Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAGGGAAGCATCATCGTTTCAAGCGAGGGTACAAGAATGTAATAGATGAGGCTATTCGTCTGgttagtttgtactgattgtataattcagattgtcttgaaatttgttctatttcacctggctgaataaaatgtaagtcattcctggtcaatctttcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os07g26610.2
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os07g26610.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 13
lower sequence: GRMZM2G069676_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 12
GAGGGAAGCATCATCGTTTCAAGCGAGGGTACAAGAATGTAATAGATGAGGCTATTCGTCTGgttagtttgtactgattgtataattcagattgtcttgaaatttgttct-atttcacctggctgaataaaatgtaagtcattcctggtcaatctttcag----
||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||   | | ||||| ||  |  || ||  |   | || | ||   |  |  |||||       | |  | | |  ||      |  |    
GAGGGAAGCATCACCGTTTCAAACGAGGGTACAAGAATGTAATAGACGAGGCTATTCGTCTGgttagtttacactttctatgtaatttag--tccctggatttccctccttaatttttccagacgaatatgggaatatttttccatattcgtctggttcgtctg