Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATATTTGAGGAGGCTGGTTGTGATACACCAGCTAGCCCTAGTTGTGGTGCTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcctccaaatatttcagtaaaacaggaaatgttgtttcgtatgaactttatcaacatagtagaatttatagatgtcttccttgaaagataaggt...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g03260.1
intron # 13
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g03260.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 12
lower sequence: GRMZM2G133988_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 9
GATATTTGAGGAGGCTGGTTGTGATACACCAGCTAGCCCTAGTTGTGGTGCTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcctccaaatatttcagtaaaacaggaaatgttgtttcgtatgaactttatcaacatagtagaat--ttatagatgtcttccttgaaagataaggt----
| |||||||||||||||||||||| |||||||| || |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||  ||||||  ||      | |  || || |       |  | | |  || | | |         |    ||||  |||| | ||   ||  | ||  | ||       
GGTATTTGAGGAGGCTGGTTGTGACACACCAGCAAGTCCTAATTGTGGTGCTTGTTTGGGTGGCCCTCGTGATACATATGCACGGATGAATGAACCTACTgtaagtatcttatgcaaatctagaaacat------ttatatataataggcattccgatgttgttactgaatagttatggctggaatcactaaacaaaaattctgaa

upper sequence: LOC_Os02g03260.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 12
lower sequence: GRMZM2G370852_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 13
GATATTTGAGGAGGCTGGTTGTGATACACCAGCTAGCCCTAGTTGTGGTGCTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcctc-caaatatttc--agtaaaacaggaaatgttgtttcgtatgaactttatcaacatagtagaatttatagatgtcttccttgaaagataaggt
|||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||| ||| || |||||| ||||||| ||||| ||||| ||||| || ||||||||||||| |||  ||  ||  || | || |   || |   |   | |    |  | ||   |||| |      |  | | || |||    | | || ||  | |    | | 
GATATTCGAGGAGGCTGGTTGTGATACACCAGCAAGTCCTAATTGCGGCGCTTGTCTGGGTGGCCCTCGCGATACGTATGCACGGATGAATGAACCTACGgtgggtatcttacacacatctagaagcatttccatacaacaggcatggtggtaactgtggttctagtgcacaaatta---gtatgttactatagatgcgatgg

upper sequence: LOC_Os02g03260.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 12
lower sequence: GRMZM2G010044_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 13
GATATTTGAGGAGGCTGGTTGTGATACACCAGCTAGCCCTAGTTGTGGTGCTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcctccaaatatttcagtaaaacaggaaatgttgtttcgtatgaactttatcaacatagt-----agaatttatagatgtcttccttgaaagataaggt----
|||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||  ||||||  ||     |||    | ||| | |||||  ||  |   || ||    |  | |  | ||     |  | ||||   ||   ||  | ||  | || |     
GATATTTGAGGAGGCTGGTTGTGACACACCAGCAAGTCCTAATTGTGGTGCTTGTTTGGGTGGCCCTCGTGATACATATGCACGGATGAATGAACCTACTgtaagtatct-----tat----gcaaatctggaaacatttatgtataagaggcattccgatgttgttactgaatagttatgactggaatcactaaacaaaaatgcaccc

upper sequence: LOC_Os02g03260.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 12
lower sequence: GLYMA14G40570.1 (Glycine max), 5'ss of exon 14
GATATTTGAGGAGGCTGGTTGTGATACACCAGCTAGCCCTAGTTGTGGTGCTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcctc-caaatatttcagtaaaacaggaaatgtt-gtttcgtatgaactttatcaacatagtagaatttatagatgtcttccttgaaagataaggt---
||||||||| || | ||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||    ||||| || || |||||||||||||||| || |||| |||  |   |    ||  |       | ||  | || | ||   || | ||      | ||    |||||   | |  |  |  |   ||        
GATATTTGAAGAAGTTGGGTGTGACACACCAGCTAGTCCTAGTTGTGGTGCTTGTTTGGGTGGCCCAAAAGATACTTACGCACGCATGAATGAACCTAAGgcaagttccttgcttctgccccaacatcttgtaatatactagtgtagttcaaattctac-----ttgttacttttatccttattatattgaaggaattgcaaata

upper sequence: LOC_Os02g03260.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 12
lower sequence: GLYMA17G37540.1 (Glycine max), 5'ss of exon 14
GATATTTGAGGAGGCTGGTTGTGATACACCAGCTAGCCCTAGTTGTGGTGCTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcctc-caaatatttcagtaaaacaggaaatgtt-gtttcgtatgaactttatcaac-atagtagaatttatagatgtcttccttgaaagataaggt
||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||    ||||| || || |||||||||||||||| || |||| |||  |        | | |       | ||  | || | ||   || | || |    |   |     ||||   | | ||    |||    ||   
GATATTTGAAGAAGCTGGGTGTGACACACCAGCTAGTCCTAGTTGCGGTGCTTGTTTGGGTGGCCCGAAAGATACTTACGCACGCATGAATGAACCTAAGgcaagttccttgcttcggcccctgcatcttgtaatatactagtgtagttcaaattctacctgttacttttatccttattattatattgaaggaattgcaa---

upper sequence: LOC_Os02g03260.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 12
lower sequence: AT4G13430.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 14
GATATTTGAGGAGGCTGGTTGTGATACACCAGCTAGCCCTAGTTGTGGTGCTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct-ccaaatatttcagtaaaacaggaaatgttgtttcgtatgaactttatcaacatagtagaatttatagatgtcttccttgaaagataaggt----
||| ||||| || ||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||  | ||||| ||    || || || |||||| |||||||||||   ||| || ||    |  ||    | | |  ||       || | |    |  || |  ||   | |||   | | | | |    |   || |||  |  | |    
GATCTTTGAAGAAGCTGGCTGTGACACACCAGCCAGCCCTAGCTGTGGTGCTTGCCTTGGTGGCCCAGCAGACACCTACGCTCGCTTGAATGAACCTCAAgtacgtacccattacttaccctacttatccaa------ttatctgcacttcacctattcttgaaagtgagactaacaaagacgtgttttaaaatgtttgttacag

upper sequence: LOC_Os02g03260.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 12
lower sequence: Vv05s0049g01980.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 14
GATATTTGAGGAGGCTGGTTGTGATACACCAGCTAGCCCTAGTTGTGGTGCTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcctccaaatatttcagtaaaacaggaaatgttgtttcgt-atgaactttatcaacatagtagaatttat-----agatgtcttccttgaaagataaggt
|||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||  |||||||||||| ||||||||||| | || |||||||| |||||||||||||||  || |||    |       | |  ||| |||   |||     |||| | |   | |  | | | |     |  |||||     |||||    || | |   |      
GATATTTGAGGAAGCTGGTTGTGATACACCTGCAAGTCCTACCTGTGGTGCTTGTATGGGTGGTCCTAGAGACACATATGCACGCATGAATGAACCTCAGgcaagatattgttttcctcttggtacaactttaaaaagcatttcatcaactattccacctatacttctgcttttattcctcagatgaaacccctaactta------

upper sequence: LOC_Os02g03260.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 12
lower sequence: Vv08s0056g01640.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 14
GATATTTGAGGAGGCTGGTTGTGATACACCAGCTAGCCCTAGTTGTGGTGCTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcctccaaatatttcagtaaaacaggaaatgttgtttcgtatgaactttatca-acatagtagaatttatagatgtcttccttgaaagataaggt-------
    |||||||| ||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||| ||| | || |||||||| |||||||| ||||||  || ||||      |   || |  ||||| |   ||| |   |||  ||| |||| |  ||  |  | |     || ||     |       ||  |||  |        
----TTTGAGGAAGCTGGTTGTGATACACCTGCAAGTCCTAGTTGTGGTGCTTGTTTGGGTGGCCCTAGAGACACATATGCACGCATGAACGAACCTCAGGCAAgt--tattattcatcttggtaaacctttaaaaggcattt--tatcaactattccatgcccacttttgcttttattcaccagaagaaaatcatatagcctgtttg

