Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTTCCACCGGCCTATGGTGGACAGCCTATGGTGTACAATGCTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatcttgttgctatgatttcaatttcagtttctttatatctctgatgccatgtgttcactaatgtttcatccgatgtactgttatgattactgc...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g27950.1
intron # 13
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g27950.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 13
lower sequence: GRMZM5G829738_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 13
TTTCCACCGGCCTATGGTGGACAGCCTATGGTGTACAATGCTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaa---tcttgttgctatgatttcaatttcagtttctttatatctctgatgccatgtgttcactaatgtttcatccgatgtactgttatgattactgc
|| |||||||| ||||| |  |||||| |  |||||||| |||| |||||| | || || || |||||||||||||||||||| |||||||| || ||   | |   ||   |||  |  | ||| |  | ||||  | || | |      ||   |  | ||| | |    || |  |  | |||    |  
TTCCCACCGGCATATGGCGCCCAGCCTGTCATGTACAATACTCAACCTGGAGCATCACCGCACGGTTACATGCATCCTGCTGGTCCACAGgtgagaaaagctttacctgtagtgaagttgacttc-gcatttttacttttcagttaatccctggatatca-tgtattagtgaat-tgttaatctgaaggattt
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29677006|gb|CB673281.1|CB673281
EST:     CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGG-C-CA-                         ---CAGTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTAT
genomic: CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... ttttttcaagTTGCAGTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTAT
EST: gi|89173898|gb|CI041791.1|CI041791
EST:     CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGG-C-CA-                         ---CAGTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTAT
genomic: CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... ttttttcaagTTGCAGTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTAT
EST: gi|88840763|gb|CI080217.1|CI080217
EST:     CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGG-C-CA-                         ---CAGTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTAT
genomic: CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... ttttttcaagTTGCAGTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTAT
EST: gi|86491599|gb|CI134232.1|CI134232
EST:     CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGG-C-CA-                         ---CAGTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTAT
genomic: CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... ttttttcaagTTGCAGTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTAT
EST: gi|218479918|gb|FG953241.1|FG953241
EST:     CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGG-C-CA-                         ---CAGTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTAT
genomic: CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... ttttttcaagTTGCAGTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTAT
EST: gi|117210416|gb|CT857519.1|CT857519
EST:     CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAG                         TTGCAGTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTAT
genomic: CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... ttttttcaagTTGCAGTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTAT
EST: gi|86854693|gb|CI258984.1|CI258984
EST:     CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGG-C-CA-                         ---CAGTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTAT
genomic: CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... ttttttcaagTTGCAGTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTAT
EST: gi|33658430|gb|CF281043.1|CF281043
EST:     CCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGG-C-CA-                         ---CAGTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTAT
genomic: CCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... ttttttcaagTTGCAGTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTAT
EST: gi|88835964|gb|CI371069.1|CI371069
EST:     CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACA-                         ---C--TATGGGCAGCAGATGATTATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTAT
genomic: CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... ttttttcaagTTGCAGTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTAT
EST: gi|88543477|gb|CI473489.1|CI473489
EST:     CGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGG-C-CA-                         ---CAGTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTAT
genomic: CGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... ttttttcaagTTGCAGTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTAT
EST: gi|33657350|gb|CF279964.1|CF279964
EST:     CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAG                         T---A-T--GGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTAT
genomic: CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... ttttttcaagTTGCAGTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTAT
EST: gi|87015631|gb|CI277589.1|CI277589
EST:     CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGG-C-CA-                         ---CAGTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTAT
genomic: CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... ttttttcaagTTGCAGTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTAT
EST: gi|218484169|gb|FG948750.1|FG948750
EST:     CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAG                         TTGCAGTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTAT
genomic: CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... ttttttcaagTTGCAGTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTAT
EST: gi|86868697|gb|CI333074.1|CI333074
EST:     CAAGGTTACATGCATCCTGCTGGG-C-CA-                         ---CAGTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTAT
genomic: CAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... ttttttcaagTTGCAGTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTAT
EST: gi|218485217|gb|FG951284.1|FG951284
EST:     CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAG                         TTGCAGTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTAT
genomic: CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... ttttttcaagTTGCAGTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTAT
EST: gi|88840560|gb|CI080014.1|CI080014
EST:     CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGG-C-CA-                         ---CAGTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTAT
genomic: CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... ttttttcaagTTGCAGTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTAT
EST: gi|86895820|gb|CI316044.1|CI316044
EST:     GACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACA-                         ---C--TATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCTTCCTGTTTATTAT
genomic: GACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... ttttttcaagTTGCAGTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTAT
EST: gi|9864938|gb|AU100688.1|AU100688
EST:     CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCNTGCT-GGCC-CA-                         ---CAGTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTAT
genomic: CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... ttttttcaagTTGCAGTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTAT
EST: gi|86522603|gb|CI162809.1|CI162809
EST:     TTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAG                         TTGCAGTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTAT
genomic: TTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... ttttttcaagTTGCAGTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTAT
EST: gi|88476839|gb|CI414110.1|CI414110
EST:     CTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGG-C-CA-                         ---CAGTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTAT
genomic: CTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... ttttttcaagTTGCAGTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTAT
EST: gi|88274360|gb|CI394766.1|CI394766
EST:     CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGG-C-CA-                         ---CAGTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTAT
genomic: CTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... ttttttcaagTTGCAGTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTAT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 74 (upstream exon), 53 (downstream exon)
Score: 38

TTTCCACCGGCCTATGGTGGACAGCCTATGGTGTACAATGCTCAGCCTGGACCTTCGCCCCAAGGTTACATGCATCCTGCTGGGCCACAGgtaaggaatc ... ttttttcaagTTGCAGTATGGGCAGCAGATGATGATGGGGCAGACTCGTCCTGTTTATTATTATGCACCT




<











<


<