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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGGGCATATGGTGGCGACTTTGGAGACACTCCAAATGACTTGAATTTTTGTCTTAATGGCATTGTATGGCCTGATCGGACAATTCACCCAGCTGTGCATGgtaactcgaaatacaatgtttattttgttaatatatgttgtgaacataagatccctatttcctatttctagatgtgatactaattactgaattgactctggttttgcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g72340.2
intron # 13
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58688410|gb|CK077097.1|CK077097
EST:     TCTTAATGGCATTGTATGGCCTGATCGGACAATTCACCCAGCTGTGCATG                         AAGTTAACTATTTATACCAGCCTATCAAAATAACAATGATGGATAACATGC
genomic: TCTTAATGGCATTGTATGGCCTGATCGGACAATTCACCCAGCTGTGCATGgtaactcgaa ... ggttttgcagAAGTTAAATATTTATACCAGCCTATCAAAATAACAATGATGGATAACATGC
EST: gi|14571259|gb|BI118627.1|BI118627
EST:     TCTTAATGGCATTGTATGGCCTGATCGGACAATTCACCCAGCTGTGCATG                         AAGTTAAATATTTATACCAGCCTATCAAAATAACAATGATGGATAACATGC
genomic: TCTTAATGGCATTGTATGGCCTGATCGGACAATTCACCCAGCTGTGCATGgtaactcgaa ... ggttttgcagAAGTTAAATATTTATACCAGCCTATCAAAATAACAATGATGGATAACATGC
EST: gi|58681122|gb|CK069809.1|CK069809
EST:     TCTTAATGGCATTGTATGGCCTGATCGGACAATTCACCCAGCTGTGCATG                         AAGTTAAATATTTATACCAGCCTATCAAAATAACAATGATGGATAACATGC
genomic: TCTTAATGGCATTGTATGGCCTGATCGGACAATTCACCCAGCTGTGCATGgtaactcgaa ... ggttttgcagAAGTTAAATATTTATACCAGCCTATCAAAATAACAATGATGGATAACATGC
EST: gi|58687216|gb|CK075903.1|CK075903
EST:     TCTTAATGGCATTGTATGGCCTGATCGGACAATTCACCCAGCTGTGCATG                         AAGTTAAATATTTATACCAGCCTATCAAAATAACAATGATGGATAACATGC
genomic: TCTTAATGGCATTGTATGGCCTGATCGGACAATTCACCCAGCTGTGCATGgtaactcgaa ... ggttttgcagAAGTTAAATATTTATACCAGCCTATCAAAATAACAATGATGGATAACATGC
EST: gi|58663708|gb|CK052394.1|CK052394
EST:     TCTTAATGGCATTGTATGGCCTGATCGGACAATTCACCCAGCTGTGCATG                         AAGTTAAATATTTATACCAGCCTATCAAAATAACAATGATGGATAACATGC
genomic: TCTTAATGGCATTGTATGGCCTGATCGGACAATTCACCCAGCTGTGCATGgtaactcgaa ... ggttttgcagAAGTTAAATATTTATACCAGCCTATCAAAATAACAATGATGGATAACATGC
EST: gi|86905446|gb|CI285409.1|CI285409
EST:     TCTTAATGGCATTGTATGGCCTGATCGGACAATTCACCCAGCTGTGCATG                         AAGTTAAATATTTATACCAGCCTATCAAAATAACAATGATGGATAACATGC
genomic: TCTTAATGGCATTGTATGGCCTGATCGGACAATTCACCCAGCTGTGCATGgtaactcgaa ... ggttttgcagAAGTTAAATATTTATACCAGCCTATCAAAATAACAATGATGGATAACATGC
EST: gi|38568808|gb|CD671023.1|CD671023
EST:     TCTTAATGGCATTGTATGGCCTGATCGGACAATTCACCCAGCTGTGCATG                         AAGTTAAATATTTATACCAGCCTATCAAAATAACAATGATGGATAACATGC
genomic: TCTTAATGGCATTGTATGGCCTGATCGGACAATTCACCCAGCTGTGCATGgtaactcgaa ... ggttttgcagAAGTTAAATATTTATACCAGCCTATCAAAATAACAATGATGGATAACATGC
EST: gi|29657376|gb|CB653651.1|CB653651
EST:     TCTTAATGGCATTGTATGGCCTGATCGGACAATTCACCCAGCTGTGCATG                         AAGTTAAATATTTATACCAGCCTATCAAAATAACAATGATGGATAACATGC
genomic: TCTTAATGGCATTGTATGGCCTGATCGGACAATTCACCCAGCTGTGCATGgtaactcgaa ... ggttttgcagAAGTTAAATATTTATACCAGCCTATCAAAATAACAATGATGGATAACATGC
EST: gi|29677247|gb|CB673522.1|CB673522
EST:     TCTTAATGGCATTGTATGGCCTGATCGGACAATTCACCCAGCTGTGCATG                         AAGTTAAATATTTATACCAGCCTATCAAAATAACAATGATGGATAACATGC
genomic: TCTTAATGGCATTGTATGGCCTGATCGGACAATTCACCCAGCTGTGCATGgtaactcgaa ... ggttttgcagAAGTTAAATATTTATACCAGCCTATCAAAATAACAATGATGGATAACATGC
EST: gi|58670588|gb|CK059274.1|CK059274
EST:     TCTTAATGGCATTGTATGGCCTGATCGGACAATTCACCCAGCTGTGCATG                         AAGTTAAATATTTATACCAGCCTATCAAAATAACAATGATGGATAACATGC
genomic: TCTTAATGGCATTGTATGGCCTGATCGGACAATTCACCCAGCTGTGCATGgtaactcgaa ... ggttttgcagAAGTTAAATATTTATACCAGCCTATCAAAATAACAATGATGGATAACATGC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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TGGGCATATGGTGGCGACTTTGGAGACACTCCAAATGACTTGAATTTTTGTCTTAATGGCATTGTATGGCCTGATCGGACAATTCACCCAGCTGTGCATGgtaactcgaaatacaatgtttattttgttaatatatgttgtgaacataagatccctatttcctatttctagatgtgatactaattactgaattgactctggttttgcag

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