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88458920|gb|CI555601.1|CI555601
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|88512009|gb|CI439515.1|CI439515
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|88227980|gb|CI227460.1|CI227460
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|33689599|gb|CF317838.1|CF317838
EST:     TTGTTTGGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTNGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAA
genomic: TTGTTTGGG-TGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGT-GTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAA
EST: gi|86483623|gb|CI126256.1|CI126256
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGAAACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGCCAGGATGGGGTACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|33822977|gb|CF337293.1|CF337293
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|12622341|gb|AU172554.1|AU172554
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|88487301|gb|CI424572.1|CI424572
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTNTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|86483569|gb|CI126202.1|CI126202
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGACACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|11442959|gb|BF430855.1|BF430855
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|29677182|gb|CB673457.1|CB673457
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|86493658|gb|CI136291.1|CI136291
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|29632468|gb|CB637477.1|CB637477
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGAAACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|88476609|gb|CI413880.1|CI413880
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|38477001|gb|CF961134.1|CF961134
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|89188800|gb|CI048536.1|CI048536
EST:     ATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGGATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: ATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|58666580|gb|CK055266.1|CK055266
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|88507627|gb|CI435133.1|CI435133
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|86503655|gb|CI146288.1|CI146288
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|86873366|gb|CI341591.1|CI341591
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|88491356|gb|CI428628.1|CI428628
EST:     TTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGGCATGAATGAACCTATG                         GTGGTGTGTGTNGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAA
genomic: TTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTC-GCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGT-GTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAA
EST: gi|88221360|gb|CI221316.1|CI221316
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|89189883|gb|CI049422.1|CI049422
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|88487742|gb|CI425013.1|CI425013
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|88901886|gb|CI374494.1|CI374494
EST:     TTGTTTGGGTGGTCCTCAGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: TTGTTTGGGTGGTCCTC-GTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|38478547|gb|CF962680.1|CF962680
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|88265486|gb|CI376388.1|CI376388
EST:     TTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGGCAGGATGGGGCACAA
genomic: TTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTC-GCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCC-GGCAGGATGGGGCACAA
EST: gi|29658442|gb|CB654717.1|CB654717
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|29628819|gb|CB633830.1|CB633830
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|8528083|gb|AU092898.1|AU092898
EST:     GAATGAACCCTATG                         GTGTGTGTGTCNACGACGAAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCNCA
genomic: GAATGAA-CCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACG-AACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACA
EST: gi|29636583|gb|CB641592.1|CB641592
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|89192864|gb|CI050162.1|CI050162
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|88223234|gb|CI223083.1|CI223083
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|86527676|gb|CI167882.1|CI167882
EST:     CTTTTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|88484716|gb|CI421987.1|CI421987
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|88838468|gb|CI375016.1|CI375016
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|29616438|gb|CB621450.1|CB621450
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGT--CGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|88271251|gb|CI387304.1|CI387304
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|38473459|gb|CF957591.1|CF957591
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATA                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|86426072|gb|CI071169.1|CI071169
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
EST: gi|218490400|gb|FG966882.1|FG966882
EST:     CTTGTATGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGA
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGA
EST: gi|27921102|gb|CB096910.1|CB096910
EST:     CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATG                         GTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG
genomic: CTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 32 (upstream exon), 72 (downstream exon)
Score: 3

GATATTTGAGGAGGCTGGTTGTGATACACCAGCTAGCCCTAGTTGTGGTGCTTGTTTGGGTGGTCCTCGTGATACATATGCTCGCATGAATGAACCTATGgtaagtgcct ... ttgggtgcagGTGTGTGTGTCGACGACGAACAGGAATTTCCCCGGCAGGATGGGGCACAAGGAAGGGCAGATCTACCTGGCTTCGCCGTTCACCGCGGCGGCTTCAGCCC




<











<


<