1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' |
TGGGCATATGGTGGCGACTTTGGAGACACTCCAAATGACTTGAATTTTTGTCTTAATGGCATTGTATGGCCTGATCGGACAATTCACCCAGCTGTGCATGgtaactcgaaatacaatgtttattttgttaatatatgttgtgaacataagatccctatttcctatttctagatgtgatactaattactgaattgactctggttttgcag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g72340.1 |
intron # | 13 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TCTTAATGGCATTGTATGGCCTGATCGGACAATTCACCCAGCTGTGCATG AAGTTAACTATTTATACCAGCCTATCAAAATAACAATGATGGATAACATGCEST: gi|14571259|gb|BI118627.1|BI118627
genomic: TCTTAATGGCATTGTATGGCCTGATCGGACAATTCACCCAGCTGTGCATGgtaactcgaa ... ggttttgcagAAGTTAAATATTTATACCAGCCTATCAAAATAACAATGATGGATAACATGC
EST: TCTTAATGGCATTGTATGGCCTGATCGGACAATTCACCCAGCTGTGCATG AAGTTAAATATTTATACCAGCCTATCAAAATAACAATGATGGATAACATGCEST: gi|58681122|gb|CK069809.1|CK069809
genomic: TCTTAATGGCATTGTATGGCCTGATCGGACAATTCACCCAGCTGTGCATGgtaactcgaa ... ggttttgcagAAGTTAAATATTTATACCAGCCTATCAAAATAACAATGATGGATAACATGC
EST: TCTTAATGGCATTGTATGGCCTGATCGGACAATTCACCCAGCTGTGCATG AAGTTAAATATTTATACCAGCCTATCAAAATAACAATGATGGATAACATGCEST: gi|58687216|gb|CK075903.1|CK075903
genomic: TCTTAATGGCATTGTATGGCCTGATCGGACAATTCACCCAGCTGTGCATGgtaactcgaa ... ggttttgcagAAGTTAAATATTTATACCAGCCTATCAAAATAACAATGATGGATAACATGC
EST: TCTTAATGGCATTGTATGGCCTGATCGGACAATTCACCCAGCTGTGCATG AAGTTAAATATTTATACCAGCCTATCAAAATAACAATGATGGATAACATGCEST: gi|58663708|gb|CK052394.1|CK052394
genomic: TCTTAATGGCATTGTATGGCCTGATCGGACAATTCACCCAGCTGTGCATGgtaactcgaa ... ggttttgcagAAGTTAAATATTTATACCAGCCTATCAAAATAACAATGATGGATAACATGC
EST: TCTTAATGGCATTGTATGGCCTGATCGGACAATTCACCCAGCTGTGCATG AAGTTAAATATTTATACCAGCCTATCAAAATAACAATGATGGATAACATGCEST: gi|86905446|gb|CI285409.1|CI285409
genomic: TCTTAATGGCATTGTATGGCCTGATCGGACAATTCACCCAGCTGTGCATGgtaactcgaa ... ggttttgcagAAGTTAAATATTTATACCAGCCTATCAAAATAACAATGATGGATAACATGC
EST: TCTTAATGGCATTGTATGGCCTGATCGGACAATTCACCCAGCTGTGCATG AAGTTAAATATTTATACCAGCCTATCAAAATAACAATGATGGATAACATGCEST: gi|38568808|gb|CD671023.1|CD671023
genomic: TCTTAATGGCATTGTATGGCCTGATCGGACAATTCACCCAGCTGTGCATGgtaactcgaa ... ggttttgcagAAGTTAAATATTTATACCAGCCTATCAAAATAACAATGATGGATAACATGC
EST: TCTTAATGGCATTGTATGGCCTGATCGGACAATTCACCCAGCTGTGCATG AAGTTAAATATTTATACCAGCCTATCAAAATAACAATGATGGATAACATGCEST: gi|29657376|gb|CB653651.1|CB653651
genomic: TCTTAATGGCATTGTATGGCCTGATCGGACAATTCACCCAGCTGTGCATGgtaactcgaa ... ggttttgcagAAGTTAAATATTTATACCAGCCTATCAAAATAACAATGATGGATAACATGC
EST: TCTTAATGGCATTGTATGGCCTGATCGGACAATTCACCCAGCTGTGCATG AAGTTAAATATTTATACCAGCCTATCAAAATAACAATGATGGATAACATGCEST: gi|29677247|gb|CB673522.1|CB673522
genomic: TCTTAATGGCATTGTATGGCCTGATCGGACAATTCACCCAGCTGTGCATGgtaactcgaa ... ggttttgcagAAGTTAAATATTTATACCAGCCTATCAAAATAACAATGATGGATAACATGC
EST: TCTTAATGGCATTGTATGGCCTGATCGGACAATTCACCCAGCTGTGCATG AAGTTAAATATTTATACCAGCCTATCAAAATAACAATGATGGATAACATGCEST: gi|58670588|gb|CK059274.1|CK059274
genomic: TCTTAATGGCATTGTATGGCCTGATCGGACAATTCACCCAGCTGTGCATGgtaactcgaa ... ggttttgcagAAGTTAAATATTTATACCAGCCTATCAAAATAACAATGATGGATAACATGC
EST: TCTTAATGGCATTGTATGGCCTGATCGGACAATTCACCCAGCTGTGCATG AAGTTAAATATTTATACCAGCCTATCAAAATAACAATGATGGATAACATGC
genomic: TCTTAATGGCATTGTATGGCCTGATCGGACAATTCACCCAGCTGTGCATGgtaactcgaa ... ggttttgcagAAGTTAAATATTTATACCAGCCTATCAAAATAACAATGATGGATAACATGC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TGGGCATATGGTGGCGACTTTGGAGACACTCCAAATGACTTGAATTTTTGTCTTAATGGCATTGTATGGCCTGATCGGACAATTCACCCAGCTGTGCATGgtaactcgaaatacaatgtttattttgttaatatatgttgtgaacataagatccctatttcctatttctagatgtgatactaattactgaattgactctggttttgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG