1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
GTCAAGCATCTTTGATGCCAAGGCTGGTATTGGACTGAGCTCTTCCTTCATGAAGCTTGTGTCATGGTATGACAACGAGTGGGGCTACAGgtgagtgtctatatttccattaaggggcttaactcttcatctttttttccaattgttctattgtcctaatgattctgttccattctttgtttcag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os02g07490.1 |
intron # | 13 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TCTTCCTTCATGAAGCTTGTGTCATGGTATGACAACGAGTGGGGCTACAG CAACCGTGTGTTGGATCTGATTGCCCACATGGCTCTTGTCAACGCCAAGCAEST: gi|86863651|gb|CI345306.1|CI345306
genomic: TCTTCCTTCATGAAGCTTGTGTCATGGTATGACAACGAGTGGGGCTACAGgtgagtgtct ... tttgtttcagCAACCGTGTGTTGGATCTGATTGCCCACATGGCTCTTGTCAACGCCAAGCA
EST: TCTTCCTTCATGAAGCTTGTGTCATGGTATGACAACGAGTGGGGCTACAG CAACCGTGTGTTGGATCTGATTGCCCACATGGCTCTTGTCAACGCCAAGCAEST: gi|29677604|gb|CB673879.1|CB673879
genomic: TCTTCCTTCATGAAGCTTGTGTCATGGTATGACAACGAGTGGGGCTACAGgtgagtgtct ... tttgtttcagCAACCGTGTGTTGGATCTGATTGCCCACATGGCTCTTGTCAACGCCAAGCA
EST: TCTTCCTTCATGAAGCTTGTGTCATGGTATGACAACGAGTGGGGCTACAG CAACCGTGTGTTGGATCTGATTGCCCACATGGCTCTTGTCAACGCCAAGCAEST: gi|89164424|gb|CI101512.1|CI101512
genomic: TCTTCCTTCATGAAGCTTGTGTCATGGTATGACAACGAGTGGGGCTACAGgtgagtgtct ... tttgtttcagCAACCGTGTGTTGGATCTGATTGCCCACATGGCTCTTGTCAACGCCAAGCA
EST: TCTTCCTTCATGAAGCTTGTGTCATGGTATGACAACGAGTGGGGCTACAG CAACCGTGTGTTGGATCTGATTGCCCACATGGCTCTTGTCAACGCCAAGCAEST: gi|58673057|gb|CK061743.1|CK061743
genomic: TCTTCCTTCATGAAGCTTGTGTCATGGTATGACAACGAGTGGGGCTACAGgtgagtgtct ... tttgtttcagCAACCGTGTGTTGGATCTGATTGCCCACATGGCTCTTGTCAACGCCAAGCA
EST: TCTTCCTTCATGAAGCTTGTGTCATGGTATGACAACGAGTGGGGCTACAG CAACCGTGTGTTGGATCTGATTGCCCACATGGCTCTTGTCAACGCCAAGCAEST: gi|86600325|gb|CI356082.1|CI356082
genomic: TCTTCCTTCATGAAGCTTGTGTCATGGTATGACAACGAGTGGGGCTACAGgtgagtgtct ... tttgtttcagCAACCGTGTGTTGGATCTGATTGCCCACATGGCTCTTGTCAACGCCAAGCA
EST: TCTTCCTTCATGAAGCTTGTGTCATGGTATGACAACGAGTGGGGCTACAG CAACCGTGTGTTGGATCTGATTGCCCACATGGCTCTTGTCAACGCCAAGCAEST: gi|89164374|gb|CI101462.1|CI101462
genomic: TCTTCCTTCATGAAGCTTGTGTCATGGTATGACAACGAGTGGGGCTACAGgtgagtgtct ... tttgtttcagCAACCGTGTGTTGGATCTGATTGCCCACATGGCTCTTGTCAACGCCAAGCA
EST: TCTTCCTTCATGAAGCTTGTGTCATGGTATGACAACGAGTGGGGCTACAG CAACCGTGTGTTGGATCTGATTGCCCACATGGCTCTTGTCAACGCCAAGCAEST: gi|88997150|gb|CI389816.1|CI389816
genomic: TCTTCCTTCATGAAGCTTGTGTCATGGTATGACAACGAGTGGGGCTACAGgtgagtgtct ... tttgtttcagCAACCGTGTGTTGGATCTGATTGCCCACATGGCTCTTGTCAACGCCAAGCA
EST: TCTTCCTTCATGAAGCTTGTGTCATGGTATGACAACGAGTGGGGCTACAG CAACCGTGTGTTGGATCTGATTGCCCACATGGCTCTTGTCAACGCCAAGCAEST: gi|88903442|gb|CI088980.1|CI088980
genomic: TCTTCCTTCATGAAGCTTGTGTCATGGTATGACAACGAGTGGGGCTACAGgtgagtgtct ... tttgtttcagCAACCGTGTGTTGGATCTGATTGCCCACATGGCTCTTGTCAACGCCAAGCA
EST: TCTTCCTTCATGAAGCTTGTGTCATGGTATGACAACGAGTGGGGCTACAG CAACCGTGTGTTGGATCTGATTGCCCACATGGCTCTTGTCAACGCCAAGCAEST: gi|66925358|gb|CX112206.1|CX112206
genomic: TCTTCCTTCATGAAGCTTGTGTCATGGTATGACAACGAGTGGGGCTACAGgtgagtgtct ... tttgtttcagCAACCGTGTGTTGGATCTGATTGCCCACATGGCTCTTGTCAACGCCAAGCA
EST: TCTTCCTTCATGAAGCTTGTGTCATGGTACGACAACGAGTGGGGCTACAG CAACCGTGTGTTGGATCTGATTGCCCACATGGCTCTTGTCAACGCCAAGCAEST: gi|88833216|gb|CI076699.1|CI076699
genomic: TCTTCCTTCATGAAGCTTGTGTCATGGTATGACAACGAGTGGGGCTACAGgtgagtgtct ... tttgtttcagCAACCGTGTGTTGGATCTGATTGCCCACATGGCTCTTGTCAACGCCAAGCA
EST: TCTTCCTTCATGAAGCTTGTGTCATGGTATGACAACGAGTGGGGCTACAG CAACCGTGTGTTGGATCTGATTGCCCACATGGCTCTTGTCAACGCCAAGCAEST: gi|86599430|gb|CI251388.1|CI251388
genomic: TCTTCCTTCATGAAGCTTGTGTCATGGTATGACAACGAGTGGGGCTACAGgtgagtgtct ... tttgtttcagCAACCGTGTGTTGGATCTGATTGCCCACATGGCTCTTGTCAACGCCAAGCA
EST: TCTTCCTTCATGAAGCTTGTGTCATGGTATGACAACGAGTGGGGCTACAG CAACCGTGTGTTGGATCTGATTGCCCACATGGCTCTTGTCAACGCCAAGCA
genomic: TCTTCCTTCATGAAGCTTGTGTCATGGTATGACAACGAGTGGGGCTACAGgtgagtgtct ... tttgtttcagCAACCGTGTGTTGGATCTGATTGCCCACATGGCTCTTGTCAACGCCAAGCA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTCAAGCATCTTTGATGCCAAGGCTGGTATTGGACTGAGCTCTTCCTTCATGAAGCTTGTGTCATGGTATGACAACGAGTGGGGCTACAGgtgagtgtctatatttccattaaggggcttaactcttcatctttttttccaattgttctattgtcctaatgattctgttccattctttgtttcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC