
EST: gi|86854693|gb|CI258984.1|CI258984
EST:     CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAG                         TATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
genomic: CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... caagttgcagTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
EST: gi|218479918|gb|FG953241.1|FG953241
EST:     CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAG                         TATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
genomic: CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... caagttgcagTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
EST: gi|33657350|gb|CF279964.1|CF279964
EST:     CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAG                         TATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
genomic: CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... caagttgcagTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
EST: gi|88262058|gb|CI365634.1|CI365634
EST:     CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAA-GTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAG                         TATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTAGTATGCA
genomic: CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... caagttgcagTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
EST: gi|33658430|gb|CF281043.1|CF281043
EST:     CCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAG                         TATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
genomic: CCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... caagttgcagTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCA
EST: gi|88542063|gb|CI471370.1|CI471370
EST:     TCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGGTGGGCCACAG                         TATGGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCTTCCTGTTTATTATTATGC
genomic: TCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... caagttgcagTAT-GGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGC