1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
GGGATATGACTTGGATAGGCCAAAAAGGAACCCTGCTATGgtaaataatgcatcaacttaaaaaaaaatctgataattctagttatggtctactaccatttataattttcctgtttgactttcgcag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os07g10130.1 |
intron # | 12 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CTTGGATAGGCCAAAAAGGAACCCTGCTATG ATCATGATGCTACTGCTGCTCTTGGTAGCTATTTTCTTGGGAGCTCTNTATEST: gi|89177181|gb|CI043684.1|CI043684
genomic: CTTGGATAGGCCAAAAAGGAACCCTGCTATGgtaaataatg ... actttcgcagATCATGATGCTACTGCTGCTCTTGGTAGCTATTTTCTTGGGAGCTCTGTAT
EST: GGGATATGACTTGGATAGGCCAAAAAGGAACCCTGCTATG ATCATGATGCTACTGCTGCTCTTGGTAGCTATTTTCTTGGGAGCTCTGTATEST: gi|87028062|gb|CI257222.1|CI257222
genomic: GGGATATGACTTGGATAGGCCAAAAAGGAACCCTGCTATGgtaaataatg ... actttcgcagATCATGATGCTACTGCTGCTCTTGGTAGCTATTTTCTTGGGAGCTCTGTAT
EST: GGGATATGACTTGGATAGGCCGAAAAGGAACCCTGCTATG ATCATGATGCTACTGCTGCTCTTGGTAGCTATTTTCTTGGGAGCTCTGTATEST: gi|88525478|gb|CI453934.1|CI453934
genomic: GGGATATGACTTGGATAGGCCAAAAAGGAACCCTGCTATGgtaaataatg ... actttcgcagATCATGATGCTACTGCTGCTCTTGGTAGCTATTTTCTTGGGAGCTCTGTAT
EST: GGGATATGACTTGGATAGGCCAAAAAGGAACCCTGCTATG ATCATGATGCTACTGCTGCTCTTGGTAGCTATTTTCTTGGGAGCTCTGTATEST: gi|88519441|gb|CI447095.1|CI447095
genomic: GGGATATGACTTGGATAGGCCAAAAAGGAACCCTGCTATGgtaaataatg ... actttcgcagATCATGATGCTACTGCTGCTCTTGGTAGCTATTTTCTTGGGAGCTCTGTAT
EST: GGGATATGACTTGGATAGGCCAAAAAGGAACCCTGCTATG ATCATGATGCTACTGCTGCTCTTGGTAGCTATTTTCTTGGGAGCTCTGTATEST: gi|88515019|gb|CI442673.1|CI442673
genomic: GGGATATGACTTGGATAGGCCAAAAAGGAACCCTGCTATGgtaaataatg ... actttcgcagATCATGATGCTACTGCTGCTCTTGGTAGCTATTTTCTTGGGAGCTCTGTAT
EST: GGGATATGACTTGGATAGGCCAAAAAGGAACCCTGCTATG ATCATGATGCTACTGCTGCTCTTGGTAGCTATTTTCTTGGGAGCTCTGTATEST: gi|88563312|gb|CI494029.1|CI494029
genomic: GGGATATGACTTGGATAGGCCAAAAAGGAACCCTGCTATGgtaaataatg ... actttcgcagATCATGATGCTACTGCTGCTCTTGGTAGCTATTTTCTTGGGAGCTCTGTAT
EST: ATGACTTGGATAGGCCAAAAAGGAACCCTGCTATG ATCATGATGCTACTGCTGCTCTTGGTAGCTATTTTCTTGGGAGCTCTGTATEST: gi|88503461|gb|CI430967.1|CI430967
genomic: ATGACTTGGATAGGCCAAAAAGGAACCCTGCTATGgtaaataatg ... actttcgcagATCATGATGCTACTGCTGCTCTTGGTAGCTATTTTCTTGGGAGCTCTGTAT
EST: TAAGNGGGATATGACTTGGATAGGCCAAAAAGGAACCCTGCTATG ATCATGATGCTACTGCTGCTCTTGGTAGCTATTTTCTTGGGAGCTCTGTATEST: gi|88849994|gb|CI091289.1|CI091289
genomic: TAAG-GGGATATGACTTGGATAGGCCAAAAAGGAACCCTGCTATGgtaaataatg ... actttcgcagATCATGATGCTACTGCTGCTCTTGGTAGCTATTTTCTTGGGAGCTCTGTAT
EST: GGGATATGACTTGGATAGGCCAAAAGGGAACCCTGCTATG ATCATGATGCTACTGCTGCTCTTGGTAGCTATTTTCTTGGGAGCTCTGTATEST: gi|29615456|gb|CB620468.1|CB620468
genomic: GGGATATGACTTGGATAGGCCAAAAAGGAACCCTGCTATGgtaaataatg ... actttcgcagATCATGATGCTACTGCTGCTCTTGGTAGCTATTTTCTTGGGAGCTCTGTAT
EST: GGGATATGACTTGGATAGGCCAAAAAGGAACCCTGCTATG ATCATGATGCTACTGCTGCTCTTGGTAGCTATTTTCTTGGGAGCTCTGTAT
genomic: GGGATATGACTTGGATAGGCCAAAAAGGAACCCTGCTATGgtaaataatg ... actttcgcagATCATGATGCTACTGCTGCTCTTGGTAGCTATTTTCTTGGGAGCTCTGTAT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GGGATATGACTTGGATAGGCCAAAAAGGAACCCTGCTATGgtaaataatgcatcaacttaaaaaaaaatctgataattctagttatggtctactaccatttataattttcctgtttgactttcgcag
- - - - - - - - - - - - AAGGAA