Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AATATCTATCTATGGGAGAAAGAAAAGTGAGTGGGATCAGATGGCAAGCTGGATAGTGAATAATGAATTGTACAGCGAGAATGTTGTTTGGTTAATTCAGgttatgacactctctgttgatgtcgtcgtctgcttctagtcataattttatctgagttttttttctaaacattcagtaatcaattcttaaactttgtaaaccaaacaaactagtatactctgtgcaggtaactattttatttttattttgccagagtagatttactgaaacattgtttaattttatctgcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os07g49270.2
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os07g49270.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 12
lower sequence: GRMZM2G134396_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 11
AATATCTATCTATGGGAGAAAGAAAAGTGAGTGGGATCAGATGGCAAGCTGGATAGTGAATAATGAATTGTACAGCGAGAATGTTGTTTGGTTAATTCAGgttatgacactctctgttgatgtcgtcgtctgcttctagtcataattttatctgagttttttttctaaacattcagtaatcaattcttaaactttgtaaaccaaacaaactagtatactctgtgcaggtaactattttatttttattttgccagagtagatttactgaaacattgtttaattttatctgcag
 |||||||| |||||||| |||||||| || ||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||               |||  |   |||  | |          |||| |   ||| | ||   ||| ||   | |    || |||           ||   |||||   |||||| | | ||    | | |||||  ||  | ||||| |                                        
GATATCTATTTATGGGAGGAAGAAAAGCGAATGGGACCAAATGGCAAGTTGGATAGTGAACAATGAATTATATAGCGAGAATGTTGTTTGGTTAATTCAGgtt---------------gatagccctgtcccccttc--------ttttgttcaagtgtgttcaataacca---aatgtgaaactctggctagcccacaatgtaacaag--agtataatttctgtgctttattatttgtttcattttttgtcttcag-----------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86871926|gb|CI332098.1|CI332098
EST:     GTACAGCGAGAATATTGTTTGGTTAATTCAG                         ATTCCTCGGATATACAATGTATACAGGGAGATGGGAACAATCAATTCTTTC
genomic: GTACAGCGAGAATGTTGTTTGGTTAATTCAGgttatgacac ... ttatctgcagATTCCTCGGATATACAATGTATACAGGGAGATGGGAACAATCAATTCTTTC
EST: gi|86599171|gb|CI355788.1|CI355788
EST:     GTTGTTTGGTTAATTCAG                         ATTCCTCGGATATACAATGTATACAGGGAGAT-GGAACAATCAATTCTTTC
genomic: GTTGTTTGGTTAATTCAGgttatgacac ... ttatctgcagATTCCTCGGATATACAATGTATACAGGGAGATGGGAACAATCAATTCTTTC
EST: gi|29671780|gb|CB668055.1|CB668055
EST:     GGATAGTGAATAATGAATTGTACAGCGAGAATGTTGTTTGGTTAATTCAG                         ATTCCTCGGATATACAATGTATACAGGGAGATGGGAACAATCAATTCTTTC
genomic: GGATAGTGAATAATGAATTGTACAGCGAGAATGTTGTTTGGTTAATTCAGgttatgacac ... ttatctgcagATTCCTCGGATATACAATGTATACAGGGAGATGGGAACAATCAATTCTTTC
EST: gi|88577196|gb|CI673756.1|CI673756
EST:     GGATAGTGAATAATGAATTGTACAGCGAGAATGTTGTTTGGTTAATTCAG                         ATTCCTCGGATATACAATGTATACAGGGAGATGGGAACAATCAATTCTTTC
genomic: GGATAGTGAATAATGAATTGTACAGCGAGAATGTTGTTTGGTTAATTCAGgttatgacac ... ttatctgcagATTCCTCGGATATACAATGTATACAGGGAGATGGGAACAATCAATTCTTTC
EST: gi|29663749|gb|CB660024.1|CB660024
EST:     GGATAGTGAATAATGAATTGTACAGCGAGAATGTTGTTTGGTTAATTCAG                         ATTCCTCGGATATACAATGTATACAGGGAGATGGGAACAATCAATTCTTTC
genomic: GGATAGTGAATAATGAATTGTACAGCGAGAATGTTGTTTGGTTAATTCAGgttatgacac ... ttatctgcagATTCCTCGGATATACAATGTATACAGGGAGATGGGAACAATCAATTCTTTC
EST: gi|88901869|gb|CI374477.1|CI374477
EST:     AATGAATTGTACAGCGAGAATGTTGTTT-GTTAATTCAG                         ATTCCTCGGATATACAATGTATACAGGGAGATGGGAACAATCAATTCTTTC
genomic: AATGAATTGTACAGCGAGAATGTTGTTTGGTTAATTCAGgttatgacac ... ttatctgcagATTCCTCGGATATACAATGTATACAGGGAGATGGGAACAATCAATTCTTTC
EST: gi|58686177|gb|CK074864.1|CK074864
EST:     GGATAGTGAATAATGAATTGTACAGCGAGAATGTTGTTTGGTTAATTCAG                         ATTCCTCGGATATACAATGTATACAGGGAGATGGGAACAATCAATTCTTTC
genomic: GGATAGTGAATAATGAATTGTACAGCGAGAATGTTGTTTGGTTAATTCAGgttatgacac ... ttatctgcagATTCCTCGGATATACAATGTATACAGGGAGATGGGAACAATCAATTCTTTC
EST: gi|33793650|gb|CF322709.1|CF322709
EST:     GGATAGTGAATAATGAATTGTACAGCGAGAATGTTGTTTGGTTAATTCAG                         ATTCCTCGGATATACAATGTATACAGGNGAGATGGGAACAATCAATTCTTT
genomic: GGATAGTGAATAATGAATTGTACAGCGAGAATGTTGTTTGGTTAATTCAGgttatgacac ... ttatctgcagATTCCTCGGATATACAATGTATACAGG-GAGATGGGAACAATCAATTCTTT
EST: gi|88265236|gb|CI369010.1|CI369010
EST:     GATAGTGAATAATGAATTGTACAGGCGAGAATGTTGTTTGGTTAATTCAG                         ATTCGTCGGATATACAATGTATACAGGGGAGATGGGAACAATCAATTCTTT
genomic: GATAGTGAATAATGAATTGTACA-GCGAGAATGTTGTTTGGTTAATTCAGgttatgacac ... ttatctgcagATTCCTCGGATATACAATGTATACA-GGGAGATGGGAACAATCAATTCTTT
EST: gi|88906500|gb|CI375572.1|CI375572
EST:     GGATAGTGAATAATGAATTGTACAGCGAGAATGTTGTTTGGTTAATTCAG                         ATTCCTCGGATATACAATGTATACAGGGAGATGGGAACAATCAATTCTTTC
genomic: GGATAGTGAATAATGAATTGTACAGCGAGAATGTTGTTTGGTTAATTCAGgttatgacac ... ttatctgcagATTCCTCGGATATACAATGTATACAGGGAGATGGGAACAATCAATTCTTTC
EST: gi|86602782|gb|CI357146.1|CI357146
EST:     AGCGAGAATGTTGTTTGGTTAATTCAG                         ATTCCTCGGATATACAATGTATACAGGGAGATGGGAACAAATCAATTCTTT
genomic: AGCGAGAATGTTGTTTGGTTAATTCAGgttatgacac ... ttatctgcagATTCCTCGGATATACAATGTATACAGGGAGATGGGAAC-AATCAATTCTTT
EST: gi|88970069|gb|CI383571.1|CI383571
EST:     GAGAATGTTGTTTGGTTAATTCAG                         ATTCCTCGGATATACAATGTATACAGGGAGATGGGAACAATCAATTCTTTC
genomic: GAGAATGTTGTTTGGTTAATTCAGgttatgacac ... ttatctgcagATTCCTCGGATATACAATGTATACAGGGAGATGGGAACAATCAATTCTTTC
EST: gi|88263167|gb|CI366941.1|CI366941
EST:     ATGAATTGTACAGCGAGAATGTTGTTTGGTTAATTCAG                         ATTCCTCGGATATACAATGTATACAGGGAGATGGGAACAATCAATTCTTTC
genomic: ATGAATTGTACAGCGAGAATGTTGTTTGGTTAATTCAGgttatgacac ... ttatctgcagATTCCTCGGATATACAATGTATACAGGGAGATGGGAACAATCAATTCTTTC
EST: gi|88835899|gb|CI371004.1|CI371004
EST:     GAATTGTACAGCGAGAATGTTGTTTGGTTAATTCAG                         ATTCCTCGGATATACAATGTATACAGGGAGATGGGAACAATCAATTCTTTC
genomic: GAATTGTACAGCGAGAATGTTGTTTGGTTAATTCAGgttatgacac ... ttatctgcagATTCCTCGGATATACAATGTATACAGGGAGATGGGAACAATCAATTCTTTC
EST: gi|88839179|gb|CI378103.1|CI378103
EST:     GGATAGTGAATAATG-ATTGTACAGCGAGAATGTTGTTTGGTTAATTCAG                         ATTCCTCGGATATACAATGTATACAGGGAGATGGGAACAATCAATTCTTTC
genomic: GGATAGTGAATAATGAATTGTACAGCGAGAATGTTGTTTGGTTAATTCAGgttatgacac ... ttatctgcagATTCCTCGGATATACAATGTATACAGGGAGATGGGAACAATCAATTCTTTC
EST: gi|86883261|gb|CI328682.1|CI328682
EST:     TACAGCGAGAATGTTGTTTGGTTAATTCAG                         ATTCCTCGGATATACAATGTATACAGGGAGATGGGAACAATCAATTCTTTC
genomic: TACAGCGAGAATGTTGTTTGGTTAATTCAGgttatgacac ... ttatctgcagATTCCTCGGATATACAATGTATACAGGGAGATGGGAACAATCAATTCTTTC